由于人口和经济的迅速增长，我国十分有限的农业自然资源开发强度不断加大，例如非农业占用耕地，草地过牧，森林超采，渔业过度捕捞，加上污染和生态环境退化，加重了资源的破坏和衰退趋势。为了实现可持续发展，保护和合理利用自然资源成为急需解决的问题。
长期以来的自然资源无偿使用，已造成资源的严重浪费，对自然资源保护很不利。
在市场经济条件下，若仍然保持资源无价（产品高价、原料低价、资源无价）或价格扭曲的局面，无疑会加重对资源的浪费。因此，必须尽快开展农业自然资源评估估价工作。
当前，由于工业发展和农业化学物质大量施用，农业生态环境受到严重污染。工业排放的废弃物大部分通过各种途径最后进入农业生态环境，近年每年发生环境赔偿事故数千起，损失粮食100亿公斤以上。由于土地和生物资源开发利用不合理，保护措施跟不上，资源衰减和土地退化都很严重，农业生态环境退化已成为制约农业综合生产能力提高的重要原因之一。
农业自然资源可持续利用和生态环境保护的目标是：全国保护耕地、森林、草地、水源、种养殖的动植物品种、野生近缘动植物物种和农区野生物种，加强保护工作体系建设，修订、补充必要的法规、标准，在2000年前逐步形成农业资源保护的法规体系。
2000年以前，为农业自然资源合理利用和环境保护及有效管理提供真实而公正的价格依据，并以此作为生产要素市场的一个重要的组成部分，作为对农业环境评估、监测的一个有效手段，纳入国民经济核算体系。加强农业环境管理体系建设，通过完善立法、理清农业环境管理的具体职责任务，落实投资渠道，2000年前步入正常工作轨道。
加强农业环境监测体系建设。下世纪初逐步加强重点省、地（市）和县级农业环保站、牧区、渔区和农垦区环保站的建设，形成全国农业环境监测网络，逐步建立全国农牧渔业生态环境与产品质量的监测和信息系统。
为了达到以上目标，将审理现有与农业自然资源和生态环境有关的法规、标准，明确农业部门在资源与环境保护利用中的职责，补充新的、更专门化的法规、标准；强化农业资源与环境管理体系建设，提高管理效率和能力。建立健全农业资源和环境的数量、质量和分布等性状的数据库，并保证数据库的接续、更新和正常运行。根据农业区划和农业资源与环境数据库数据资料，对农业自然资源与环境分类、分区进行评估。建立农业自然资源与环境核算体系，并纳入农业及农村经济核算体系。在估价和核算基础上，制订各种资源环境开发利用方案，充分利用研究核算成果，建立监测控制系统和信息网络，对农业环境变化进行监测、控制。
在制定和实施耕地保护条例的基础上，将50％左右耕地作为基本农田保护区；改造中低产田，分期分批实施中低产田规划，加快建设高产稳产农田，促进土地复垦，防治耕地风蚀（农田防护林带）、水蚀。
在完善农村土地使用制度基础上，促使农户秸秆还田多施有机肥。
防治对农村水源特别是人畜饮用水源的污染，确保大型水源对农村生产和生活用水的配额，对水的供需进行引水和蓄水的合理调度，适当用污水灌溉农田。
保障大中型能源基地特别是中型电厂电站对农村的能源输送，发展农村小型能源建设，促进初级能源的换代和转化，开发新能源、洁净能源。对未利用和已利用的自然资源，特别是生物资源，进行新使用价值的研究、开发和利用。例如对野生植物资源进行多学科、多功能的研究和开发利用。境外引进新的生物品种资源，并加以改良、选育、区域化，使其具有商业性生产价值，丰富国家种质资源库。