梶原景时死了，源赖家仍不死心，他又把目光投向了比企能员。
于是，比企能员也死了。
导致比企能员死亡的直接原因是建仁3年（1203年）的一个人事任命。
这个人事任命宣布：任命源赖家的弟弟千幡为关西三十八国的总地头，任命源赖家的儿子一幡为关东二十八国的总地头。
关于这个任命通知究竟是谁签发的，是源赖家本人，还是北条政子和北条时政，各种史料众说纷纭，互相矛盾。
究竟是谁的意思先不管，我们只需要知道比企能员对这个任命不满就行了。
比企能员找到半死不活的源赖家，对他说：领导啊，你这是让天下分裂啊，会引起不尽的纷争啊。如果担心北条时政作乱的话，不如将他流放。
源赖家对此深表赞同并安排比企能员负责具体实施。
可惜，问题再次出在了保密工作上。
北条时政的眼线将这一情报迅速报告。
北条时政收到情报后，连忙去找大江广元，希望他与自己一道带人去砸比企能员的场子。
大江广元不愧是老油条，在局势尚不明朗的情况下，绝不轻易介入。他说，我的业务专长是文秘，打仗的事情从来没干过，平时鸡都没杀过，这事情你就自己拿主意吧。
北条时政拿大江广元没法，便决定自己一个人干，不过有点忌惮比企能员根基深厚，怕打虎不死留后患。
这时，他身边的一个家臣给他出了个主意。
不需要劳师动众。比企能员并不知道他的计划已经泄露，我们假装说要开会，让他来参加，只需在会场上安排几个武士就可以轻易将他丢翻。
好主意，就这么办。
比企能员果然中计。
他毫无防备，开会的时候连个保镖都没带，于是进来就被几个五大三粗的武士甩翻，砍下了脑袋。
杀掉比企能员后，乘对方群龙无首，赶忙命自己的儿子北条义时带人围攻一幡的住所小御所。
比企能员的儿子比企宗员正带领着比企一族据守小御所商量应对办法。
办法没商量出来，北条家的兵就到了。
这北条氏还真是心狠手辣，下手毫不留情，杀人带放火，小御所最后被烧成了一片白地，比企能员一族连同源赖家的亲生儿子一幡全被烧成了焦炭。
一幡还是个孩子，好歹也是北条时政的曾孙，这那里是曾祖父，分明是个修罗恶鬼。
比企能员被灭族后，源赖家的病情奇迹般的好转了，他听到一幡以及比企能员惨死的消息后，怒不可遏，不顾病情，手举太刀连连挥动发誓要报仇。
源赖家以幕府将军的身份给侍所别当和田义盛写了一封密信，要他领兵讨伐奸佞，杀掉北条时政。
和田义盛这个墙头草，根本不买幕府将军的账。他见源赖家这个领导已经被架空失势了，转手就将源赖家的密信交给北条时政传阅去了。
北条时政把传阅件一看，嘿嘿一笑。
这小子还真天真，他快疯了，不，已经疯了。
北条时政于是会同北条政子，宣布源赖家已经精神失常，不能胜任幕府将军的领导职务，应该立即出家并进行系统治疗。
源赖家被送到了着名的劳改圣地——伊豆去疗养了，具体地点是在伊豆的修禅寺。
第二年，也就是元久元年（1204年）七月里一天，正在洗澡的源赖家被一把尖刀刺入了胸膛，死在了浴室当中，年仅二十三岁。
其后，源赖家的弟弟源实朝继任幕府将军，北条时政任政所别当，号称“执权”，掌握幕府大权。
源赖家丧命处——伊豆修禅寺源赖朝血脉断绝北条义时在北条政子的支持下，强行继承了北条时政的衣钵，升任政所别当，与资深元老大江广元并列，继续为北条家的事业而努力奋斗着。
北条义时的工作作风与北条时政相比大不一样。
上台伊始，北条义时同志谦虚谨慎，戒骄戒躁，团结同事，尊敬领导，善于听取不同意见，尤其尊重北条政子和源实朝，得到了镰仓政府广大干部职工的一致好评。
尤其得人心的是，他还颁布命令说今后只要御家人不犯大错误就不再没收其土地。以前源赖家动不动就没收御家人的土地转赠自己的亲信，现在好了，土地所有权有了进一步的保障。这条政策受到了御家人的广泛拥护。
可是，这一切都是表面现象。
王莽谦恭未篡时，周公恐惧流言日。
北条义时实际上是一个笑面虎。
话说龙生龙凤生凤，老鼠儿子会打洞。北条家的人就是会搞阴谋。
北条义时搞起阴谋来也是一套一套的。
要强化北条家的权势，光掌握行政权还不够，还应该把枪杆子抓在手里。关键时刻，往往还是这个管用。
和田义盛担任的侍所别当的职务很重要，和田义盛也老了，工作担子太重，他似乎应该被退居二线。
可和田义盛长期打仗，脾气也比较冲，没有这个觉悟。
北条义时于是利用了千寿丸事件逼反了和田义盛，一举端掉了整个和田家族，夺取了侍所别当的职位，集政所别当、侍所别当为一体，有力强化了执权地位。此后，执权一职始终为北条家把持，实行世袭制。
