1856年8月的一天，在德国西北部的尼安德特河流域，一个工人在石灰岩矿里发现了一些骨头，他以为是穴居熊的骨头，就把它收好，并拿给约翰尼·佛罗特看。佛罗特是当地的小学教师，一个热心的自然历史学家。
佛罗特立刻意识到，这个发现远非熊的骨头。它的头骨和人的头骨差不多大，但形状不同，其前额低平，眉骨隆起，鼻子大而突出，门牙很大，后脑勺突起。从所发现的骨骼来判断，它的身体也和人相似，可能比一般的人要矮小和粗壮，并且有力得多。佛罗特认识到，这些骨头的重要意义在于它们是在远古时代的地质沉积物中发现的。
这位小学教师与附近波恩大学的解剖学教授赫尔曼·沙夫豪森取得了联系。他同样认为这些骨头很特别，正像他后来所描述的，“这是一个迄今为止还不被人们所知的自然存在物”。沙夫豪森相信，这个工人所发现的确实是一个新的——或者说相当、相当老的——人种类型，我们可以把它称为尼安德特人。沙夫豪森甚至推测，尼安德特人是现代人的古老祖先。
假如教授和小学教师期待着用一种科学的确立来庆祝他们的发现的话，他们只有失望了。因为达尔文在《物种起源》一书中加以清楚说明的进化论，也是在三年后即1859年发表的。当时，对大部分科学家而言，认为人类是从其他物种进化而来，似乎是完全荒谬的，更不用说进化于由这些骨头所代表的一种生物了。当时最著名的病理学家鲁道夫弗吉尔在仔细检查了这些骨头后宣布，他们属于一种普通人类——一种遭受了某种异常疾病的人类。其他专家都赞同此种说法。
然而，到了19世纪末，大部分科学领域开始盛行达尔文主义。一些科学家，如法国的加布里埃尔·德·莫提里特再次查看了这些骨头，并坚持认为现代人类是从尼安德特人进化而来的。在法国、比利时以及德国发现的更多的尼安德特人遗骸也为此提供了依据。这些化石可以追溯到3.5万年之前，这样一来，认为他们是病人或现代人的说法就站不住脚了。
但是，以另一位法国人马塞林·鲍尔为首的大多数科学家仍坚决拒绝承认尼安德特人是人类的祖先。鲍尔承认这些骨骼可能很古老，但他并不认为他们与人类有关。鲍尔辩驳道，与其说这个曲膝、粗颈、弯背的尼安德特人像人类，倒不如说它更像猿猴。他认为，如果现代人类与尼安德特人有任何关系的话，唯一可能的是，不管我们真正的祖先是谁，都不可能是这个“退化的物种”。
在20世纪的大部分时间里，这种科学分歧在不断加大。一派是莫提里特的追随者。他们认为尼安德特人尽管原始，却是我们直接的祖先。另一派，如鲍尔，他们认为尼安德特人充其量不过是我们的远亲，一种物种进化的终点，注定要被现代人所取代。直到近几年，科学家们才开始尝试着在这两种分歧之间架起桥梁。
直到20世纪，鲍尔的追随者还把尼安德特人排除在人类祖先之外。原因在于他们能够提出自己的一种与人类更加相像的人类祖先的候选人。这就是发现于1912年的著名的皮尔顿人。一位名叫查尔斯·道森的业余化石搜寻者在英格兰一个名为苏塞克斯的公地里发现了皮尔顿人骸骨。这一发现立即引起了轰动。但与尼安德特人不同，皮尔顿人的脑壳在很多方面都与现代人相似。虽然像猿猴一样的下巴看起来有些原始，但是他们顶部平平的牙齿更增加了人类的特征。这是鲍尔宁愿承认为自己祖先的人类。
问题在于，皮尔顿人是一场骗局。有人，可能是道森，把一个现代人的头骨与一个猩猩的下巴骨合在了一起，然后把它们弄污，使它们看起来好像很古老。牙齿被锉平，使研究者们陷入圈套。直到1953年，科学家们才想到在显微镜下观察这些牙齿，牙齿的顶端被锉过的痕迹清晰可见。
现在科学家们赞同尼安德特人是人类祖先。不再强调尼安德特人与我们是如何的不同，他们开始注意尼安德特人与人类的相似点。1957年，两位美国解剖学家威廉·斯特劳斯和A·J·E·凯文以一个新的视角观察了那块化石，鲍尔就是以这块化石作为其把尼安德特人描述成野蛮非人类的基础的。这就是1908年发现于法国南部一个洞穴中的拉·切普勒——奥克斯——森特化石。
