（1）苗床施肥。烟草育秧的时间短，要求生长快，苗齐苗壮。其施肥特点是要求基肥足，追肥均匀而及时。
基肥：黄淮烟区、山东一带是每10米的畦面上施腐熟圈肥200～300千克，加过磷酸钙1～2千克。有机肥料一定要充分腐熟，并且不要含烟叶碎屑及茄科植物的残根烂叶。西南烟区如云南、贵州等地，用灰土粪铺畦，每10米100～150千克，并加腐熟厩肥75～150千克，再加过磷酸钙1～2千克。
苗期追肥：一般采用液体肥料，氮、磷、钾肥配合施用，先少后多，由淡到浓。烟苗幼嫩，养分浓度若过高，尤其是氮素过多，往往会抑制幼苗生长。追肥后应立即用清水浇灌，冲掉叶面上的肥料。肥液的用量是：每10米。畦面硫酸铵100克、过磷酸钙100克、硫酸钾50克。于施肥前一天浸泡，取上清液喷施。第一次追肥在烟苗十字期进行，以后视苗情定，第二次追肥的数量可为第一次的1倍。
（2）大田施肥。施肥特点是重施基肥、早施追肥、后期根外补肥。
大田施肥常用饼肥。饼肥是烟草的优质肥料，对烟草品质有良好的影响。经多年试验证明，采用氮、磷、钾三元复合肥作烟草的大田施肥效果也很好，肥效长、肥劲稳，与饼肥的肥效相近。
烟草施钾肥有良好的增产效果。据中国农业科学院烟草研究所多年试验，施用钾镁矾（硫酸钾40％左右，硫酸镁29％左右）可以大幅度提高上等烟的比例，比不施肥的平均价（平均每千克烟叶的价格）提高10％～20％。
据山东、河南、辽宁、贵州等地的经验，在一般土壤肥力下，要使烤烟品质达到中等以上，每公顷产量在1500～2250千克时，需施纯氮112.5千克左右，每公顷产3000～3750千克时，约需施纯氮150～187千克。
试验表明，在有机肥料的基础上增施化肥，北方烟区氮、磷、钾肥的比例以1∶1∶1为宜，南方烟区以1∶2∶2为好。
厩肥、过磷酸钙和钙镁磷肥宜做基肥；三元复合肥、钾镁肥、硫酸钾、饼肥等，可做基肥、追肥，施量各半。
追肥的时期且早。在黄淮烟区除肥力极差的土壤外，一般追一次肥，于移栽后20～25天施下；西南烟区氮肥作提苗肥，追肥以清粪水、菜籽饼为主，一般追2～3次，于栽后30天内施完；华南烟区追肥以清粪水为主，一般追5～6次，栽后40～50天内结束。
追肥施在两株之间，或植株旁侧10～15厘米远处，刨坑或开沟6～10厘米深，施后覆土。
后期根外追肥能提高烟叶的产量和品质。后期喷施磷、钾肥增产10％左右，烟叶色泽鲜亮，有膘性，显著地改善了品质。喷肥于现蕾前10天开始，10天喷1次，共喷2～3次。每次每公顷喷过磷酸钙22.5千克、硫酸钾15千克，加水750千克。