从风、火、露珠、微粒和山这五种本原物质中又产生出一个发亮的白色巨卵和一个无光的黑色卵。发亮的卵呈立方体形状，如一头牦牛那么大，黑色的卵是圆锥形的，像一头公牛那么大。赤杰曲巴法师用一个光轮来敲击发亮的卵，当轮和卵碰撞时，就产生了火花，在空间向上散开的火花形成了托塞神（霹雳神），向下飞去的火花形成了达塞神（箭神），在卵的中心产生了什巴桑波奔赤，他是一个有着青色头发的白人，他是现实世界的国王。这时，赤杰曲巴法师的对手——格巴梅本那波使黑色的卵在黑暗的王国里爆炸，黑光上升，产生了愚昧和迷惑，黑光向下，产生了迟钝和疯狂。从黑卵中心跳出一个带有黑光的人，他的名字叫做门巴塞敦那波，是虚幻世界的国王，这两个国王分别是神和恶魔的法师。
雨和雾也从上述的五种本原物质中产生出来，形成了海洋。当风吹拂过海面的时候，吹起一个巨大的气泡，气泡撞到一只蓝色的卵上，当它碰碎之后，一个青蓝色的女人出现了。什巴桑波奔赤给她取名为曲坚木杰嫫。他们没有点头，也没有触对方的鼻子就结合了，生出了野兽、畜类和鸟类。他们低下头，触了触鼻子结合了，生下了九个兄弟，九个姐妹。九个兄弟分身出九个女伴作为他们的妻子，同样九个姐妹也分身出九个男子作为她们的丈夫。九兄弟中的前三位比其他几个兄弟更为重要。他们通常被称为掌教三尊。什杰章噶的任务是确保世界的延续。他有九个儿子，称为天界九神；九位女儿，称为天界九女神。天界九神被看作是穆氏部落最早的祖先。这九位神也称为天界九梵神。辛饶被视为这个部落的后裔。
恶魔门巴赛敦那波从自己的影子里衍生出顿显那联，因为她是在没有月亮的半夜降生的，所以被称之为黑暗女神。由于他们的结合生下了八个兄弟、八个姐妹，他们被称为天神（神魔），他们属于既非完全的神，也不是完全的恶魔的那类生灵。这八个兄弟和八个姐妹也各自有他（她）们的异性作为丈夫或妻子。这十六对夫妇又生出许多的恶魔。这些恶魔构成了本教的恶魔世界。
（上述描述大部分转引自杨学政，萧霁虹的《本教文化之旅》第107-108页和察仓·尕藏才旦的《西藏本教》中第26-37页的相关内容。）
有一部迄今仍在藏区广为流传的民间长诗《创世歌》，也反映了本教的这种自无生有、从卵生出世界的创世观念。它的开头便是这样的：“最初世界一片空，后生白霜和清风，霜风变成五蛋：紫色玛瑙第一蛋，红色铜蛋这是二，青色铁蛋这是三，黄色金蛋这是四，白色海螺第五蛋。”（察仓·尕藏才旦：《西藏本教》，拉萨：西藏人民出版社，2006年，第35页。）后来，从这五个蛋中又生出了“地狱的种子”、“智净种子”、“逃跑的种子”、“非神的种子”和“人的种子”。关于世界的概貌和分布状况，这首《创世歌》里是这样唱的：“五源形成根本基，最早却是风产生。交杵金刚风形成，这里居住地狱部。在这上面生成火，火像莲花盛开态，这里居住恶鬼部。在这上面生成水，水像轮子转动态，这里居住野兽部。在这上面生成土，土像漫漫浸过态，这里居住人类部。”（察仓·尕藏才旦：《西藏本教》，拉萨：西藏人民出版社，2006年，第35页。）不过，对于生命的起源，这首歌里介绍了物种繁衍的四种类型：暖生、胎生、卵生和化生，明确指出了居住在南瞻部洲（地球）的人类是胎生。
二，白牦牛所变的世界和生于龙母的世界
原始的世续本教有着白牦牛崇拜，把白牦牛当作神灵的化身，认为世界是由白牦牛神变化而来的。比如在藏族创世神话《万物起源》中就说：牛的头、眼、肠、毛、蹄、心脏等均变成了日月、星辰、江河、湖泊、森林和山川等。至今还在安多藏族地区广为流传的《斯巴宰牛歌》也反映了这种观念。所谓“斯巴”，就是“宇宙”、“世界”、“有”、“存在”的意思。歌中唱道，“斯巴最初形成时，天地混合在一起，分开天地是大鹏”，又说“斯巴宰杀小牛时，砍下牛头放高处，所以山峰高耸；斯巴宰杀小牛时，割下牛尾在山阴，所以森林绿郁郁；斯巴宰杀小牛时，剥下牛皮铺平处，所以大地平坦坦”，把被宰杀后的小牛的头、尾、皮作为了山峰、森林、平川的形成来源。
