我国水资源保护与可持续利用的总体目标是：积极开发利用水资源和实行全面节约用水，以缓解目前存在的城市和农村严重缺水危机，使水资源的开发利用获得最大的经济、社会和环境效益，满足社会、经济发展对水量和水质的日益增长的需求，同时在维护水资源的水文、生物和化学等方面的自然功能，维护和改善生态环境的前提下，合理、充分地利用水资源，使得经济建设与水资源保护同步发展。
到2000年，基本解决饮用水源污染和风景区水域污染，使大部分城市供水水源的主要江河湖库达到国家规定的功能标准。城市饮用水的地下水源基本符合国家饮用水水质标准。农村饮用水逐步集中供水，同时减少与水有关的疾病，防止水生态系统的继续恶化。2000年以后，逐步实现水资源、水质和水生态系统的良性循环。
在地下水资源可持续利用与保护方面，2000年前，合理开发可供利用的地下水源地，采用管理和补给技术，控制地下水严重超量开采区的地下水污染的蔓延，逐步做到采补平衡。健全法制，把地下水资源保护纳入法制轨道，实现地下水资源的合理开发和保护。
在城市生活和工业可持续用水方面，到2000年，重点解决108个重点缺水城市的供水不足问题，城市自来水普及率达95％，另一方面，将通过保护水源和水环境措施，基本扭转当前水资源质量退化与枯竭的趋势。2000年以后，随着大型调水工程和水源工程的建设完成，基本解决所有城市的生活和工业用水，并且使这些城市环境达到持续、良性利用。
在水环境污染控制和污水资源化方面，到2000年，全国集中式供水的饮用水地表水源和地下水源普遍划定水源保护区，地表水水源二级水质达标率大于80％，地下水水源达标率大于75%，全国主要水域水环境质量有所改善，2000年前采取污染排放物总量控制办法，使长江、淮河、黄河、珠江、松花江、太湖、鄱阳湖、洞庭湖等大江大湖水环境达到地面水二级标准；其中，重点治理淮河、辽河、海河、太湖、巢湖、滇池这“三河”与“三湖”，使水质恶化的趋势得到基本控制，2010年饮用水源水质全部达标。到2000年，城市污水再生利用率平均达到处理量的10％；到2010年，城市污水处理率达到40%～50%，缺水城市和地区以及中小城市污水再生利用率达到30%～40％。
2000年的全国灌溉面积将由目前的4867万公顷扩大到5333万公顷，农业年缺水量将由目前300亿立方米增加到400～600亿立方米，通过兴修农田水利，建设一大批以中小型工程为主的蓄、引、提水工程，增加农业年供水能力300～500亿立方米，同时大力开展节水农业灌溉技术，如低压管道灌水、喷灌、滴灌、微灌技术的推广，以及平整土地，提高渠系利用率等措施，在保证5333万公顷灌溉的前提下，每年节约农业灌溉用水量80～100亿立方米。