（1）大多数蔬菜的光合作用在上午9点左右最强。因此，增施二氧化碳最好在上午8点前进行。沼气点燃时间过长时，棚内温度过高，对蔬菜生长不利，应及时通风换气。
（2）控制二氧化碳的增施量。一定量的二氧化碳浓度适宜作物的生长，一般0.5亩大棚只需燃烧0.6～0.72立方米沼气即可。
（3）施二氧化碳后，蔬菜光合作用加强，水肥管理必须及时跟上，这样才能取得很好的增产效果。
（4）要防止有毒气体对作物的危害。沼气中含有约万分之几的硫化氢随沼气燃烧后生成二氧化硫，当温室中二氧化硫的浓度达到5毫克／立方米时，植株就会出现受害症状。首先在气孔周围及叶缘出现水浸状，在叶脉内出现斑点，高浓度则会使植株组织脱水、死亡。对二氧化硫比较敏感的有番茄、茄子、菠菜、莴苣等。在日光温室里燃烧没有经过脱硫的沼气要掌握好燃烧沼气的量。