在多姿多彩的大千世界中，生活着多种多样的生命体，从最大的动物鲸鱼，到最小的微生物，它们相互之间都不是孤立存在的，而是相互联系在一起，互相依存、互相帮助、共同生活，我们人类也一样，从你呱呱落地，睁开一双好奇的眼睛开始，不但要和你所见到的小猫、小鸟、花儿、面包打交道，而且还要和你看不到的空气、微生物交朋友，尤其是微生物是无处不在，在你不知不觉中它们就钻进你的肺里、胃里、肠道里、皮肤上，并开始大量的生长繁殖。其中许多微生物对我们是必不可少的。这些微生物大多和人体自身细胞密切接触，可以与人体细胞交换能量和物质，具有营养、免疫、刺激生长、对抗外来病原菌的作用。所以，人类在长期的进化过程中已与它们形成了互惠互利的朋友关系，人体为其提供生长的环境、营养，同时这些微生物合成一些人体需要而又不能自己合成的营养物质供给人体，通常我们把这些有益的微生物叫做正常微生物。
在我们每一个人的皮肤及肠道里经常有一层微生物存在，这一层微生物不但对我们无害，而且是有益的、不可缺少的，这就是人们常说的人体正常微生物群。这样的微生物体与周围环境形成一个相互依存、相互制约的系统。正常状态下，正常微生物对人体不表现致病作用，例如，我们可在正常人的皮肤上找到金黄色葡萄球菌和其他细菌，在消化道内找到大肠杆菌。但是这些微生物也不是总能够尽职尽责，有时也会和我们闹别扭，当健康状况不佳、免疫功能低下时，金黄色葡萄球菌就可能引起炎症，大肠杆菌能引起腹泻，人体正常微生物菌群之间的平衡遭到破坏。又如腹泻，能分离出的病原体有痢疾杆菌、沙门菌属、致病性大肠杆菌、产毒性大肠杆菌、霍乱弧菌、螺旋体、轮状病毒及原虫等。
我们从一出生开始，就立即被微生物的世界包围起来，凡是与外界接触相通的部位，都有微生物的存在，包括细菌、真菌、病毒等。若按重量计算，人体平均携带的微生物总重量约1251克，其中肠道1000克、肺20克、口腔20克、鼻10克、眼1克、皮肤200克。这些微生物按在人体中的分布可分为口腔微生物群、胃肠道微生物群、泌尿生殖道微生物群、呼吸道微生物群、皮肤微生物群。健康人胃肠道微生物群的分布如后表。
人体的微生物主要分布在肠道，胃肠的微生物量约占人体总微生物量的786％，粪便重量的1／3～2／5是微生物，其中在肠道约1000克的微生物中，只能在无氧条件下才能生存的厌氧菌又占95％以上。那么，这些微生物是哪来的？又是怎样形成的呢？
部位
微生物群
咽，喉
链球菌，乳杆菌等
胃，十二指肠
乳杆菌，酵母菌
空肠，回肠
乳杆菌，链球菌，大肠杆菌等
首肠，结肠
双歧杆菌，类杆菌，棒状杆菌，大肠杆菌等
粪便
双歧杆菌，类杆菌，棒状杆菌等
刚刚出生的婴儿，其肠道是无菌的，但通过婴儿的口、鼻等入口，微生物就进入到人体的肺、胃肠道处。婴儿出生后才1～2小时，其肠道内就已有了微生物，它们生长繁殖得很快。
最先进入人体的是好氧及厌氧的微生物，随着好氧的微生物的生长、繁殖，氧气慢慢耗尽，厌氧的微生物便开始生长，并超过好氧微生物，成为优势菌。在人的一生中，肠道微生物处于不断的运动变化中。当人身体正常健康时，这些微生物群与人体能形成一种稳定的平衡状态，一旦这种稳定的平衡状态被打破，人就会患这样或那样的疾病。
我们这里所讲的人体正常微生物群是指特定的微生物，在人体特定的部位，在长期的进化过程中形成的对微生物和宿主互惠互利的统一体。对植物是正常的微生物群，对动物可能是致病微生物，对动物是正常的微生物，对人可能是致病微生物。比如，蚊子能长期保留乙型肝炎病毒，对蚊子不致病对人却是致病的。因此，我们通常说的病原微生物也是相对的，对人是致病的微生物，对其他生物来说可能是正常的微生物。实际上，世界上不存在对任何寄主都致病的微生物。正常情况下，微生物与其宿主处于相互作用、相互制约的平衡状态，一旦受到外环境的影响，平衡状态被打破，寄主就可能患病。比如，成人轮状病毒（引起腹泻）在健康人中有一半以上都带有该病毒。所以说人体携带的微生物中感染是普遍的，发病是偶然的。