在前面的记述中读者似乎会有这样一种感觉，所有的ENIGMA机都是一样的，而密码分析人员在找到破译的方法以后每天按部就班地进行破译工作。但事实上，德军内部有好几个不同的通讯网络，比如说，在北非的德军就有自己的一套通讯网，他们的密码本和在欧洲的德军网络不同，德国空军也有自己的通讯网络。某些通讯网络的保密性要强于其他的，而德国海军通讯网的保密性是最强的，它使用的ENIGMA机是经过强化特制的，它有八个转子可供选择，这样转子的初始位置数就几乎是五个转子情况的六倍，于是布莱切利公园破译它所需要花费的时间也几乎是普通情况的六倍。另外海军用的ENIGMA机的反射器是可以转动的，于是密钥的可能性就是原来的26倍。有一些海军型ENIGMA机甚至有四个转子。德国海军为了加强通讯保密性，甚至取消使用固定的信件格式，这样就使图灵的“候选单词”法极难被使用。另外它的每条电文的密钥也以一种不同于平常的方式传送。
德国空军和陆军的ENIGMA密文都能比较顺利地被破译，但是德国海军的这些保密措施使得英国密码分析人员在破译电文时遇到极大的困难。在大西洋海战中这使英国付出了极大的代价。德国海军元帅邓尼茨使用“狼群战术”来对付英国的海上运输线。首先，德军众多的潜艇分散在大西洋广阔的海域中，试图寻找合适的目标；如果其中有一艘潜艇发现目标，它就会通知其它潜艇赶来增援；一旦在此海区中潜艇数量足够，它们就向目标发动进攻。很显然，在这种需要高度协作的战术中，保密和快速的通讯起着决定性的作用，而如果英国方面不能及时破译这些通讯内容，所遭受的打击是毁灭性的。
当时欧洲大陆尽陷纳粹魔掌，英国抗战所必需的食品弹药几乎完全依靠从大西洋上运来的美国援助。如果盟军不能知道德军潜艇在汪洋大海中的位置，那么就不能有效地对付狼群战术，也就不可能有一条安全的运输线。在1940年6月到1941年6月一年间，盟军平均每月损失50艘船只，而且建造新船只的能力已经几乎不能够跟上损失的步伐；与此相联系的还有巨大的人命损失——在战争中有高达5万名水手葬身大西洋底。英国面临在大西洋海战中失败的危险，而在大西洋海战中失败，也就意味着在整个战争中失败。
即使在破译密码这样的所谓“数学家的战争”中，军事和间谍手段也是必不可少的，汉斯-提罗·史密特的情况已经足够说明问题了。如果布莱切利公园不能用破译的手段来取得密钥，那么间谍、渗透以至于窃取等手段也成为必需。英国皇家空军有时采取一种名叫“播种”的手段来帮助取得布莱切利公园破译密钥所需的“候选单词”。空军在某个特定的海区布撒水雷，迫使在附近的德国舰艇向其他舰艇发送有关雷区的情报，这个情报里必定包含着对此雷区所在方位等的描述，而这是英国人早已知道的，于是从中就可以确定“候选单词”。但是为了避免德国人的疑心，这样的花招不能时时使用，所以还需要许多其他的方式。
当时在英国情报部门工作的扬·弗莱明，也就是后来大名鼎鼎的007系列小说的作者，甚至策划了这样一个代号“杀无赦”的计划：在英吉利海峡中让一架被俘的德军轰炸机在一艘德国舰艇附近坠毁，等到德国舰艇赶来救援时，机上假扮成德国飞行员的英国谍报人员趁机混上德国舰艇以窃取密码本。这个几乎是疯狂的计划最后由于种种原因而没有实行。
除了要获得密码本外，了解德国海军特制ENIGMA机尤其是它的转子线路无疑也是破译密码所必需的。1940年2月德国潜艇U-33在苏格兰附近海面被击沉，英国情报部门因此能获得海军用ENIGMA机上的三个转子，使得密码分析人员能对这种特别的ENIGMA机有所了解并对截获的密文作部分的破解；同年4月在挪威，盟军俘获了一条德国拖捞船，从上面取得了几份关于ENIGMA的资料并送交图灵研究。但是在还没有取得任何进展之前，德国人就改换了转子结构，密文重新又变得牢不可破了。1941年3月4日在盟军特种兵对挪威罗弗敦群岛的突袭中缴获了两台海军用ENIGMA机，于是盟国重新能够部分破译德海军情报。幸运的是这一次邓尼茨元帅相信了他的密码专家的夸口，认为ENIGMA不可破译，没有再次改变密码机的设置。
