明清时期，与民间工匠美术家关系更为密切的壁画的发展呈现出了不同的状况。
壁画由盛转衰，版画、年画则异军突起，发展迅猛。壁画的功用大多已为卷轴画所替代，所以壁画的数量和质量都有所下降。自唐代就已经出现的木刻版画，作为插图在宋元时期被广泛地应用于各种经、史及讲解技术生产的书籍。到了明代，由于市民文化和民俗文学的兴盛，版画在戏曲小说插图中得到了巨大的发展，并吸引了一些著名画家参与绘稿，佳作迭出。五代北宋时期的年画多以手绘的形式出现，在明中期以前，也开始有刻制的形式问世，但数量较少。随着版画的兴起，木板年画也勃兴起来，至清代已蔚为大观。作为最为普及的美术形式，年画在民间曾经起到了传播知识的作用，在西方印刷术冲击中国之前，曾出现了万紫千红的繁盛局面。
在明代，继承唐宋传统的寺庙壁画仍是壁画的主要表现形式。较之前代，明代的壁画显得更为规范化和世俗化，也显示出不同宗教和不同教派之间的融合。这一时期的壁画遗存尚多，分布于北京、河北、山西、四川、云南、西藏、青海等地。其代表为完成于1444年的北京郊区法海寺大雄宝殿中的壁画《帝释梵天图》，在性格描绘上颇具匠心，画法亦沿用唐宋遗法，沥粉贴金，风格精密富丽。这幅壁画的作者是工部营缮所的画士官宛福清、王恕及画士，在一定程度上也显现了宫廷画风的特点。民间画工所作的壁画的代表作为河北石家庄毗卢寺后殿壁画，内容为元代以来流行的“水陆画”，佛、道、儒三教混而为一。位于云南、青海等多民族聚居区的佛寺壁画，题材往往具有显密合一的特点，画法则融合了汉藏两族的艺术风格。代表作品有云南丽江白沙、束河的大宝积宫与大觉宫的壁画和青海西宁塔尔寺壁画等。
清代寺庙壁画与宫廷壁画中，最引人注目的是有关现实重大题材的描绘以及民间小说与文学名著的表现。西藏布达拉宫灵塔殿东的集会大殿内，画有《五世达赖见顺治图》，记载了五世达赖率领3000人的使团进京朝见顺治的史实，以连环画的手法成功处理了众多的人物和丰富的活动，堪称清代壁画的杰作。此外，山西定襄关帝庙壁画取材于《三国演义》中的故事，北京故宫长春宫回廊上的《红楼梦》壁画则参以西洋画法描绘了这部千古名作里的部分情节。
明代以后，文献典籍当中几乎见不到记载壁画的痕迹，好在明代的壁画创作较多，而且得以保存的也较多。较为著名的有以下几处：北京法海寺壁画位于北京西郊翠微山麓，建于明代正统四年（1439）。现存大雄宝殿壁画绘有天龙八部、十八罗汉、鬼冢等图像，行列庞大，互相呼应；人物服饰华丽，线条流畅，色泽鲜美；佛龛背后有水月观音、文殊菩萨等，头顶有飞天，人物形象高1.6米；使用铁线描，一气呵成，用重彩方法设色，局部服饰、兵器使用沥粉贴金，使画面形成金碧辉煌的效果。
云南丽江白沙壁画主要绘制于明代，有少部分为清代绘制，有三百余年的历史。原有壁画分布于多个佛寺或道观中，现有壁画只遗存于白沙乡的四处寺庙，统称白沙壁画。璃璃殿见于明初，主要内容是主尊和二胁侍、菩萨众弟子等，绘画风格融合了密宗和汉地壁画的特点。大宝积宫壁画上有“万历十年（1582）”等题记，大宝积宫取名出自《大宝积经》。整壁的壁画是丽江壁画最大的一幅，题材是主尊无量寿如来聚集圣众说法的场面，气势磅礴，人物形象一百余尊。大定阁建于万历年间，于清代乾隆年间重修，并补绘了一部分壁画，主要绘画了藏传佛教密宗的“乐运双修”题材，融入了密宗的三面八臂观音以及道教仙真形象。丽江壁画的风格比较独特，壁画家来自于汉族、藏族、白族等地区，他们共同合作，绘出了中国壁画史上的一朵奇葩。
除了直接描绘在墙壁上的壁画以外，作为一种张挂形式的壁画，我们有必要提一下“水陆画”。水陆画是佛教寺院内举行仪式时悬挂的一种宗教题材的绘画，而仪式本身被称为“水陆道场”或“水陆法会”、“水陆斋会”。水陆道场起源于印度，据佛经典籍记载，佛祖的弟子阿难曾梦见饿鬼向他乞食，所以阿难设水陆道场这种仪式，救度所有的饿鬼。中国最早的水陆道场可追溯至南朝，水陆画随之发展起来，到现在我们能看到的、保存完好的当属山西宝宁寺水陆画。宝宁寺位于山西省右玉县，据大同市120公里。有碑记称其为明代成化年间所建（1474年），清代康熙年间重修。寺内珍藏有共计139幅的水陆画，以绢为地，描绘精细，花绫装裱，高120厘米。水陆画的内容是关于神佛鬼魅、天堂地狱、因果报应的，目的是以艺术化的形象来感染人，使人们了解善恶，接受佛教教义，成为宗教信徒。还有少数画面所反映的内容是现实生活题材，宣扬因果报应。
