菅原道真提出停止派遣遣唐使，除了当时的大唐王朝的政权动荡外，还有一个重要的原因，也是最根本的原因，就是他不想去，因为是他的政敌一手促成了菅原道真的遣唐使任命，其真实目的是打算把菅原道真排挤出大和朝廷核心决策层，所以菅原道真才坚决不干，提出了停止派遣遣唐使的报告，即着名的《请令诸公卿议定遣唐使进止状》，在宇多天皇有意无意的偏袒下以及众多大臣的支持下，通过决议最终停派遣唐使。
菅原道真这个人具有较高的政治才能，刚直不阿，能够关心民间的疾苦，同时他也是一位着名的书法家、诗人和学者，他的家族是汉学世家，以精通汉学而着名，他自己也曾跟随遣唐使团西渡到大唐留过学，具有相当高的汉学素养，受到朝廷和民间的普遍尊重，威信很高。
在886年的时候，菅原道真被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。
在赞岐守的任职期间上，他还有一篇着名的文章，就是《奉昭宣公书》。这篇文章从大局出发，情辞恳切，微言大义，主要的意思是劝说因为“阿衡事件”而闹情绪罢工的藤原基经同志发扬老同志的革命精神，以国事为重，转变思想，放下个人的执念和恩怨，尽快复工，以免给日本的经济和社会发展造成更大的损失。
据说藤原基经看了此文后有所觉悟，停止罢工，重新回到了领导岗位上以饱满的热情开始工作，使延续整整半年的朝廷风波暂时平息。
所谓“阿衡事件”，说的是在888年的六月，宇多天皇下诏说请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，意思是让藤原基经同志我准备让你担任阿衡这一重要的职务。
阿衡是中国古代的贤相伊尹的尊称，这是宇多天皇在日本公务员岗位设置上的一个创新，在养老律令中是没有这个职务的。在中国，对于政治家而言，这是一个极高的评价，属于荣誉称号的范畴，但从来都不是一个正式的官职。
藤原基同志应该是读过几本汉书的，他看了这道诏书，非常的起火，认为“阿衡”只是一个尊号，并无实权，宇多天皇这是想让我交权喝清茶，尽快退休，只享受经济待遇和荣誉称号。
嘿嘿，刚上台没多久，屁股都还没把凳子捂热乎，就同我玩阴的，那么老夫就给你来绝的。
藤原基经马上就打报告说辞职，还不等辞职报告被批准就撂挑子不干了。
这下好了，政府机构基本瘫痪，政令不通，乱成一团。
宇多天皇实际上根本就没有与藤原基经对抗的本钱，这道诏书也不太符合其一贯工作作风。他虽然内心有所不满，但脾气还不错，一时半会还不至于敢采取这么激进的手段来从藤原基经手中夺权。
宇多天皇之所以下达这个任命，与他的重要助手橘广相应该有很大关系，极有可能是在橘广相鼓动下才麻起胆子去挑战下藤原基经的权威。需要注意的是，这道诏书拟稿人正是橘广相。
工作开展不起来，宇多天皇顿时傻眼了，刚刚耍了一点小心眼，就被抽了一个大耳光，赶忙向藤原基经道歉，说我有罪，我悔过，我辜负了人民的期望，您老人家快回来吧。
基经同志态度相当强硬，不依不饶，坚持要宇多天皇罢免橘广相。
宇多天皇又确实很信任橘广相，不愿罢免，就软磨硬拖，一直拖了半年，藤原基经也就罢工整整半年。后来还是在菅原道真的劝说下才复工。
藤原基经去世后，宇多天皇立刻重用橘广相和菅原道真，菅原道真被任命为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分庭抗礼。
六年后，宇多天皇产生了职业疲劳，让位给年仅13岁的敦仁亲王，自己出家仁和寺潜心搞创作，撰写回忆录《宽平遗诫》。
自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法皇是日本历史上第一位法皇。
敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇。时任右大臣的菅原道真就遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇心里极度不爽，这还了得，这个人就不要在我眼前晃了，于是让菅原道真去当太宰权帅。
宇多法皇在听闻菅原道真被安排到太宰府当领导的事情后，回忆录也不写了，匆忙前往皇宫，想要劝说醍醐天皇收回成命，却被门卫挡住进不了皇宫，因为门卫都是要从藤原时平那里领取补贴的人。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事。小小的门卫居然敢挡前任最高领导的架，可见藤原家权势之盛。