另外，在本教的经典《十万龙经》中，则说：世界万物是起源于原始的母龙，它被称为“龙母”。龙母头的上部变成天空，右眼变成月亮，左眼变成太阳，四颗上门牙变成四颗行星。龙母一睁开眼睛，就有了白天，闭上眼睛时，黑夜就降临了。龙母的声音形成雷，舌头形成闪电，呼出的气形成云雾，眼泪形成雨。它的鼻孔产生风，血液变成本教宇宙中的五大洋，血管变成江河，肉体变成大地，骨骼则形成了山脉。
三，四大种与微尘形成的世界
四大种，也就是地、水、火、风这四种宇宙的基本元素，这是古印度哲学的概念，佛教也将它纳入了自己的理论体系。“微尘”也是一个佛教的概念，它就如同科学界目前所发现的基本粒子，比如质子、中子、光子、介子、超子等等一样，是构成一切物质的极小单位。印度早期部派佛教的说一切有部就认为，诸如山河大地、房舍等一切外部世界以及肉身等所有粗大物质，都是由微尘所堆积而组成的。
雍仲本教对世界万物的起源的看法，也脱离了早期本教中神话传说的阶段，采用了四大种、微尘的概念和理论，认为是微尘演变了大千世界。
它认为世界万物的起源分十个阶段，第一个阶段是微尘，它有四大特点：
（一）无东南西北方向的区别；
（二）具有转动的能力；
（三）具有一定的引力；
（四）具有聚合和分散的能力。
微尘是构成世界的最小单元，它的成分就是地、水、火、风，它们又各有不同的性质，地的性质为坚实性，水的性质为湿润性，火的性质为暖炽性，风的性质为轻动性。世界就是由这四大基本元素构成的微尘之聚合、分散的运动变化和相互作用而形成。
具体的形成情况是怎么样的呢？
在天地混沌未开的远古，宇宙完全笼罩在黑暗之中，但微尘物却在黑暗中存在着，而且一直在运动着。土、水、火、风在虚空中不停地交错运行。这些渴望变化、渴望能够有所作为的尘埃，纷纷飘扬，不安分地盲目行进。它们是黑暗世界最初的流浪者，试图冲击黑暗的硬壳。它们在黑暗中滚动，相互摩擦，呼应一种气息，企望自己发生变化。
运动、摩擦、碰撞的结果，终于产生了一股似有似无、柔和而又静谧的微风。那风像初生婴儿的呼吸，微弱却不停顿。吹着吹着，气息的聚集越来越粗壮；吹着吹着，黑暗世界开始搅动、摇晃起来，整个世界开始动荡不定。风吹动着诸多元素的运行和化合，风变得越来越阴沉而又猛烈。忽然，霹雳巨响，黑暗中有了闪电，出现了光亮，聚积起了乌云。乌云越聚越厚，随后下起了倾盆大雨。
雨停后，出现了海洋，风又搅动海洋，越搅越大，越搅越有力，搅到了海底，海面出现了无数凝重、泛黄的泡沫，就像乳汁中提炼的酥油，大地和山峦从海里诞生出来，世界就在海洋面上问世了。
海洋渐渐退去，退海形成高原。出现原始森林、原始动物、猿和猴类，猕猴变成人类，世界经历了相当漫长的历史岁月。
（上述引文出自察仓·尕藏才旦：《西藏本教》，拉萨：西藏人民出版社，2006年，第32-33页。）
四，方格与三界
本教又把世界视为由许多相互联系的“方格”所组成的，而这些方格又分为天上、地上、地下三层，分别为天神、人、魔鬼所居。这种并列的方格观念应是藏族早期历史中各个原始部落的独立平等关系的一种反映。由于天神、人、魔鬼三者之间又存在着许多矛盾，为了解决这些矛盾，就产生了一种能在三界间进行沟通、协调的巫者，也就是“本波”。
第六节庞大的神灵体系
本教神殿中聚集着为数众多的神灵，它们可能分别起源于吐蕃本土、象雄、印度、汉地，还有一些起源于波斯，它们散布在天界、地上和地下，包括了各种天神、山神、水神、创世神、生活神、护法神……总之形形色色、林林总总，体系非常庞大。
一，世续本教的主要神灵
（一）三大神灵
本教将宇宙分为上中下三层，上层为天界，“赞”神居住于此；中层为地上，“念”神飘荡于此，是一方之主，主宰天灾与祸福；下层为地下，居住着“鲁”神，他们掌管着疾病，也守护着地下宝藏。这三大类神灵是藏区三界的守护神。
1，赞神
赞神的“赞”字有多种含义，如凶死之游荡冤魂，如祖宗崇拜之天赞，如动物力量胜于人者等等。赞神更多是指以天空为活动中心并非常凶悍的一种神灵，以猛兽为基本特征的三头六臂的恶魔。
