雅比之战后，扫罗留下精锐部队三千人，其中两千人归自己指挥，驻扎在密抹和伯特利山，一千人归儿子约拿单指挥，驻扎在老家基比亚，其余人全都打发回家去了。
约拿单率兵攻打迦巴的非利士人，这时，扫罗吹号使各处的以色列人听见，跟随他聚集在吉甲，做好攻打非利士人的准备。
非利士人调集了三万辆战车，六千骑兵和无数步兵，在伯亚文东边的密抹扎下营。
以色列人见非利士人如此强大，许多人都逃到山洞、丛林中躲藏起来，还有一些人逃到了迦得和基列，而在吉甲的以色列人都战战兢兢地跟随着扫罗。
扫罗按照撒母耳所定的日期等了七日，但还不见撒母耳来到吉甲，这时军心更加动摇，百姓们都离开扫罗散去了。在此情况下，扫罗只好冒着触犯大祭司的危险，自行给耶和华奉献燔祭。
谁知，刚献完燔祭撒母耳就到了。扫罗出去迎接他，向他问好。撒母耳见扫罗擅自作燔祭，十分恼怒。扫罗解释道：“因为我见百姓离开我散去，您也没按所定的日期来到，加上非利士人聚集在密抹，马上就要向吉甲进军，我担心在没有祷告耶和华之前就遭到非利士人的袭击，于是就勉强献上了燔祭。”
擞母耳说：“你做了糊涂事了。不遵守上帝的命令，你的王位必定不能长久。因为你的过失，上帝已找到另一位合他心意的人，立他做百姓的王。”说完，撒母耳就转身去基比亚了。
这时，扫罗与儿予约拿单率领仅有的六百多人驻扎在便雅悯的迦巴，准备迎战非利士人。
非利士人兵分三路入侵以色列：一队往俄弗拉向书亚地去；一队往伯和仑去；另一队往洗波音谷对面的山谷向旷野去。
扫罗的儿子约拿单力能拔山，胆识过人。
一天，他背着父亲扫罗，对年轻的侍卫说：“我们去非利士人营中偷袭。我们有耶和华保佑，不在乎人多人少，定能取胜。”于是他们对谁都没说，悄悄离开了迦巴。
为了接近非利人，他们故意暴露在山洞外，非利士人看到他们后就向他们高喊，要他们过去。约拿单爬上隘口，他的执刀侍卫跟随其后，当他击倒一个非利士人后，他的侍卫立即拔刀将此人杀了。就这样，他们在非利士人的营中一连杀了二十余人，一时地动山摇，非利士人军营大乱。这时原先在非利士人营中服役的希伯来人趁机反戈，相互残杀起来。
扫罗见非利士军营大乱，非常奇怪，查点人数后，才发现是约拿单和他的侍卫在偷袭敌营，于是他立即带兵增援。这时那些藏在以法莲山地的以色列人，看见非利士人逃跑，也纷纷出来助战，紧紧追杀非利士人。
这天，上帝使以色列人大胜，他们追杀非利士人直到伯亚文。
在追杀非利士人过程中，扫罗要以色列士兵起誓说，凡不等到晚上向敌人报完了仇再吃东西的，必受诅咒。以色列士兵个个又累又饿，在经过一片树林时，见树上的蜂窝中有蜜流下来，但谁也不敢蘸一滴吸入口中。约拿单没有听到父亲叫士兵起的这个誓，所以他用手中的杖伸入蜂房中蘸蜜吃，饥渴得到了缓解，眼睛变得明亮起来。
这时，一个士兵告诉他扫罗要士兵起誓的事，约拿单说：“我父亲的禁令不合情理。你看，我尝了这一点蜜，眼睛就明亮了。如果士兵们都像我一样吃了蜜，岂不杀敌更多吗？”
这天，以色列人从密抹追杀非利士人，一直到亚雅仑。晚上收兵后，个个疲乏，急忙将所夺的牛羊宰杀于地上，连血带肉一起吃了。
接着，便有人向扫罗报告了这件事，扫罗大惊道：“这下你们得罪了耶和华了，今日将要有大石头滚到我这里来了。”他立即命令不许再吃带血的肉，重新宰杀一批洁净的吃。
扫罗为上帝筑了一座坛，这是他第一次为上帝筑的坛。
扫罗对众人说：“我们不如趁夜色追杀非利士人，天亮之前将他们斩尽杀绝。”祭司说：“我们应当先求问上帝。”于是扫罗求问上帝，但这次上帝没有回答他。
扫罗感到很奇怪，断定今日有人犯了重罪，就说：“众长老查明今日是谁犯了罪，然后报到这里来。我指着耶和华起过誓，就是我儿子约拿单犯了罪，他也必死！”但是没有一个人敢做声。
于是，最后决定抽签，由上帝来指示实情。抽签结果，约拿单中签。
扫罗就问约拿单：“告诉我，你到底做了些什么？”约拿单说：“我只是用手里的杖蘸了一点蜜尝了尝，难道这样我就该死了吗？”
扫罗说：“约拿单哪，你一定要死！若不然，上帝必会重重地惩罚我。”但是众人齐声为约拿单求情，说：“约拿单今日立了大功，拯救了以色列人，断不可让他死！”最终，约拿单才免了一死。
扫罗放弃了继续追杀非利士人，非利士人这才得以返回本国。