菅原道真至此被逐出权力中心，在太宰府长期享受阳光和沙滩的生活。他的家人被严令不准跟随他到九州，后来被逐出京都以至于冻饿而死。
903年，菅原道真客死在九州。死前留下遗言，要求把自己安葬在九州。但他的下属还是依据惯例，将他的遗体用牛车运往平安京。
走到中途，拉车的牛突然跪在地上死活不走了，人们觉得非常的惊异，便将菅原道真的遗体安葬在此处。这个地方也是后来的天满神宫本殿的所在。神宫中至今随处可见神牛塑像的踪影。
菅原道真死后，传说化为了怨灵，采取各种非常规超自然的手段打击报复自己的敌人。
由于打击力度很大，打击范围广，持续时间长，威力极为惊人，造成了大量的人员和财产损失，菅原道真被视为日本最大、最有能量的怨灵。当时的童谣这样唱道：离去时一路颠簸，归来时带来恐怖。
不过很巧合的是，他死后的几十年间，日本国内真的是灵异事件层出不穷，灾祸不断。
909年，正当壮年的藤原时平突然病死，时年三十九岁。
923年藤原时平的妹妹藤原稳子所生的东宫保明亲王夭折了。
925年，藤原时平的外孙庆赖王刚被立为东宫就猝然死亡，年仅五岁。
此外，藤原家一系的日本高级领导干部有很多人突然死亡同时，各种疾病流行，种种灵异事件无可胜数。彗星、洪水、瘟疫接踵而至。
最可怕的灵异事件发生是930年的天雷劈人事件。
实际上，在903年的时候，就已经有过一次雷击事件了，只不过那时候，估计菅原道真刚刚学会打雷，业务还不熟练，虽然在醍醐天皇和藤原时平开会的时候很是打了一通雷，尽管声势浩大，准确性却还有待提高，打了半天，一个人也没有打中，还被藤原时平骂了一顿，说什么你生前级别就比我低，现在死了还是要对我尊敬点的恐吓之言，菅原道真估计是业务不熟练感到对不起观众的掌声，有些脸红，居然就这样被骂退了。不过，醍醐天皇和藤原时平还是被吓得够呛，尤其是藤原时平，虽然大着胆子骂退了菅原道真，但也是个煮熟的鸭子——嘴硬，心里其实是很害怕的，自此留下了病根，不久就害了病，过了几年就一命呜呼了。据说死的那天，黑云翻滚，电光乱射，有人看到菅原道真从黑云中降落，提起藤原时平后直飞上天去，估计是抓回去严刑拷打去了。总之，藤原时平是死了。
930年，第二次雷击事件的时候，正好日本气候异常，天下大旱，农业生产受到极大的影响。
日本朝廷正在召开高级领导干部会议，会议由醍醐天皇亲自主持，会议议题是商量人工降雨的事情，会议地点是在清凉殿。那时候人工降雨没有高射炮，采取的方式是祈祷，实际的成功率普遍偏低，而且老天爷也经常把货发错，你请的明明是雨水，他却偏偏给你发一顿冰雹来。
正商量的时候，从西边爱宕山的方向上飘过来一片不祥的黑色云团，就笼罩在平安京的上空。顿时，天昏地暗，日月无光，随即电闪雷鸣，风雨大作，一道闪电划破长空劈中了清凉殿的殿柱。
与上次相比，菅原道真的打雷业务这一次有了很大的提高，技术已经比较熟练了，总算劈着人了。
大纳言、民部卿藤原清贯人品最差，当场被雷打死，死状极为恐怖，据说胸腔都被炸裂，另有外还有几个人受重伤。醍醐天皇原来就对打雷有心理阴影，这次又受到了巨大的惊吓，此后一病不起，于九月份匆忙传位给东宫宽明亲王，自己迁出皇宫，没多久就咽了气，死时四十六岁。宽明亲王即位后称朱雀天皇。
雷击事件的犯罪嫌疑人最终仍然被锁定为菅原道真，但永远不能被捉拿归案。也因为此次雷击事件，菅原道真在传说中，从怨灵转职成为了雷神，从令人厌恶的怨灵转为令人畏惧的雷神。
之后，菅原道真同志在雷神的岗位上兢兢业业地工作一段时间。
大概是在十二世纪初期，他的工作岗位发生了重大调整，形象发生了根本转变，从硬朗强硬的霹雳雷神转职成为了了慈眉善目的学问之神，也是所有学子的庇护神，相当于中国的文曲星，在日本的所谓八百万诸神中算是地位比较高的神了，经济待遇也很好，考生的香火常年不断。他的办公室设在北野天满神宫中，称为“天满大自在天神”，长期享受人间供奉，结局非常的美满，目前，全日本的天满神宫分社有一万四千都家，每逢有大考，各地的考生前来祭祀的简直是络绎不绝。
其实，所谓的菅原道真的怨灵传说，说到底不过是人们处于对刚直不阿的菅原道真的怀念和同情以及对于藤原家的专横跋扈统治的不满而编造出来的，此外，由于自然灾害出现的时机非常凑巧，以及当时日本医疗卫生事业的落后，对流行性疾病束手无策，造成了大量藤原家族成员的突然离世，一系列事件凑到了一堆，被有心人编排在了一起，也就最终成就了菅原道真的神鬼人三界传说。
还要说一下的就是，这一传说造成了人们，尤其是政府公务员们对怨灵的普遍恐惧，以至于在之后的政治斗争中，胜利者很少对失败者斩尽杀绝，就是因为惧怕怨灵报复。