在中共六届六中全会上，听了王稼祥传达的季米特洛夫的指示“中国党的领袖是毛泽东”，张闻天当即向毛泽东提出，推举毛泽东同志为中共中央总书记。
毛泽东没有同意张闻天的意见，仍坚持由张闻天担任中共中央负总责。
张闻天是个明白人。此后张闻天便逐渐交权，把负总责的工作，移交给毛泽东。召开政治局会议的地点，也移往毛泽东住处。
1939年初，张闻天实际上已经不担任中共中央负总责之职。
在1939年7月至8月的中共中央政治局会议之后，张闻天实际上只分管宣传、教育工作。
1942年2月1日，毛泽东在延安中央大礼堂作了著名的《整顿党的作风》的演说，从此开始了“延安整风运动”。
张闻天认为自己“过去没有做实际工作，缺乏实际经验，现在要补课”。于是他出任“延安农村工作调查团”的团长，带队到晋西北去进行农村调查，在那里工作了一年多。这一年多，他离开了延安，在农村蹲点调查。
1943年3月3日，张闻天接到通知，赶回延安，出席政治局会议。3月20日，中共中央政治局会议通过了《中央机构调整及精简决定》。这一决定，“其目的，在于使中央机构更加简便与灵活，使政权更加统一与集中，以达到更能增强中央的领导效能”。
《决定》指出，“政治局推定毛泽东同志为主席”，从而结束了张闻天中共中央负总责的职务。从此，毛泽东正式成为中共最高领袖——尽管此前毛泽东早已是中共最高领袖，但名义上的“负总责”仍是张闻天。
从遵义会议起，至此时，张闻天担任中共中央负总责达八年之久。过去中共党史几乎不提这一史实，总是说“遵义会议确立了毛泽东的领袖地位”——话虽不错，但是也就用这句话遮盖了张闻天担任中共中央负总责八年的史实。其中的原因不言自明，因为张闻天在1959年夏的庐山会议上蒙尘，也就抹去了他的历史贡献。难怪王震在1985年6月22日得知中共中央有关部门着手编辑《张闻天选集》时，在所写的批示中说道：
许多同志似不知张闻天同志任中央书记多年这一历史事实。历史要真正实。
王震在这里还只是说张闻天“任中央书记多年”，实际是“任中共中央负总责八年”。1943年3月20日的《决定》还指出：“书记处重新决定由毛泽东、刘少奇、任弼时三同志组成之，泽东同志为主席。”
《决定》中有一极为重要的规定：“主席有最后决定之权。”
这样，毛泽东成为中共中央政治局主席兼中央书记处主席。这是中共中央第一次设“主席”——在此之前，称“中央局书记”、“中央执行委员会委员长”、“中共中央总书记”。这一回设“主席”，据云是因为人们对毛泽东已叫惯了“毛主席”——中华苏维埃共和国中央政府主席。
《决定》中指出，“刘少奇同志参加军委并为军委副主席”，表明刘少奇此时在党内地位大为提高，因为他同时又被提升为中央书记处三位书记中的一个。
从此，张闻天离开了中共中央领导岗位，只是担任“中央组织委员会委员”。
就在中共中央政治局作出《中央机构调整及精简决定》不久，张闻天参加了中共中央高级干部的整风运动和关于党内历史上路线是非的学习讨论。张闻天是一个律己甚严的人，他对自己过去的“左”倾错误作了检查，在1943年12月写下总结自己思想历程的整风笔记。
张闻天在整风笔记中，有一段写及自己取代博古成为中共中央负总责的客观背景，写得那么富有自知之明，那样深刻自我解剖，是很不容易的：
对于我个人说来，遵义会议前后，我从毛泽东同志那里第一次领受了关于领导中国革命战争的规律性的教育，这对于我有很大的益处。
但因遵义会议没有提出过去中央政治上的路线错误，而且反而肯定了它的正确，使我当时对于我自己过去的一套错误，还很少反省。这在毛泽东同志当时只能如此做，不然我们的联合会成为不可能，因而遵义会议不能取得胜利。为了党与革命的利益，而这个利益是高于一切的，毛泽东同志当时做了原则上的让步，承认一个不正确的路线为正确，这在当时是完全必要，完全正确的。这个例子，可以作为党内斗争一个示范来看。
在遵义会议上，我不但未受打击，而且我批评了李德、博古，我不但未受处罚，而且还被抬出来代替了博古的工作。这个特殊的顺利环境，使我在长久时期内不能彻底了解到自己的严重错误。
如此坦诚，如此冷静，张闻天自以为是“被抬出来”的，也就主动地从“负总责”的地位上退了下来。
张闻天写好整风笔记后，即送毛泽东过目。毛泽东看罢，到张闻天的窑洞里来，对他说：“我一口气把它读完了，写得很好。”