他继承了张载以太虚为本体的思想，认为太虚是由实实在在的气构成的。“人之所见为太虚者，气也，非虚也。虚涵气，气充虚，元有所谓无者。气弥沦无涯而希微不形，则人见虚空而不见气。凡虚空，皆气也。聚则显，显则人谓之有；散则隐，隐则人谓之无。散人无形而适得气之体，聚为有形而不失气之常。”宇宙间的事物形形色色，或可见或不可见，都是气，气无所不在，永恒不灭，“生非创有，死非消灭，阴阳自然之理也。”
同时，他尤其强调气的连续性和不间断性：“阴阳二气充满太虚，此外更无他物，亦无间隙。天之象，地之形，皆其所范围也。”他说：“鲴组，太和未分之本然。阴阳未分，二气合一，组太和之实体。纲组之中，阴阳具足，而变易以出，万物并育于其中，不相肖而各成形色，随感而出，无能越此二端。”同时，“太和之中，有气有神。神者非他，二气清通之理也。阴与阳和，气与神和，是谓太和。”“色何从凝？声从何合？理从何显？皆太虚一实者为之。是两间无太虚也，一实而已。从其目之穷于见、耳之穷于闻、心之无据以测者，遂谓之太虚尔。”
王夫之所谓气，大致相当于辩证唯物主义所谓物质，概括宇宙间的一切客观存在。气有多种形态，希微者为本体，有形者则为万事万物。物质为能量的凝聚态，质能转化而物质不灭。我们如何知道物质世界是客观存在的呢？他论证说，人类之生存，须依赖于外在事物，“依粟已饥，依浆已渴”，因实有可依，可以肯定物质世界是客观存在的。事物之间也是相互依赖的，粟依土长，浆依水成。依种而生，依器而挹。物物相依，所依者之足依，无毫发疑似之或欺！其常有而可依者，皆其生而有；其生而有者，非妄而必真。由事物之间的普遍联系，可以证明宇宙间的事物是客观存在的。同时，任何事物皆有体和用两个方面，可以从用的实在性来证明体的实在性。“天下之用，皆其有者也。吾从其用而知其体之有，岂待疑哉？用有以为功效，体有以为性情，体用胥有而相需以实，故盈天下而皆持循之道。故日：诚者物之终始，不诚无物。”所以，他强调说：善言道者，由用以得体；不善言道者，妄立一体而消用以从之。
此外，王夫之还用“诚”和“太极”来表述物质的一般性及其客观实在性。他说：“诚也者，实也，实有之、固有之也。无有弗然，而非他有耀也。夫诚者，实有者也。前有所始，后有所终也。实有者，天下之公有也，有眼所共见，有耳所共闻也。”他认为，太极之在两间，无初无终而不可间也，无彼无此而不可破也；自大至细而象皆其象，自一至万而数皆其数，故空不流而实不窒，灵不私而顽不遗，亦静不先而动不后矣。是故，性情相需者也，始终相成者也，体用相函者也。性以发情，情以充性；始以肇终，终以集始；体以致用，用以备体。六者异撰而同有，同有而无不至，“至其极无不至，则太极矣”。这就是说，物质是被意识反映的客观实在，现象无不在即是本体无不在，体与用是一贯而同在的。
以气本论为基础，王夫之讨论了为理学家们所普遍关注的理气关系问题。他说：“理者，物之固然、事之所以然也。万物皆有其固然之用，万物皆有当然之则，所谓理也。理即是气之理，气当得如此便是理。气外更无虚托孤立之理。”又说：“气者，理之依也，气盛则理达。天积其健盛之气，故秩叙条理，精密变化而日新。理本非一成可执之物，不可得而见；气之条绪节文，乃理之可见者也。故其始之有理，即于气上见理；迨已得曹，则自然成势，又只在势之必然处见理。”王夫之的这些思想，是直接针对朱熹而发的。
根据理在气中、理气不相离的观点，王夫之又讨论了道器关系问题。
他说：“天下惟器而已矣。”认为，道者器之道，器者不可谓之道之器也。
无其道则无其器，人类能言之；虽然，荀有其器矣，岂患无道哉！人或昧于其道者，其器不成；不成，非无器也。无其器则无其道，人鲜能言之，而固其诚然者也。洪荒无揖让之道，唐虞无吊伐之道，汉唐无今日之道，则今日无他年之道者多矣。未有弓矢而无射道，未有车马而无御道，道之可有而且无者多矣。所谓器，是指具体事物，事物的条理和秩序便是道。
