1762年3月18日，保罗·安东大公去世了，他的弟弟尼古拉继位。尼古拉喜爱大型聚会，对手下人也非常慷慨。他的绰号是“高尚的”，他也是一个音乐爱好者，会演奏巴里通琴（一种维奥拉达甘巴族的乐器）。因此，海顿必须为这类乐器写作。1762年至1775年间，海顿创作了100余首巴里通、中提琴和低音提琴的三重奏。1762年5月17日，尼古拉正式举行继位典礼，艾森施塔特举行了隆重的庆典。海顿创作了四部短小的歌剧：《侯爵夫人》、《寡妇》、《医生》和《IlScanarello》（意大利语）。当1763年1月11日，尼古拉的儿子安东与玛丽亚·泰瑞莎·埃尔多迪结婚的时候，大公宣布休假三天，举办了比自己继位更隆重的庆典。海顿创作了自己第一部完整长度的歌剧《阿希德》，并且亲自指挥演出。
1763年至1766年的时间平平淡淡地过去了，每天都过得非常有规律，没有任何大事件发生，海顿每天都非常忙碌。1763年9月12日，他的父亲马蒂亚斯去世了。1765年，他与自己的抄写员约瑟夫·艾斯勒一起，把过去15年里的作品编制了一个目录。这份目录里包括30部交响曲、18部弦乐四重奏、18部弦乐三重奏，大量遣兴曲（cassation）和嬉游曲，以及其他一些应时音乐，大多数都是为埃斯特哈奇家族所作。除了交响曲以外，海顿还写作了一些协奏曲。对这种体裁，他的态度并不积极，而且也不曾获得多大的成就。1762年，他为艾森施塔特的一位演奏家写作了一部圆号协奏曲。1765年的《C大调小提琴协奏曲》是为路易吉·托马西尼创作的，他也是乐队的指挥。同年的《F大调羽管键琴协奏曲》可能是为自己写的，其中为数寥寥的独奏段落表明，他并不乐于展示自己的演奏技巧。1765年，他的弟弟约翰成了埃斯特哈奇合唱团的一名男高音歌手，另一位兄弟米夏伊尔于1762年当上萨尔斯堡主教西吉斯蒙德·施拉腾堡的音乐总监。米夏伊尔一生都居住在萨尔斯堡，并且和莫扎特一家交情很深。
1764年，尼古拉大公前往巴黎。在那里参观了凡尔赛宫，于是便打算在匈牙利兴建自己的凡尔赛宫。宫殿必须远离喧嚣的城市，必须成为匈牙利的奇观，要与申布伦宫和凡尔赛宫相辉映。为此，大公选择了一块奇怪的地皮，奏员在新锡德尔湖东边的沼泽地里。动工之前，必须劳师动众平整干地，在一个名叫苏图尔的小城堡的基础上兴建，这座城堡是1720年约瑟夫·安东·埃斯特哈奇伯爵建造的。建造工程并没有持续很久，1766年，新的宫殿已经交付使用。这座新的宫殿被命名为埃斯特哈查，是巴罗克盛期艺术的典范。花园尚没有完工，1784年，艺术喷泉系统基本上已经完成。据估计，大公为此花费了1100万戈顿。埃斯特哈奇家族以此作为夏季的寝宫。1768年，宫殿的音乐厅完工后，海顿和其他音乐家都搬到此处。这是座巨大的房屋，但只有海顿、托马西尼和另两位老资格歌手被允许携带家属。海顿一个人就可以支配其中的4间房间。
宫殿里还有一个图书馆，拥有7.5万本藏书和手稿。大厅里挂满意大利与荷兰的绘画，目前这些绘画都被收藏在布达佩斯博物馆。剧院有400个座位，还有相当复杂的灯光与布景系统。1773年，木偶剧院完工，海顿开始为木偶剧配写音乐。