斯特劳斯和凯文注意到的第一件事是切普勒——奥克斯——森特人患有关节炎。鲍尔也注意到了这一点，但是他忽视了它所蕴涵的含义。对斯特劳斯和凯文而言，关节炎解释了尼安德特人弯曲的体态。这样看来，其余的尼安德特人突然好似与现代人类没有多少不同。两位解剖学家断定，如果尼安德特人“能够再生并且被放置在纽约的一个地下铁道里——只要他被洗浴过、刮过胡子并被穿上现代衣物——他是否会比其他人更加吸引人们的注意力。”
后皮尔顿时代，人们不仅对尼安德特人的外貌而且对他们的行为有了重新评估。20世纪60年代，美国的人类学家C·劳伦·布莱斯首先开始了对尼安德特人使用工具、技术以及生活用品的全新研究。例如，从他们遗留下的灰烬来看，布莱斯推断出尼安德特人是在浅坑中烘烤食物，这种方式与后期的人类没有什么不同。其他人注意到尼安德特人的废墟显得是被故意掩埋，毫无疑问，这是人类的一种习惯。在许多尼安德特人居住地遗留下来的经仔细排列的动物骨头好像也表明他们曾进行过某种祭祝活动。发现于克拉皮那的南斯拉夫人居住地的尼安德特人的骨头，其分解的方式暗示着他们之间的某种相残。这些祭祝活动尽管令人毛骨悚然，却肯定是人类所为。
对尼安德特人的肯定评价在1971年达到顶点，这一年拉尔夫·索莱基关于伊拉克的一个被称为“谢尼达”的洞穴的著作出版了。从那儿的尼安德特人墓地的泥土样本可以发现一种极高的野花传粉技术，这绝非风吹或动物的脚传递所能达到的。索莱基推断，谢尼达的尼安德特人曾经在他们的坟墓上放置了鲜花作为祭品，他还注意到埋葬在这里的一个年龄较长者的遗骸表明他的右臂残疾，并且是个瞎子。这些状况肯定会造成他的早逝——除非他的家人或族人细心地照顾他。
随着索莱基的著作的发表，人们对尼安德特人的认识的转变完成了。他们不再是布勒所想象的野蛮人，而是在很多方面比现代人更仁慈的人类。这也是被称为“地区延续”理论发展的顶点。根据这一理论，现代人类是从欧洲和中东地区的尼安德特人以及其他地区的类似的古代人类进化而来，但是，尼安德特人的形象（以及地区延续理论）必将要经受再一次反复。此次挑战不是来自考古学家或人类学家，而是来自于分子生物学家。
生物学家对化石知之甚少，对考古学家或人类学家了解得更少。但是他们却对被称为线粒体DNA（脱氧核糖核酸）或简称为mtDNA的遗传基因的小切片懂得很多。伯克利的一群生物学家——丽贝卡·卡恩、马克·斯托基和阿伦·威尔逊计算了人类mtDNA变化的速度。1987年他们对人类起源提出了新的估计：大约20万年前。
这个假想的人类的母亲被人们恰如其分地称为“夏娃”。
这是一个新的人类祖先。与皮尔顿人的说法不同，这不是谎言。如果生物学家是正确的，而且“夏娃”生活在20万年以前，那么现代人类就很可能比先前科学家所预测的还要早10万年登上历史舞台。那就意味着最早的现代人类在尼安德特人消失之前就已经生活得很好了——从伊比利亚半岛发现的化石推断，他们直到2万8千年前还活着。
支持尼安德特人是人类祖先的人们被搞混了；毕竟，如果一些尼安德特人比现代人类离我们还要近，那么，前者演变成后者的可能性就更小。而且，如果现代人类在尼安德特人出现以前就已存在——现在看起来是可能的——这一演变就完全不可能了。
确定远古遗物年代的新方法提供了更多的证据，表明现代人类如果不比尼安德特人更早的话，至少也可以提前到和他们生活在同一时代。科学家们估计，大约6万年前尼安德特人生活在中东的许多地方，这完全在他们原先所估计的范围之内。但是关于现代人类起源年代的新说法着实令人震惊：它证明现代人类早在9万年以前就在这里生活了——这比原先想象的要早多了。