第一类赞神中，有大赞、小赞、外赞、内赞、中赞、岩赞、水赞、地赞、天赞、卡赞、垛赞、萨赞、鲁赞、山崖赞、雪山赞、住所赞、成人赞、寻香赞、闰王赞、夜叉赞、秽煞赞、神殿勇赞等等。这一类神灵通常被描述为身躯壮硕、四肢粗短有力的人形，有男有女，呈现忿怒相，头、手、身的数目不等，脸庞呈各种颜色，以蛇束发，口吐瘟病之气，手持各种致命的武器以及蛇或人头骨，由他们施出的疾病，最典型的是腹绞痛，叫“赞病”。
在这一类赞神中，出名的有载乌玛保，又名红夜叉护法神，他是藏地著名的世间护法神之一，也是桑耶寺的护法神，人们认为他是赞神之首。此外还有雅秀玛保，他是一千赞魔的首领；扎西沃巴，他是桑定寺的地神，也是扎什伦布寺和东嘎寺的保护神；红岩赞神、巴瓦七兄弟等也很有名。
还有一组非常有名的女神都是从卵中诞生出来的，比如世界上最早的卵生九女神、大力杰姆九女神、“贝”系九卵女神，她们在民间传说中被称为“贝”，是古代本教最重要的一些神灵。据说后来在域金普姆地方被莲花生大师收服。
另外，本教中的厉鬼赞神是一种凶恶的游魂，特别是凶死者的“魂赞”，它们既不能升天也不能下地狱，到处游荡，一旦被人触犯就会加害于人。比如则玛尔，他是一个在朝拜路上被匪盗杀害的西康人的冤魂，后来被佛教之神收服，成为色拉寺的护法；红岩赞神，是一位被强盗杀死的修行僧人的精魂变成的凶赞，被亚东地方的一位高僧收服为本教的护法神。还有岩赞东岱吉、金刚岩赞多吉旺查载、查那赞郭、“护库五厉鬼”赞主等，都是比较著名的厉鬼赞神。
2，念神
“念”字意本为凶恶、残暴和灾难，“念神”一般是山神。按本教的解释，山神之所以成为念神，是因为山是念神附着之地。藏族先民对念神的崇拜特别突出，他们认为任何一座山峰都有神灵，这些神灵主宰着风雨雷电、狩猎采集的丰欠和人类的吉凶祸福。
本教经典《十万白龙经》记载说，念神居于空中光明处，但其神通显示在人间的四面八方，到处引起瘟疫之灾。念神是西藏古代非常重要的一类神灵，在止贡赞普的时代，本教把念神吸收进自己的神祇系统，并且还赋予了他们更大的权力。本教徒认为，念神的根基在空中和光明之处，但他们的主要活动场所则在高山峡谷之中，他们主宰着天时地利的顺逆、生物的兴衰繁减、人类的生死安危和瘟疫的传播与消除。当佛教从印度传入西藏后，念神也仍是西藏民间信仰的主要神灵。
（1）四大念神
玛钦伯姆热，人称“阿尼玛卿山”，是战神大王、岩赞、玛域众土地神之首，四大念神之首，本教徒把它看做是己方的神灵和保护神，他也是甘丹寺特有的护法神。
伊杰玛奔，也是一位大念神，位于雪域多麦东部的汉藏交界处，承担着多方面的责任。
唐拉雅秀，人称“库主念青唐拉”，被大家看作是财宝守护神。
俊钦唐热，据说和觉瓦觉钦是同一位神祇。
（2）世界形成之九大念神
分别是沃德贡甲（念青唐拉山神之父）、雅拉香波、念青唐拉、觉瓦觉钦、玛钦伯姆热、觉沃域加、西乌喀日、吉雪旬拉楚保、诺吉康瓦桑布。
此外，还有“二十一凯念神”也很有名气。
本教的念神还另有许多种类，主要有白念、黑念、四方念。
（3）四大山神
雅拉香波，又称“斯巴大神”、“大神香波”，位于山南的琼结县境内，是雅隆河谷所有本地神和土地神的首领。他最早的形象是一头白牦牛，后来转化成了一位身体白如海螺，身穿白衣的白人神。
库拉卡日，是山南一座大雪山的化身，还被认为是格萨尔王的精魂。
诺吉康瓦桑布，居处位于江孜附近的诺吉康瓦桑大雪山，是后藏地区的土地神之主，与毗沙门神是同伴，有六种身形。
念青唐古拉，是藏区最著名的山神，大念青唐古拉山脉的统治神，掌管冰雹的十八冰雹神之一，又是布达拉宫红山上的保护神，还是“卫藏四茹”的地方保护神。
（4）著名五山神
冈底斯山，藏语为“众水之源”，被尊称为“岗仁波切”，意为“大宝雪山”，在西藏阿里普兰县境内，被本教和佛教均尊奉为世界中心。本教称它为“九重雍仲之山”，认为它是万山之父、万水之源，是贯通宇宙三界的神山。
傲拉玉则，全称为“念神之主，居蛮荒之地精怪大王傲拉玉则”，位于阿尼玛卿山东边，据说他能保佑人和牲畜免遭疫病，又能防盗护财。
拉钦年吉贡翁，也称为“柴贝阿达年吉贡翁”，是安多藏地的大山神，能攘除灾疫和由雷电、流行、魔、赞和鬼等引起的灾难，还能保护佛教徒免受外道的伤害。