大公为埃斯特哈查的荣耀忙碌着，海顿和其他音乐家也不得不常常待在匈牙利。但沼泽地潮湿的气候对人的健康并不有利。那里离维也纳很远，大公甚至整个冬天都待在埃斯特哈查。因此，管弦乐队也必须待在那里，怨声载道。海顿与其他音乐家也常常因为潮湿阴冷的气候而生病。
1766年，乐队扩展到22个演奏员，所雇佣的优秀音乐家甚至远道从意大利过来。新任音乐指导海顿对乐队要求十分严格，因此埃斯特哈查成了欧洲远近闻名的音乐中心。海顿创作了歌剧《爱唱歌的人》和《药商》，一年创作了4到5部交响曲。这些交响曲中很多地方运用到独奏乐器。大师托马西尼和大提琴演奏家魏格尔都有机会展示自己的演奏才华。1761年和1765年间，还创作了大约20部交响曲。他的工作并不轻松，但都能应付自如。音乐家和他关系融洽，因为他对他们的照顾无微不至，因而得到了“老爸”的绰号。比如1769年1月，他在大公和男高音卡尔·弗里贝特之间当起了和事佬。弗里贝特想同女高音玛德莱娜·施班格勒结婚，按理说，必须征得大公的允许。歌手们并没有这么做，于是大公开除了他们。玛德莱娜是约翰·米夏伊尔·施班格勒的女儿，1749年，海顿曾在他们家的小阁楼里借宿过一段时间。海顿为此尽心尽力，与大公商谈多次。结果，大公允许两位歌手继续留在宫中。1776年，弗里贝特在维也纳谋到一个职位，据说，“老爸”海顿暗中给予了很多帮助。
海顿在艾森施塔特的家
1766年，尼古拉·埃斯特哈奇大公入住埃斯特哈查城堡。音乐厅当时还没有建好，于是音乐家们不得不往来于艾森施塔特和埃斯特哈查之间。大多数时间呆在埃斯特哈查。大搬家持续的日子里，海顿没有多少作品，1766至1770年间，总共只写了不到10部交响曲。这或许与韦尔纳去世有关，海顿从此有了更多自由，他开始写作教会音乐，不必担心老韦尔纳。在艾森施塔特的时候，所有的礼拜音乐都采用韦尔纳的作品。1766年，海顿为尼古拉大公创作了自己的第一部宗教作品，这就是崇拜万福童贞女玛丽亚的弥撒，又称《塞西利亚弥撒》。
1766年5月2日，海顿花了2000戈顿买下了艾森施塔特的一栋房子（克罗斯特大街82号，今天的海顿大街），好在随大公返回艾森施塔特时有个住处。直到1778年10月27日前，他一直是这栋房子的主人。这座房子沿着城墙建筑，曾经经历过两次火灾（或许是邻居家着了火），两次都是大公付钱修缮房屋。沿这条街走到头就是埃斯特哈奇的城堡，如今，这里已经是海顿纪念馆。
要感谢埃斯特哈查，海顿再次把兴趣转移到创作弦乐四重奏上。停顿了10年以后，他在1771至1772年之间创作了3组，各6首弦乐四重奏，按照作品号9、17和20出版。这些作品很可能是针对托马西尼与魏格尔的演奏才能多身订做的。
1768年至1770年间，海顿的工作性质发生转变。当时，西欧文化界兴起一股运动热潮，史称狂飙运动，这次运动把情感提到非常重要的地位。狂飙运动也影响到了海顿。海顿认为，音乐应该从呆板的戒律中解放出来，听觉是惟一的评判标准。狂飙运动的术语是从1776年德国作家克林格尔的戏剧中抽取出来的，或许上演率极高的几部莎翁作品对这次运动有深远的影响。海顿的歌剧创作中似乎看不到狂飙运动的影响，因为贵族和统治阶层对此并不十分热情。我们第一次从他的作品中发现感情色彩，是在《d小调第26交响曲》。其标题“哀歌”是原先就有的，因为这部作品的慢乐章取自格雷高利圣咏的旋律。