在达尔文乘“贝格尔号”远洋进行考察取得进化论这个重大的突破之前，对于自然界的物种人们一直持的是自然神学派的观点，这种观点主张世间一切物种是上帝制造的，上帝作为造物主规定了世间的生存秩序。著名的观点如“钟表匠理论”，如果你发现一块钟表，那么一定有一个钟表匠存在，推而广之，人类及物种背后一定也有一个制造者，虽然在现在的我们来看这种观点较为荒唐，然而在当时却赢得了大多数人的信仰；还有“拉马克主义”，较为通俗易懂，主张用进废退和获得性遗传，如长颈鹿的脖子与鼹鼠的眼睛就是用进废退的例子。在这些观点的背后，达尔文通过很长时间的考察，得到马尔萨斯的人口论与加拉帕格斯群岛的鸣雀的引导，得出了初步的自然进化的观点，在华莱士的“逼宫”之下，《物种起源》诞生，举世轰动，各种赞誉与批判的声音笼罩着整个世界，人们为达尔文争论，为探寻物种的来源而争辩。我们对这段历史进行考察，明了各种关于进化论的观点，直到进化论的一些缺陷，有利于我们更好地了解当时及现世的理论争鸣与进化论的不断完善。
达尔文的进化论主张“物竞天择，适者生存”，人及其他动物不是由上帝制造的，而是不断进化而来的。这些观点的形成在我看来离不开三个重要的因素：（1）达尔文跟随“贝格尔号”出海远洋进行考察，在许多地方采集标本，发现进化的事实；（2）赖尔的《地质学原理》，受其影响，达尔文坚定了物种渐变的理论；（3）受马尔萨斯《人口论》的启示。在这些因素的综合作用下，达尔文形成了初步观点，并形成了论文《论变种无限离开原始性的倾向》，明确指出自然选择的观点。然而在这之后，达尔文并没有进展，没有出版任何书籍来深入自己的观点，《物种起源》一直被搁置。直到一名叫华莱士的年轻人通过自己在马来群岛的考察形成和达尔文相似的观点并将论文寄给达尔文时，他才幡然醒悟，可是为时已晚，最后在学界的允许下同意他将《物种起源》的目录与华莱士的文章一起发表，然而这两样东西在当时并没有引起多大的轰动。直到1859年《物种起源》正式出版，整个世界才开始沸腾起来，各种声音传来，有支持声，如赫胥黎等人，也有反对者，如波普尔、电磁理论奠基人麦克斯韦、英国物理学开山鼻祖开尔文等等，他们的观点诸如质疑达尔文的研究方法、从逻辑上予以批驳等等。无疑《物种起源》的问世，动摇了教会的统治基础，他的观点等于在否定上帝，否定整个教会的基础，于是在牛津展开了著名的牛津论战，双方都有著名的论辩者，支持者如赫胥黎以及一部分教会人士（他们认为进化论与上帝并不冲突，上帝制造生命，甚至制定好了进化的策略，他不必再一个一个费心设计，只需制定一个生物发生和进化的原则），反对者则还有欧文（命名恐龙化石、发现始祖鸟者）以及威尔伯福斯主教等，尽管有教会认识的参与，如威尔伯福斯主教，他也并不是从教会层面来批驳进化论，而是从科学层面来对其进行批判，因此这场论战更大程度上可以说是一场“科学对科学”的论战，而不是“科学与教会的论战”。
这场论战谁也无法说服谁，进化论一直蓬勃发展着，并对自然科学与社会科学产生了极其深远的影响，达尔文也成为20世纪最著名的三个思想家之一，进化论似乎成为了最正统的理论。然而，各种证明其错误的理论也不断产生，对其发生了挑战。