所以，道与器的关系，即是理与气的关系的具体表现。理与气不可分，道与器亦不可分。“统此一物，形而上则谓之道，形而下则谓之器，无非一阴一阳之和而成。尽器，则道在其中矣。”王夫之这种“即器以求道”的思想有利于发展自然科学，而所谓“唐虞无吊伐之道，汉唐无今日之道”
的思想则可以成为变革社会的理论武器。
王夫之认为，气没有不动之理，运动是气的根本属性，物质和运动不可分。他说：“太极动而生阳，动之动也；静而生阴，动之静也。废然无动而静，阴恶从生哉？一动一静，阖辟之谓也。由阖而辟，由辟而阖，皆动也。废然之静，则是息矣。”运动是绝对的，静止是相对的，静者静动，非不动也。
动静皆动也，由动之静，亦动也。静即含动，动不舍静，动静互涵，以为万变之宗。事物之运动，其根本原因是宇宙的本体未尝静：“太虚者，本动者也。动以入动，不息不滞。搏造无心，势不能各保其固然，亦无待其固然而后可以生也。天不听物之自然，是故鲴组而化生。纲组不息，为敦化之本。”太虚之气是本来运动的，二气交感，凝滞成象，便显出相对静止的事物，动有动之用，静有静之质。物质世界无止息的运动，具体表现为新事物不断产生、旧事物不断消亡的过程。推移吐呐，妙于不静，荣枯代谢，而弥见其新。
事物的日新之化又表现为量变和质变，量变称为“内成”，质变称为“外生”。内成，通而自成，质日代而形如一。外生，变而生彼，推故而别致其新。王夫之说：“天地之德不易，而天地之化日新。今日之风雷非昨日之风雷，是以知今日之日月非昨日之日月也。质日代而形如一，无恒器而有恒道也。江河之水，今犹古也，而非今日之水即古水。灯烛之光，昨犹今也，而非昨日之火即今火。爪发之日生而旧者消也，人所知也；肌肉之日生而旧者消也，人所未知也。人见形之不变而不知其质之已迁，则疑今兹之日月为邃古之日月，今兹之肌肉为初生之肌肉，恶足以语日新之化哉！”又说：“衰减之穷，予而不茹，则推故而别致其新也。由致新而言之，则死亦生之大造矣。”这一认识是符合辩证法的。
那么，宇宙万物及其本体之运动的根源是什么呢？王夫之说：“天下之万变，而要归于两端。一气之中，二端既肇，摩之荡之，而变化无穷。”
事物内部的矛盾导致了物质的运动和变化。阴阳不孤行于天地之间，合两端于一体，则无有不兼体者也。乾坤并健，时无先后，无有乾而无坤之一日，无有坤而无乾之一日。矛盾双方密不可分，既对立又统一。一方面，矛盾双方是“一分为二”的。“非有一，则无两。一之体立，故两之用行。”矛盾双方相峙而并立，判然各为一物，其性情、才质、功效皆不可强之而同。另一方面，矛盾双方又是“合二为一”的。阴阳之用以和，而相互为功。阴阳相倚而不相离，交相人而包孕以运动。非阴阳判离，各自孳生其类。故独阴不成，孤阳不长，既生既成，而阴阳又各殊体。刚柔相济，义利相裁，道器相需，以成酬酢万变之理，而皆协于一。总之。矛盾双方是既对立又统一的，“其理并行而不相拂，合二以一为分一为二所固有。”
此外，王夫之进一步指出：“道之流行于人也，始于合，中于分，终于合，以始终为同时同撰者也。合者，阴阳之始本一也，而因动静分而为两，迨其成又合阴阳于一也。”任何事物皆含阴阳二端，开始是统一和谐，之后阴阳之间出现矛盾和斗争，最后这种矛盾与斗争又走向统一，这是一个正、反、合的辩证否定过程。其后，新的矛盾运动又从这里开始，终点变为始点，事物就是永不停息地处于这种辨证否定的运动长河中。
最后，王夫之指出，对立的双方绝不是凝固不变的，它们无不在一定的条件下相互转化。他指出，天下有截然分析而必相对恃之物乎？求之于天地，无有此也；求之于万物，无有此也；反而求之于心，抑未谂其必然也。天尊于上，而天入地中，无深不察；地卑于下，而地升天际，无高不彻，其界不可得而剖也。存必于存，邃古之存，不留于今日；亡必于亡，今日之亡，不绝于将来，其局不可得而定也。天下有公是而执是则非，天下有公非而凡非可是，其别不可得而拘也。
他还强调，矛盾双方不只是相反，而且是相因相承而无不可通的。他说：“夫阴阳者，呼吸也；刚柔者，燥湿也。呼之必有吸，吸之必有呼，统一气而互为息，相因而非相反也。以燥合燥者，裂而不得刚；以湿合湿者，流而不得柔；统二用而听乎调，相承而无不可通也。”矛盾双方由相反相因而相成，斗争是不可避免的，所以不必畏其争：盖阴阳者恒通，而未必相搏。搏者，其不常也。阳盛搏阴而雷作，阴盛搏阳而风动，通之变也。变则不数与之相迂，历时而知之，始若可惊，继乃知其亦固然矣。