从三国时期曹不兴开始，许多著名画家都参与壁画创作，如顾恺之、陆探微、曹仲达、阎立本、吴道子等等。五代、两宋以后，道释人物画不被画家所重，山水花鸟开始盛兴，而南宋以后，山水画占据了最重要的地位。所以前辈古人们所绘的宗教壁画很难见到本来的面目。大量的寺观壁画都由民间画工所绘制，他们大部分都是依据上辈传下来的粉本进行绘画，有时会加进去一些创造的因素，这样代代相传，我们依然可以从中看出其传承脉络。这种由多幅立釉组合而成的通景出自两宋，元、明以来又有所发展，其目的主要是便于携带、易于保存，可以挂到墙壁上。山西省由于古代寺庙遗留较多，所以也有很多水陆画被保留下来，晋中、晋南的一些寺院均有收藏，每逢农历四月初八至初十，都在举行水陆道场时悬挂三天，宝宁寺的水陆画保存最为完好，画面的艺术水平也最高。
宝宁寺水陆画所面写的人物成分复杂，刻画入微，出佛经故事人物以外，还有帝王、孝子、贤妇、烈女、九流百家等。作者对不同身份的人物都予以详细刻画，男女老少、正邪美丑，都表现得恰如其分。如帝王、贵妃的形象都体现出端庄、华丽，色彩艳丽；而武士则突出其威猛、强悍；僧道形象虔诚、恬淡。对现实中的人物描绘更加生动，士农工商、贩夫走卒、医卜九流，其人物身份明显，职业特点一望便知，说明作者对生活观察之细致。画面采用挺拔坚柔的线描造型，服造衣纹流利婉转，古人称之为“高古游丝”描。但菩萨的形象描绘比较单一，难免千人一面。其他形象富于变化，显现出不同身份人物的不同性格特点，很好的表达人物的内心活动。水陆画的人物着装为明代制度，无清朝装束。设色亮丽，惯用大红大绿，画中白线均用蛤粉描绘，具有明代人物画的风格特点。
壁画的装饰性其实就是对建筑的适应性，因为建筑是壁画存在的基础。建筑的功能、建筑的风格甚至建筑所使用的材料，都左右着壁画的内容和形式，它应该始终与建筑相适应。从这个角度上讲，壁画创作的自由度是有限的，它不能独自地强调个性，它所面对的是某些特定的空间。这也是壁画在很长一个历史时期不为文人画家所重视的原因。
清代壁画远不及前代发达，但它们存在的范围却更加广泛，所使用的工艺材料也更加多样化。寺观壁画比较有价值的如北京的夕照寺、平遥的镇国寺、张掖的大佛寺、陕西的灵武寺、泰安的岱庙以及拉萨德罗布林卡等等，遍布全国各地的道观、祠堂、会馆等建筑内也都保留有大量壁画。清代还比较注重普通住宅的壁画装饰，如江南私家园林的壁面装饰、山西商人私宅的砖雕壁饰、徽州民宅的壁饰壁画等等，题材丰富，制作精细。戏台、官衙等公共场所也有大量的墙面装饰，如江西安福三官堂戏台，画有花鸟、山水，还有戏曲人物，有“道光五年”（1825）的题记；浙江武义延福寺，建于元代，壁画为明末清初所绘制，有明显的民间风格，朴素大方，也不失其独特的艺术价值。清代寺庙壁画里最常见的是门神，民间住宅一般不是直接画上去，而是在门上张贴木版年画。门神所表现的是唐代大将秦琼和尉迟恭，高大威武，具有威慑力。
从中国壁画的整体发展上看，清代壁画走向衰落，社会对绘画装饰的关注不再放在寺庙，壁画的目的主要是起单纯的装饰作用。但19世纪50、60年代的太平天国时期的壁画则是个特例，其政治宣传目的非常明显。在南京市堂子街的东王杨秀清官衙内有许多壁画，现在还保留了十几幅，其中有描绘战争时期的江防望楼，也有山水亭台、花鸟鹿鹤等等；安徽绩溪曹氏支祠内的壁画，直接反映太平军攻城的场面和太平军行进图，军旗招展，杀声震天；金华太平天国侍王府壁画，绘有云龙、松鹤、山水等；宜兴太平天国辅王府壁画描绘了当时农村的生产劳动情景，平和安乐；苏州太平天国忠王府壁画，内容有山水、动物、彩绘图案等；此外，在浙江绍兴、江苏南京、江宁、金坛等地方都留有太平天国的壁画。太平天国时期，大量的壁画描绘了战争的记录，为后人了解和研究太平天国的作战情况提供了形象资料；而花鸟、山水、图案装饰等壁画，继承并发展了民族壁画形式的优良传统，运用了象征的手法来赞扬革命，鼓舞士气。
西藏是著名的佛教圣地，大大小小的寺庙遍布全藏，从8～9世纪以后一直兴盛不衰，而每座寺庙内都有为数众多的壁画和唐卡。布达拉宫位于拉萨市，是西藏最宏伟的古代建筑。17世纪，五世达赖重建布达拉宫，每间佛堂几乎都饰有精美的壁画。据统计，从走进布达拉宫到曲结卓普（布宫最早的岩洞遗址），这之间就有698幅壁画，可见其规模之大。后来的历世达赖对布达拉宫都有所修建，使之更加壮美，现今的建筑形制是20世纪30年代固定下来的。13世达赖与1933年去世，三年以后为其建造的灵塔及建筑完成，大殿四壁绘有达赖生平的壁画，其中引人注目的是1908年慈禧太后与光绪皇帝在北京与之会面的场景。
清代末年至民国时期，帝国主义列强的入侵，加之国内的军阀混战，使国家在近半个世纪的时间里停滞不前。作为建筑装饰艺术的壁画也随之走入没落，几乎形成了一个空白的阶段。但“画壁”的艺术形式却没有消失，一直以各种各样的表现形式在民间流行着。