交响曲
海顿在音乐史上占有重要地位，首先因为他是一位交响曲作曲家。他并非交响曲体裁的首创者，早在巴赫和亨德尔的时代，就已有人为这个领域作了准备，开拓了道路。但海顿继承了先辈的成就，确立了交响曲的规范，所以有人称他为“交响曲之父”。
海顿一生创作了不下于104首交响曲。他早期的交响曲多为生活娱乐题材，形式接近室内乐。18世纪70年代起才更多地吸收了北德乐派的成就，具有较深刻的内容和古典风格，往往既严肃又幽默。例如《第45交响曲》（《告别》，1772年），据说是为了暗示公爵让乐师们休假回家而作的。海顿不同寻常地在第4乐章急板后面加上了慢板的第5乐章，奏至中途，乐队队员一个接着一个吹熄其谱架上的蜡烛而退席，最后剩下两把小提琴把交响曲带到深深打动人心的终止。80年代创作的《巴黎交响曲》，抒情性的曲调更为丰富、生动、风趣，配器手法也更成熟。其中《第83交响曲》（1785年）第1乐章副题的音响如母鸡咯咯叫唤，被称为《母鸡》交响曲。《第82交响曲》（1786年）末乐章的主题听起来像一首脚步沉重而笨拙的风笛舞曲，故被称为《熊》交响曲。《第85交响曲》（1785年）因受到法国王后的喜爱而得名《王后》交响曲。海顿后期创作的12部“伦敦交响曲”，大多具有热烈洒脱的主题旋律，充满活力的节奏，应用了活泼明快的乡村舞曲素材和简洁精致的复调性处理。其中4首得了绰号：《第94交响曲》（《惊愕》，1791年）、《第100交响曲》（《军队》，1793-1794年）、《第101交响曲》（《时钟》，1793-1794年）、《第103交响曲》（《鼓声》，1795年）。这12首“伦敦交响曲”标志着海顿交响曲的最高成就。
海顿开创了交响曲的新的主调音乐风格，并使复调手法在功能和声的基础上发展。他摈弃了古老复调中那种拘谨而神秘的性质，而代之以率真、生动的音乐语言。海顿完善了4个乐章的奏鸣―交响套曲形式，使作品的4个乐章体现统一的艺术构思，表现生活的各个方面。海顿发展了奏鸣曲快板的结构，并往往采用从速度、调性等方面与主题形成强烈对比的引子，展开部获得显著发展，确立了以短小动机进行展开的发展原则，直接启发了贝多芬。
海顿确立了乐队的双管编制和近代配器法原则，奠定了近代交响乐队的基础。
海顿的交响曲具有鲜明的形象，能使人联想起日常生活的许多现象，人们据此给他的交响曲标以别名。除了早期创作的《晨》、《午》、《夜》等极少几部作品外，海顿从不写标题交响曲，上述那些如《母鸡》、《熊》、《惊愕》之类的标题，都是别人加上的绰号。
四重奏曲
海顿弦乐四重奏的重要性仅次于他的交响曲，他写下80余首弦乐四重奏（最末一首未完成），内容大多是欢乐、热情的抒发。50年代所写的10余首弦乐四重奏，在它们5个乐章的排列中清楚地显示了古典舞蹈组曲的影响。从《第十七弦乐四重奏》（1771年）开始确立了4乐章的形式，此后的作品很少例外。在他某些弦乐四重奏作品中把中间两个乐章调换。1781年他为俄国皇储保罗大公爵所写的《小鸟》、《你好》等6首《俄罗斯四重奏》（1781年），用谐谑曲代替小步舞曲作为第2乐章。1772年所写的6首《太阳四重奏》中，复调因素增多，其中3首以复杂的赋格结束。海顿的弦乐四重奏开始形成“对话的原则”，即把主题的叙述分置在各个声部，如同4个人的谈话，具有在主调和声基础上产生的复调性，改变了早期突出第1小提琴声部，而把其余声部处理成单薄伴奏的机械状况。90年代创作的《皇帝》（1797年）、《日出》（1797年）等8首弦乐四重奏被赋予更生动的节奏活力，更丰富的和声华彩，主题带有浪漫主义性格和浓郁的民间特色，可与《伦敦交响曲》相媲美。
奏鸣曲与协奏曲
海顿的52首钢琴奏鸣曲主要是为教学和个人演奏而写，大多纯朴而稍平庸。海顿最早的钢琴奏鸣曲通常不用奏鸣曲快板曲式，末乐章用小步舞曲。其后海顿又较多模仿北德乐派大师巴赫的奏鸣曲。1771年海顿受到“狂飙运动”影响，写下了豪放而略具伤感的《c小调奏鸣曲》，终乐章没用习惯的欢乐结束，而是激烈爆发的高潮。80年代海顿在旋律的风格与结构上受到莫扎特影响，他十分重视莫扎特钢琴奏鸣曲的成就。作于1789～1790年的《降E大调奏鸣曲》与晚期最后一首《降E大调奏鸣曲》奔放、激动，感情幅度较大，更接近贝多芬的风格。
海顿写过20余部协奏曲，但这不是海顿创作的主要领域，虽然《D大调钢琴协奏曲》（1784年）和《D大调大提琴协奏曲》（1783年）现在还常被演奏。海顿的《钢琴三重奏》、《弦乐三重奏》、《钢琴变奏曲》、《钢琴幻想曲》等，都不能与他的交响曲、弦乐四重奏相比拟。
其他作品
海顿没有写出什么著名的戏剧音乐，他的18部歌剧多数是小型喜歌剧，包括月中世界（1777年）、《天长日久》（1780年）、《荒岛》（1779年）、《奥兰多·帕拉迪诺》（1782年）、《阿尔米达》（1783年）等。这些歌剧早已被人遗忘，有若干部连曲谱也找不到了。目前已有人对它们进行挖掘和研究。
海顿写了不少声乐作品，包括8部清唱剧和12部弥撒曲，而以后期创作的清唱剧《创世记》和《四季》为最著名。《创世记》的诗篇取自英国诗人弥尔顿的《失乐园》，第1、2乐章叙述上帝创造万物直至人类，第3乐章叙述亚当和夏娃在地上乐园过着幸福生活。海顿把自然界的种种现象与生态转化成一幅幅音乐的画面，出现了鸽子的咕咕声和狮子的咆哮，亚当和夏娃则唱着一首谐和纯朴的二重唱。他的最后杰作《四季》纯粹是一部世俗清唱剧，脚本是从英国诗人汤姆逊的同名诗改编的，象征春夏秋冬的四个乐章表现了农民的劳动和欢乐，抒发了他们天真质朴的情感。
海顿的音乐之所以具有不朽的价值，因为它面向现实，面向人生，气息清新，朝气蓬勃，令人受到鼓舞。也因为它在作曲技术上奠定了欧洲古典时期的交响曲和室内乐的规范，从而形成了德奥音乐经久不衰的优良传统。