大豆既是油料植物，又是种子富含蛋白质的植物。在脂肪和蛋白质的合成过程中都需要有较多的磷参与作用。大豆还含有磷脂，也需要较多的磷，用于磷脂的合成。磷在根瘤固氮过程中，也有多方面的作用。磷对大豆根系生长的促进作用，有利于根瘤的形成。当土壤中磷的供应不足时，大豆根瘤菌虽然能侵入根中，但是不结瘤。钼肥是根瘤固氮必不可少的微量元素，土壤缺磷的情况下，单施钼肥反而使根瘤减少。磷对根瘤中氨基酸的合成以及根瘤中可溶性氮向植株其他部分转移都有重要作用。所以种植大豆或其他豆科植物，施用磷肥增产效果特别显著。
磷肥在土壤中移动性小，容易被吸附固定。因此，磷肥应该与有机肥混合堆沤后，采用沟施、穴施等集中施用方法为好。每公顷施用过磷酸钙为225～375千克，缺磷严重的土壤，用量可适当增加。大豆播种时可用少量过磷酸钙拌种，以满足苗期生长和根瘤菌繁殖对磷的需要。大豆可用磷酸二氢钾进行叶面施肥，浓度为0.1%～0.2％，在初花期和终花期各喷1次，每次用1500克左右，也有一定增产效果。