他指出，豪强兼并之家与流离失所的小民是社会的两极，在上者迫民于死地，民乃视之如仇寇。货积于上，而怨流于下，民安得不饥寒而攘臂以起哉？上狠下怨，成乎交逆。此之谓以势之否，成理之逆。理势交违，而国无与立也。可贵的是，王夫之不仅指出了当时的社会矛盾，而且认为这种矛盾斗争的结果未必是坏事：“势极于不可止，必大反而后能有所定。
故《易》日：‘倾否，先否后喜。’否之已极，消之不得也，倾之而后喜。”这一思想显然具有启蒙意义。
根据“天地之德不易，而天地之化日新”的变化观，王夫之提出了“奉常以处变，变不失其常”的常变观。他说，居因其常，动因乎变。君子常其所常，变其所变，则位安矣。常以治变，变以贞常，则功起矣。君子贞其常以听变，非望之福不以宠，非望之祸不以惊，优游于变化之至。
其非君子也，则恒反其序。反其序者，执象以为常，常其常而昧其无穷；乘数以变，变其变而瞀其有定。吉不胜喜，喜至而吉尽；凶不胜惧，凶去而惧未：忘。仆乱伥皇以邀福而逃祸者，卒不知祸福已移于前也。圣人以常治变，于变有常，夫乃与时偕行，以待优患。圣人反变以尽常，常立而变不出其范围，岂必惊心耀魄于忧患之至，以与之为波靡也哉？这种奉常处变、以静制动、以不变应万变的思想，可以说是一种独特的儒家智慧。
王夫之虽然对矛盾的斗争性和变化的绝对性有所论述，但他反对无休止的争斗和违反常道的变易，认为斗与变只是手段，而和与常才是目的。
他说：“两间之化，人事之几，往来、吉凶、生杀、善败，固有极其至而后反者，而岂皆极其至而后反哉？其极也唯恐不甚，其反也厚集而怒报之，则天地之情前之不恤其过、后之褊迫以取偿，两间日构而未有宁矣！
此殆夫以细人之衷测道者与！”他的意思是：“变而不失其常，而后大常贞。”只有把斗和变控制在一定的限度内，才能保证事物的正常运转和健康发展。
关于矛盾的同一性和斗争性问题，必须根据不同的历史时期而有所侧重。在阶级革命的年代，斗与变无疑是主要的；而在经济建设时期，则应强调和与常。如果在和平建设时期仍然一味地强调斗与变，势必造成巨大的破坏，阻碍历史的正常发展。
“能”和“所”是佛教哲学中的一对认识论范畴。
“能”指人的认识能力，“所”指物质世界。王夫之说：“立一界以为‘所’，前未之闻，自释氏始也。境之俟用者日‘所’，用之加乎境而有功者日‘能’。能所之分，夫固有之，释氏为分授之名，亦非诬也。”这是承认人的认识能力和物质世界之间的对立是客观存在的事实，佛教分别用“能”和“所”来称呼，是有根据的。关于物质世界，佛教习惯上又称为“境”。“境之俟用者”是指属于客体系统的物质存在，佛教立此一界以为“所”。“用之加乎境而有功者”是指与客体发生认识关系并成为认识主体的主观能动性，佛教称此为“能”。
佛教认为，作为本体的先天意识原来是浑沌不分的一，后天意识妄起分别，这才有了“能”和“所”亦即主与客的对立。这种分别主、客体的做法是凡夫之惑妄，只具有“俗谛”的意义。佛的信徒应该通过适当的修持返回先天意识的状态，汇入本体的涅槃寂静之中。这是一种出世的哲学和人生态度。
儒家主张人世，反对以槃檠寂灭为归宿，但他们又对佛教关于认识问题的理论成果有所继承和发挥，以丰富其认识论思想。王夫之说：“乃以俟用者为‘所’，则必实有其体；以用乎俟用，而以可有功者为‘能’，则必实有其用。”佛教以返归本体达到永恒为旨归，所以视能所之分为后天意识之幻妄，归人不具有永恒性的俗谛。王夫之则相反，他强调作为认识客体的“所”必须是实有其体，而作为认识主体的主观能动性也必须是实有其用。凡主人世者，必然要强调后天事物的意义和价值。王夫之借用了佛教的“能——所”范畴，而又强调它们是客观实在的，这是从儒家的立场上对佛学的折衷和利用。
王夫之说：“体俟用，则因所以发能；用，用乎体，则能必符其所。”