微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、种子处理和根外追肥等。
（1）土壤施肥。即做基肥、种肥或追肥时把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效。含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥，常采用这种施肥法。为了经济用肥，一般采用条施和穴施。
（2）种子处理。包括浸种和拌种两种方法。浸种时将种子浸入微量元素溶液中，种子吸收溶液而膨胀，肥料随水进入。常用的浓度是0.01％～0.1％，时间是12～24小时。拌种是用少量水将微量元素肥料溶解，将溶液喷于种子上，搅拌均匀，使种子外面沾上溶液后阴干播种。一般每千克种子用2～6克肥料。
（3）根外追肥。即将微量元素肥料溶液用喷雾器喷施到植株上，通过叶面或气孔吸收而运转到植株体内。常用的溶液浓度为0.01％～0.1％。
（4）蘸秧根。是水稻的特殊施肥法，其他需要移栽的农植物也可以采用蘸秧根的方法施肥。