第一个来自于美国的斯科普斯案件，即著名的“猴子案”，原告的辩护律师，担任过威尔逊总统的国务卿的布莱恩提出的，他认为进化论根本不能被认为是一种科学，科学是可以被证伪的，然而人类产生这么长的时间，根本无法通过实验来证明，既然这样其就只能被称为一种观念；第二，达尔文的研究方法，达尔文的方法是现提出一个假说，在通过考察来证明，而不是通过大量的考察来进行归纳进行总结得出观点，这种研究方法不免会引入自己的主观因素，从而无法达到客观，得出的结论不完全会有失偏颇；第三，寒武纪的物种大爆发，根据达尔文的理论，物种的起源是不断慢慢进化的，而在5亿6千万到5亿3千万的这三千万年尤其是则最后三百万年间，90%的物种出现了，赫胥黎也发现在物种之间缺少应有的中间型，这明显是对进化论的一个极大的挑战，达尔文自己都说，如果无法回答这一问题，则“进化论将死于寒武纪事件”；第四，动物的利他行为，对进化论的一个更为严重的挑战，进化论主张物竞天择、适者生存，即物种之间是存在竞争的，为了生存它们会尽力获得更多的资源。而动物的利他行为否定了这一点，这些动物之间存在利他行为，有人将其分为亲缘利他行为、互惠利他行为与纯粹利他行为三种，亲缘利他行为如蜜蜂群内的分工，互惠利他行为如白蚁与鞭毛虫、海葵与寄居蟹等，纯粹利他行为则如蜜蜂蜇人之后留下液体与毒刺丧命来提醒同伴······在利他行为的解释中，不得不提到令人震惊的道金斯的自私的基因理论，他主张自然选择的基本单位不是物种，也不是种群或个体，而是基因，因为群体都随时处于动态的变化之中，利他的行为都是表象，根本的出发点仍是自私，基因为了达到延续的目的，注定形成自私的本质，这其实对达尔文的进化论进行了补充论证与支持，然而由于达尔文在遗传学方面的失误，他没能很好地回答这个问题；第五，动物的性选择，达尔文一直很讨厌孔雀这种动物，尤其是雄孔雀的艳丽的尾巴，这条没有什么用却未被摒弃的尾巴对其的理论进行了挑战，因此达尔文提出了性选择这个观点，认为雄孔雀之所以这样是因为为了引起雌孔雀的欢心，从而达到延续的目的，也是其自然竞争的表现。然而另一位进化论的先驱华莱士却提出了反对意见，他基于一些体色鲜艳的漂亮小鱼是体外受精的事实从雌性着手，认为其朴素的颜色是一种保护的颜色，而雄性的鲜亮的颜色有两个作用，其一在于自然本色的表现，其二在于物种识别，很显然达尔文的理论也无法说服我们。以上是指出进化论缺陷的一些观点，我们可以看到进化论虽然是当今的关于物种起源的主流观点，然而其也存在一些内在缺陷，如果无法解决这些问题，进化论就无法成为一种科学。
前面说到达尔文的进化论对自然科学的影响以及受到的挑战，我们也不得不看到社会方面的影响。其一在于对于教会的影响，进化论的出场动摇了教会的统治基础，因此他们对其的批驳最为积极，其二则在于社会达尔文主义的出现以及后来所造成的各种影响，在《物种起源》出版之初，恩格斯就表示了对于斯宾塞等人的“社会达尔文主义”的担心，到后来，这种担心变成了现实，一些人诸如希特勒主张种族的优劣之分来对一些种族进行迫害，演变成民族悲剧。然而社会达尔文主义受到了批评，主要论点在于“优”的标准是无法确定的，无法制定一个很好的标准来区分所有物种，然而其也并不是一无是处，正如很多人所说，社会达尔文主义是放手鼓励人们通过自身的奋斗来改变自身的境况，也起到了积极的作用。然而，我们所说，社会达尔文主义毕竟产生了极其严重的影响，这种关于种族优劣的观点已经脱离时代的观点，已无法在新的时代生存。
我们通过进化论的演化史与争论史可以看到，一种科学或理论的产生，必会经过重重挑战，科学的产生只有经过时间的检验与争吵，才能使得这种理论不断发展。我们不必为了支持进化论而去批驳一切反对进化论的观点，如果没有这些反对声音的存在，进化论则无法进步，科学则无法进步。