同时，考古学家们也在重新确定撒哈拉沙漠以南的非洲某些地方的人类遗址的年代。在那里，他们发现了10万年前现代人类生活的证据，并且通过一些计算，可以上溯到20万年以前。这与生物学家的关于“夏娃”的家乡——她的伊甸园——在非洲的发现相吻合。卡恩、斯托基和威尔逊已经发现现代非洲人的mtDNA呈现出与其他人种有明显的不同。他们解释说，这意味着非洲人有更多的时间去进化，最早的人类一定是非洲人。
因此，根据后来被称为“非洲起源”的理论，人类最早出现于非洲，然后来到中东，最后才到达欧洲。在亚欧两洲，人类遭遇了早期的尼安德特人，而且——像许多与人类发生了联系的其他种类一样——尼安德特人灭绝了。到20世纪90年代早期，“非洲起源”的说法代替了地区延续学说，而成了占据统治地位的理论。
对地区延续理论最近的鼓吹产生于1997年，这同样又是分子生物学家提出的。在慕尼黑大学，马赛厄斯·克林斯和他的同事们设法从一个真正的尼安德特人的胳膊的骨头上提取了一小片mtDNA——实际上，是从富尔罗特的原始的尼安德特人身上提取的。然后他们把尼安德特人的mtDNA与活着的人进行比较，并且发现，他们检测的379个地方只有27处不同（通过与显示出比其他任何现代人类更多变化的非洲人的SDNA样品相对比发现，仅有8处不同）。克林斯得出结论说：尼安德特人与现代人类在遗传上的差异证明，他们根本不可能是人类的祖先。
地区延续论者毫不示弱。他们质疑遗传学的准确性和确定年代的根据，而且在1999年他们用自己的一个戏剧性的发现进行还击。在里斯本以北大约90英里，葡萄牙的考古学家们发现了一具45万年前的男孩的骨骼，这个男孩看起来一半像人类，一半像尼安德特人。男孩的脸部结构很像现代人类，但他的躯干和腿却是尼安德特人。把这个男孩放在纯种的尼安德特人灭绝之后，其年代看起来是现代人类与尼安德特人混血数代以后的子孙。
如果尼安德特人与现代人类杂交过，地区延续论者将很快发现，他们与非洲起源论的鼓吹者很难有什么不同。
葡萄牙人的发现使这一领域的争论更加两极化，给双方提供了不可和解的证据和理论。在某种程度上，将会出现这样的情况：长期对峙的双方共同欢呼这一发现或者都不予理睬。但是他们的争论看起来比发现后的一段时间更显得悄无声息，或许是争论的焦点已发生了变化。科学家们不再争论是否尼安德特人或其他的早期人类演化成现代人类，而是更多地聚焦到尼安德特人与现代人类是怎样进行相互交往的论题上。
他们是否相互争斗？他们是否相互学习？他们是否相互交谈，或相互婚配，或者是互不理睬？
也许将来某一天考古学家或微生物学家——或者其他完全不同行业的实践者——将会回答这一问题。如今，尽管具有诱惑力，这些答案仍然只是推测。比如，德国人类学家同德·布劳尔对源自非洲设想提出了一个更加温和的假设。按照布劳尔的说法，现代人类的确来自非洲，然后从那里出发到世界其他地方。尽管他们与在中东相遇的尼安德特人有许多不同，但并没有不同到他们之间不能通婚。所以布劳尔假设，现代人类可能有些是尼安德特人的后代，尽管尼安德特人的基因只是我们很小的一个组成部分。
但在另一方面，一些地区延续论的支持者，例如田纳西的人类学家弗雷德·史密斯打算勉强承认人类基因构成变化的关键一步发生在非洲。但史密斯辩解道，欧洲和中东的尼安德特人不是被新来者所超越，而是吸收并混合了他们的基因优势。
布劳尔和史密斯的让步都不能被人们完全接受，有关尼安德特人在人类史前时期的地位问题我们也不能说取得了一致意见。但是，今天多数科学家都会赞同这样一种观点：不管尼安德特人与现代人类之间有什么样的关系，两者在时间上而且极有可能在地点上共同存在。因此，在某个地方，极有可能先在中东，然后在欧洲，这两个不同的人种——与今天的人种相比，两者有极大的不同，然而每一种都拥有一些明显的人类特征——最先相遇了。
没有人确切地知道后来又发生了什么。