UFO 来自何方是一个大家最关注的问题。人们对UFO 的来源作了种种推测。我国和西方各国均有人研究所谓的UFO 基地（ 即母星和活动地点） 问题。虽说法不一，但归纳起来可分成两大类：一类是宇宙基地说，另一类是地球基地说。
宇宙基地说
不少UFO 研究者认为，UFO 来自外太空（ 即来自银河系或其他星系）。它们是由若干艘庞大的宇宙飞船——UFO 母舰——运到太阳系附近，在那里自成基地或寻找某个星球建立基地，然后再被释放出来，列队或单独进入地球空间。这些UFO 有时无乘员驾驶，受母舰遥控。有时由类人生命体或机器人控制。据推测，UFO 可能在太阳系的金星、火星或其他行星或其卫星上建立了“中继站”，也可能在月球上中途歇脚或作永久性驻地。
地球基地说
美、英、法、日等国的UFO 研究者中，不少人认为UFO 并非来自外太空，其基地就在地球上。持此种观点的人又分3 类：
1. 海底基地说：加拿大的让· 帕拉尚等人首先提出这种假说。他们经过调查研究， 认为一万或几万年前，大西洋上原先有个高度文明的大西国（ 在大西洋上），后来因发生战争或洪水或星球撞击，使大西国沉沦洋底，大西国人（ 即玛雅人）随之转入洋底生活，在那里建立永久的基地。但有时也乘UFO 冒出海面，邀游空间。帕拉尚等人还用此观点来解释百慕大三角的神秘事件和UFO 经常出没这片海域的奇异现象。
2. 南极基地说：在UFO 研究者中少数人认为，飞碟可能是德国纳粹的秘密武器。UFO 专家安东尼奥· 里维拉就曾这样认为，他经过调查得知，第二次世界大战末，德国人设计出了几个飞碟，其中几架很可能被纳粹用潜艇运到南美和南极。南美洲，特别是阿根廷、巴西的UFO 现象十分频繁，这一现象似乎足以证明这个假说。因此，一些人便推断南极（EricThomason）拍摄到的一系列照片之一，该照片1993年3月10日拍摄于澳大利亚马塞林海滩，托马斯说，该物体是从海中升起的。
存在着UFO 基地。后来的资料表明，二战时，德国确实研制过飞碟，战败时将样碟和工厂炸毁，人员流散在美国等地。尽管如此，这种地球人造飞碟绝不能包括所有的飞碟。
3. 地内基地说：以德国UFO 专家威廉· 哈德森炎为代表提出，UFO 是地球上一种高等智慧生物的乘具，这种智能生物长期以来居住在地球深处，在那里发展了一个地下文明；他们不习惯在地球表面的空气中生活，因而需乘特殊飞行器才能外出，进入空间。
他们的出口往往建在深山峡谷之中，或荒无人烟的大沙漠深处。
也有人认为，地层的裂缝是它们的天然出口，非洲大峡谷地带是UFO 案例多发区，正好支持这种假说。
另外，美国一飞行员在对北极进行考察飞行时曾见过绿洲和洞口，并飞入亮如白昼的洞内。如果此事确凿，这是支持UFO 地内说的最好案例。因此，裂缝处或洞穴处往往是UFO 现象的高发地区。有人还提出了地内文明出入地球的出入口位置。
另外，法国的UFO 专家亨利· 迪朗经过调查后提出广瀚的沙漠地带可能是飞碟的活动地。因此认为我国西北新疆群山与沙漠以及蒙古人民共和国的首都（ 是工业和原子能中心，位于中国和俄罗斯之间）乌兰巴托南边是戈壁大沙漠，这里发生过多起奇异的事件，其东北面是雅布洛诺夫山脉。在该市与大山脉之间有五个荒凉的沙漠区域，四周有陡峭的山崖的保护。
从中国和前苏联西伯利亚得到的目击报告表明，飞碟的飞行路线经过这一无人区域。这一点同一些探索者观点相吻合，这些探索者指出，这个地区和戈壁沙漠可能是外星人的基地……他们认为：
“俄国人炸毁了位于蒙古北部的一个秘密的飞碟基地。这个基地由一些隧道和金字塔形的建筑物组成。”这种结构与在月球上发现的结构极其相似。
我国也有人提出戈壁中可能是UFO 基地的推测，并有许多事实（ 包括人员失踪事件和UFO 跟踪民航飞机的案例以及1993 年秋中英考察队路经塔克拉玛干大沙漠时遇到飞碟） 都说明UFO 确实在新疆戈壁滩出没和活动。
那么为什么UFO 选择沙漠作活动基地呢？
①如同地球人类向月球发射载人飞船选择月面沙地和回收飞行器选择月海作为软着陆场地一样。同样，外星人要在地球上着陆，采集标本或进行研究，戈壁滩沙漠可以说是他们选中的好地方。
②据美国的专家埃梅· 米歇尔分析，外星人驾飞碟有避免同地球人发生第三类接触（ 即近距接触） 的倾向。如果此结论成立，那么人烟稀少、人迹罕至的浩瀚戈壁沙漠理所当然地是它们在地球上活动的好场所。在那里不易被人发现。
③在地球上，沙漠是陆地面积的重要的一部分，外星人研究地球，沙漠自然就是不可缺少的部分。有名的戈壁沙漠大多群山环抱、地域辽阔、地形复杂、气候多变，地下还有丰富的石油等矿藏，是一个不可多得的综合研究对象。
从近几年来的UFO 案例来看，UFO 起初多在偏僻处活动，尽量少与人类接触。凤凰山奇案说明飞碟也喜欢深山老林的奇异地带，经过考核，凤凰山一带和大兴安岭、西伯利亚很可能有飞碟基地。近来UFO 却频频出现在大城市、军事要地和核基地，似乎也不那么怕与地球人正面接触，可见外星人在考察地球的过程中也有一个从陌生到熟悉的过程，从避免接触到逐渐增加接触的过程。
关于基地的各种假说，众说不一，各有其理。笔者认为天外基地与地球基地说都有可能。从UFO 三类接触案中有的外星人自述是来自昴星团。在另一些接触案中外星人用心灵感应和书信的方式说明他们来自15 光年之遥的“犹摩”星上。
凤凰山奇案中外星人用汉语告诉孟照国他们来自银河系上。后来得知他们是来自哈马木星系。这些案例都是对星外基地说的有力支持。但另一些案例又是对地球基地说的有力旁证。据分析，这两种可能都存在。随着UFO 研究和探索的深入，这些问题的答案会越来越明晰。外星人的根据地吗？