这个事情的经过是这样的。
建保元年（1213年）二月的时候，一个叫泉亲衡的人企图拥立已故将军源赖家的私生子千寿丸为新的幕府将军。和田义盛的侄子，一个叫和田胤长的武士也参与其中。
这一复辟活动很快被镇压。千寿丸被杀，和田胤长被抓，泉亲衡失踪。
追查同党的时候，和田义盛的两个儿子和田义直、和田义重也受到牵连被捕。
和田义盛觉得他的子侄都是受人蒙蔽，便找到幕府将军源实朝求情。源实朝又去找北条义时。
北条义时只同意放了和田义直跟和田义重，但坚持要对和田胤长重处，还侮辱性地把和田胤长游街后送去流放。
这还不算完。更让和田义盛气不过的是，根据相关规定，和田胤长的土地原本应该由和田义盛接管，但北条义时不干，他直接将其罚没充公，一点面子也不给和田义盛留。
这北条义时似乎是有意要激怒和田义盛。
和田义盛果然气不过，决定武力解决问题。
他要清君侧。
五月，和田义盛发起军事行动，率兵攻打北条义时据守的镰仓幕府办公区。
北条义时早就得到了和田义盛要动手的消息，已有准备，完全是一副胸有成竹气定神闲的模样。
和田义盛久攻不下，被赶来的幕府援军合围，和田义盛及其儿子和田义直、和田义重均战死，和田一族被杀二百三十四人，基本全灭，和田势力被连根拔起。
于是，和田义盛的侍所别当的职位被北条义时兼任。
镰仓幕府三大机构被北条义时掌握了两个，大权尽落其手，北条义时以执权之名统掌幕府。
而幕府将军源实朝只是名义上的最高领导，手里没什么实权。
但源实朝有公卿化的倾向，他倾慕公卿的优雅生活，对粗野的武士掌权的幕府机构不甚赞同。
源实朝与京都的朝廷走得很近。
京都的后鸟羽院是坚定的倒幕派，一直都在酝酿倒幕的阴谋。
对这个积极向组织靠拢的同志，后鸟羽院非常欢迎，不断提升其行政级别，以增强其政治影响力，进而利用其削弱幕府的力量。源实朝的官位不断升迁，很快就当上了右大臣。
源实朝的举动严重危害了镰仓幕府的根本利益。幕府有被撤销组织机构编制的危险。幕府的存在，是以御家人为首的武士阶层利益的根本保证。幕府如果不存在了，那么武士的地位必将一落千丈，所有的既得利益也势必失去。
绝不能容许这样的事情发生。
源实朝必须被清理掉。
于是，针对源实朝的阴谋产生了。
承久元年（1219年）正月二十七日晚上，在鹤岗的八幡神宫举行了源实朝升任右大臣的就职典礼。
就在这个典礼上，源实朝被一个叫公晓的和尚在众目睽睽之下神秘刺杀，年仅二十八岁。
公晓为啥子要刺杀源实朝呢？
虽然公晓在刺杀的时候高喊“为父报仇”的口号，但是这个理由未免太牵强了。
这个事情绝对没有表面上那么单纯，存在诸多疑点。
尽管整个事件看起来扑朔迷离，但根据事前事后发生的众多可疑线索，其实我们不难推断出这就是一个针对源实朝的阴谋。
根据当时的制度，就职仪式是要在晚上举行了。举行前，老臣大江广元很奇怪地跑过来对源实朝说：“老臣无故流泪，恐怕有祸事发生。请实朝将军穿上盔甲参加就职仪式。”
源实朝很纳闷，出席庆典又不是去打仗，穿什么盔甲，没有同意。
大江广元又说，那么乘着现在天还未黑，赶紧举行仪式。
源实朝则说不好违背制度，还是在晚上举行吧。
大江广元默然，表情复杂。
这大江广元看来还是有些喜欢这个文学青年的，这个时候于心不忍，好意提醒，但源实朝未能明白这其中的深意。
当时天黑，守卫虽然众多却形同虚设，公晓在众目睽睽之下杀掉源实朝后，居然趁乱逃掉了。
公晓后来的举动也非常耐人寻味。
他跑到了一个朋友家躲藏，还大大咧咧地扬言自己就要当幕府将军了，叫人去做好准备。
接到线报后，北条义时马上派人追杀，下的命令是格杀勿论。
公晓被逮了个正着，当场击毙，年仅十九岁。
至此，幕府的开创者，源赖朝的血脉完全断绝。
公晓虽然被灭口了，他说过的话却值得推敲。
他神经正常，无精神病史，无妄想症，他不会平白无故地说自己要当将军。
我们有理由相信，这是有人以当幕府将军为条件让他去刺杀源实朝。事成之后，又将他杀掉灭口。
可怜的公晓和尚，他还在做当幕府将军的美梦，却不知道自己不过就是个拿来牺牲的棋子和替罪羊。
幕后的这个人，我们有理由相信，应该就是北条义时。
源实朝积极向朝廷靠拢，严重损害了御家人的根本利益。在以北条义时为首的御家人的联手操作下，制造了一个意外事件，成功地清除了不稳定因素，保证了幕府政权的稳固。
也许，这就才是真相。