1941年春天，布莱切利公园的一位密码分析人员哈里·辛斯利意识到，在德军的气象船和补给船和德国海军使用的是同一套ENIGMA系统。问题在于要周密计划俘获这些船只取得密码本而不使德国海军指挥部起疑心。5月7日，在一次高度机密的行动中，英国皇家海军俘获了德国气象船慕尼黑号，取得了六月份的密码本。两天后在一次巧遇中英国驱逐舰迫使德国潜艇U-110浮出水面，由于德国人以为潜艇很快就要沉没，他们没有及时销毁艇上的ENIGMA机和密码本。在六月份英军又俘获了一艘德军气象船劳恩堡号，取得六月和七月的密码本。这些进展使得布莱切利公园对海军型ENIGMA机有了比较充分的了解。虽然直至战争结束，德国人仍不时改进他们的加密系统，但是英国方面一般来说总能用各种方法跟进，包括上面所说的军事和间谍手段，或者提高“炸弹”的数量和威力，密码分析人员的经验也不断增加。虽然如此，这样的变化总会为密码破译带来暂时的困难，从而可能遭遇严重的问题，比如北冰洋航线上PQ17运输轮沉没的严重损失。最大的此类危机发生在1942年2月1日，德军潜艇通讯网开始使用前面提到的四转子ENIGMA，新增加的这个转子使得盟军的损失大量增加。但是由于同时期美国开始参战，德军潜艇在美国东海岸的频频得手避免了德军总部把近期的胜利和增加转子一事联系起来。
无论如何，通过军事、情报当然还有密码分析人员的努力，盟军终于能够了解德国“狼群”的位置，从而为运输船队选择一条安全的航线，不仅如此，英国海军的驱逐舰甚至还能主动出击，寻找德军潜艇并将其击沉。但是这里还是存在着如何恰到好处地使用所得到的情报，以免德军总部怀疑他们的最高机密已被破译的问题。正所谓兵不厌诈。通过对ENIGMA的破译，盟军能够知道德国潜艇的位置，但是击沉所有这些潜艇是愚蠢的，因为突然升高的损失不可避免地会使德国人猜测到他们的通讯并不安全。所以盟军经常放掉一些已经到手的肥肉，只攻击那些被侦察机发现的潜艇，当然盟军也会发出一些假的侦查到潜艇的消息来掩盖随之而来的攻击。有一次布莱切利公园破译了一条电文，其中有九条德国油轮的方位，为了避免德国人起疑心，英国海军总部决定只进攻其中的七条油轮。这七条油轮沉没后，对破译ENIGMA和需要保持秘密一事一无所知的皇家海军舰队“不幸”恰好又碰上了另两条倒霉鬼，于是也将它们送入了海底。在柏林德国人为此事进行了调查，但是他们的疑心集中在这是一次偶然的事件，还是由于英国谍报人员的渗透，没有人怀疑这是英国人破译ENIGMA所取得的胜利。
布莱切利公园所破译的不仅仅是德国的ENIGMA密码，在战争期间他们同样破译了意大利和日本的密码系统，这三方面的情报来源被冠以“Ultra”的代号，意为“绝密”。通过Ultra提供的情报，盟军在战场上取得了明显优势。在北非，Ultra使得盟军能够切断德军的供给线，得到隆美尔将军部队的情报，使第八军团成功抵御了德军的攻击；在德军进攻希腊的战役中，依靠Ultra英军成功撤退避免了大量伤亡；Ultra提供了敌军在地中海地区的详细分布情报，这对盟军1943年在意大利和西西里登陆至关重要。
但是最重要的是，Ultra在盟军诺曼底登陆中起了不可磨灭的作用。在登陆前的几个月里，依靠Ultra，盟军获得了德军在法国沿海的布防的详细情报，从而能够及时地针对敌军的虚实强弱之处改进登陆计划。
但是布莱切利公园的工作人员并不知道诺曼底登陆计划，在预定登陆的前夜，他们举行了一次舞会，这使公园里唯一知道登陆计划的负责人特拉维司很不高兴，但他又不能下令取消这次舞会，因为这会走漏风声，使人猜想有什么重要行动即将进行。幸亏由于天气的原因，登陆行动推迟了二十四小时，密码分析专家们于是才有机会把舞跳了个痛快。登陆当天法国抵抗组织成员切断了陆上电话线路，迫使德军使用无线电报联络，密码分析人员因此截获了大量情报。
美军对Ultra的一份评价报告中是这样说的：“在高级指挥官和政治首脑之中，Ultra创造了这样一种改变了决策方式的精神状态。敌人的所作所为都逃不过你的视线，这给予你信心；在你观察敌人思想和反应，他的一举一动时，这种信心不断增强。对敌人有这样程度的了解能够使你的计划大胆而又有保证，坚决而又乐观。”
在二次大战盟军的胜利中，对布莱切利公园是否起了决定性的作用这点，历史学家自然有大量争议，但是毫无疑问的是，布莱切利公园的密码分析专家大大地加快了战争的进程。这在大西洋战役的历史中尤其明显。如果没有Ultra，德军就能在大西洋上保持一支强大的潜艇群和反应能力，相反地，盟军必须付出巨大的人命和财力的代价来建造新的船只和保持运输能力。历史学家估计盟军的登陆计划会被推延到次年，而哈里·辛斯利则认为，在此情况下，战争很可能要到1948年，而不是在1945年，才能结束。如果是这样，希特勒将能够更大规模地使用V1和V2飞弹对整个英国南部进行轰炸。
历史学家大卫·凯恩评价Ultra的作用时说：“这拯救了生命。不仅仅是俄国人和盟军的生命，它也拯救了德国人，意大利人和日本人的生命。对许多在二次大战后幸存下来的人来说，没有这个方案，他们将已不在人世。这就是这个世界欠这些密码破译者的债务：他们的胜利折换成人类生命的价值。