其他交响曲，诸如《第39“悲恸”交响曲》和《第49“激情”交响曲》也有类似的悲剧性或激情段落。这一阶段最后一首类似作品，也是在埃斯特哈查的岁月中创作的，这是《第45交响曲》标题是“告别”。这部作品采用了一个非常罕见的调性——升f小调，命名为告别，同音乐家当时面临的困境有关。如前所述，大多数音乐家都不被准许携带家眷同住在埃斯特哈查。1772年10月，大公似乎没有回艾森施塔特过冬的意图，音乐家们开始不安，因为他们以为自己无法在圣诞节前回家看望妻子，他们请求海顿给予帮助。作曲家写下“告别”交响曲。作品分四个乐章，采用不同寻常的升f小调。第四乐章结尾（升f）海顿加进了一个慢速的柔板段落（先是A大调，然后转入升f小调），以此使君主注意到音乐不同寻常的情绪。最后，演奏员们逐次奏完自己的段落，起身熄灭蜡烛，悄悄离开，台上演员越来越少。大公立刻就明白了他们的用意。第二天，他就宣布不久将回艾森施塔特，音乐家们也可以同家人团聚。
1773年，玛丽亚·泰瑞莎女皇造访埃斯特哈查宫。海顿一定立刻想起了当年，自己还是唱诗班成员时，因为攀爬申布伦宫的脚手架而受到的惩罚。不过，这一回，女皇对这位音乐家的态度要好得多，她赠送给他一个装满钱币的金盒子，为这次重要事件，海顿指挥演出了一部歌剧，一部木偶剧还有他的《C大调第48交响曲》，后来这部作品被称为“玛丽亚·泰瑞莎”。
海顿写作歌剧和其他重要的合唱作品，比如《尼古拉弥撒》（1772年）和清唱剧《托比雅的归来》（1774-1775年）。这部清唱剧是为维也纳音乐协会创作的，因而属于违反海顿与埃斯特哈奇家族合约的作品。这部作品是在埃斯特哈查以外演出，违背了合约上的条款。演出旨在为穷苦的音乐家和他们的家庭筹集善款。
海顿的绝大部分时光都在为埃斯特哈查的工作忙碌。这段时期里，他完成了《降B大调圣约翰弥撒》，也就是著名的《小管风琴弥撒》。这部短小的弥撒是为了在艾森施塔特的医护教堂使用的。
1775年，费迪南大公和他的妻子来访为此，海顿创作了喜歌剧《不期而遇》。故事背景选在土耳其，当时在德奥地区，人们特别热衷于土耳其音乐。奥地利人和匈牙利人都对土耳其文化的异国情调感到着迷，另一方面，由于匈牙利曾一度被土耳其人占领，当地人对土耳其风格并不陌生。
1776年，艾森施塔特的一场大火烧毁了海顿大多数手稿，就如同1768年时一样，不清楚究竟有多少作品被毁。海顿还写作了一部歌剧叫《大火灾或焚毁的房屋》，1776至1779年，还另外创作了两部歌剧：《月亮上的土地》（1777年8月3日为大公之子的婚礼创作）和《坚贞不屈》。
1778年，第一次关于海顿死了的谣传四处流传。不知道为什么会出现这样的谣传，但这传言一直流传到英国。查尔斯·伯尼博士在他的《音乐史》（1778年出版）中也把海顿归入已故音乐家。
1779年，海顿创作了歌剧《无人居住的小岛》。据信，这部歌剧中许多段落都是专门为19岁的歌手路易佳·波尔切利创作的。她是个次女高音，1779年来到埃斯特哈奇家族。波尔切利的丈夫安东尼奥同年被召入埃斯特哈查管弦乐团担任小提琴手。安东尼奥比路易佳大很多，而且婚姻并不幸福。海顿也比这个姑娘大28岁，但看上去似乎有点动心。于是谣传又兴起了，人们都说路易佳和海顿关系亲密，而且1783年所生的最小的一个孩子其实是海顿的儿子（根据1790年，埃斯特哈查管弦乐团解散以后，海顿与路易佳的通信中显示，我们得知他们两个其实是互相爱慕的）。
