家畜粪尿的贮存方法各地不一，合理的贮存方法有两种类型：垫圈法和冲圈法。有些地区冬春垫圈，夏秋冲圈两者结合使用。
垫圈法：畜舍内垫上大量的秸秆、杂草、泥炭、干细土等。垫圈既可以吸收尿液，保存肥分，又使畜栏减少臭气，保持干燥清洁的环境，有利家畜的健康。垫料南方多用草，北方多用土，东北一些泥炭产地，则用吸附能力较强的泥炭。畜栏垫圈要掌握勤起勤垫的原则，起出的畜粪掺些人粪尿再加1％～2％的过磷酸钙和少量泥土，进行圈外混合堆积，可造出大量优质粪肥。
冲圈法：适合于集体饲养的畜群和大型养猪场。冲圈畜舍的地面多用水泥或砖砌成，并向一侧倾斜，以利于粪尿液流入外面所设的粪池。畜舍内每天用水把粪便冲洗到舍外的粪池里，在嫌气条件下，沤成水粪。粪池搭棚加盖，或覆盖秸秆、青草等，以减少氨气挥发损失。粪水也可引入沼气池作为沼气发酵用。
冲垫结合：冬季及早春采用垫圈，其他季节采用冲圈，这是比较好的积肥方法，既有利于家畜的卫生，又能积制较好的肥料。冲圈肥可作追肥，垫圈积肥可作基肥。