1779年，一场大火摧毁了埃斯特哈查的大剧院。若不是及时大雨，宫殿的其他部分也难以保存。又一批作品被毁。所有演出都被转移到木偶剧院，新建的剧院比先前被毁的更奢华。大公对歌剧更加热衷，海顿不得不一星期指挥演出三场歌剧，他的名声也因此更盛。
1781年，一个法国人写信给海顿，说自己非常喜爱海顿创作的《圣母悼歌》，因此希望作曲家能应约为自己创作一些作品。（海顿的声名早已远传法兰西。1784年，另一个法国社团，巴黎奥林匹克音乐协会邀请海顿创作6部交响曲。1785-1786年，海顿创作了一系列人称“巴黎交响曲”的作品。包括《C大调第82交响曲》、《g小调第83交响曲》和《降B大调第85交响曲》。这些作品大获成功，以至于1788年海顿又加上了三首作品即《第90-92交响曲》）1781年，英国驻维也纳大使杰明翰将军安排海顿同伦敦出版商威廉·福斯特会面。福斯特请求大使允许在英国出版海顿的作品（最后发行了海顿一些交响曲和其他作品）。接着，出版商蜂拥而至。1789年其中的一位名叫约翰·布兰德的出版商来到埃斯特哈查寻求作品，他便去拜房海顿，那天早晨，海顿正为刮脸而烦恼。于是他对布兰德说：“你如果能给我一把好剃刀，我就给你一部弦乐四重奏。”布兰德立刻拿出英国钢制剃刀，海顿就把自己的手稿《弦乐四重奏》交给了他，并在上面团名为“剃刀”。
1782年，对海顿的一生产生重要影响的三个人先后去世。4月21日，著名的梅塔斯塔西奥在84岁高龄去世。5月1日，安东·埃斯特哈奇的妻子玛丽亚·泰瑞莎去世（1763年的歌剧《阿西德》就是为她创作的）。7月份，保罗·安东·埃斯特哈奇（雇佣海顿的老大公）的妻子玛丽亚·安娜·路易莎也死了。
1782年，海顿创作了一生中最负盛名的歌剧作品《奥兰多·帕拉迪诺》。两年里，这部歌剧在埃斯特哈查上演30多次，在德奥各大剧院上演超过33次。1782年，海顿创作了《玛丽亚小屋弥撒》。海顿似乎这时又想起了当年自己穷困潦倒时，玛丽亚小屋教堂诗班为他募捐的事情。
1783年，约瑟夫二世下令禁止在教会中使用乐器（除了管风琴）。海顿在14年里没有再写作大型宗教作品。
1783年，海顿为埃斯特哈查写作了最后两部戏剧作品，《直布罗陀征服记》（木偶剧）和歌剧《阿尔米达》（1784年2月26日首演）。海顿一直认为《阿尔米达》是自己最好的歌剧。
《海顿、莫扎特与维也纳乐派》
海顿和沃尔夫冈·阿玛德乌斯·莫扎特是很要好的朋友，他们首次相遇可能是在1781年。冯·斯维特男爵召聚大家到维也纳聆听约翰·塞巴斯蒂安·巴赫的音乐，在维也纳，莫扎特与海顿都是维也纳“古典乐派”的奠基者。显然，莫扎特对海顿很有亲切感。在海顿身上，他不仅找到一个与自己有着旗鼓相当成就的音乐家，同时，也发现海顿为人温和友善，是一个值得信赖的朋友。这与莫扎特和自己父亲的关系形成了鲜明的反差。海顿经常给只有自己一半年龄的莫扎特一些建议和指正，后者对此十分重视，超过任何其他人的意见，包括父亲莱奥波特的意见。当然，这两人的差别也不小。莫扎特热衷于演奏和为钢琴作曲，他处理财产并不在行，对音乐以外的事物很不经心。海顿的工作慢条斯理，但却又很强的经营能力。