秦始皇是中国历史上第一位皇帝，他统一了六国，统一了度量衡，修筑了举世闻名的长城，一生功绩卓著，但另一方面，他也是一个暴君，实行暴政，秦仅二世而亡，他有不可推卸的责任。这样的人物，在死后必然有褒有贬，而拿他的出生作文章的也必将大有人在，所以，有关他这方面的传言，就被版本不同地编排出来了。
秦始皇是继秦庄襄王（子楚）之位，以太子身份登上王位的。秦始皇之母赵姬，据说曾为吕不韦的爱姬，后献予子楚，被封为王后。那么，秦始皇到底是子楚的儿子，还是吕不韦的儿子，后人争议不休。
要想弄清这个谜底，还须先从吕不韦说起。据说，吕不韦本为河南濮阳的巨富，是远近闻名的大商人。但他不满足这种拥有万贯家私的地位和生活，他野心勃勃，对王权垂涎三尺。他曾与其父有一段精彩的对话：
他问：“种田的收益几倍？”
父答：“十倍。”
又问：“贩卖珠宝，收益几倍？”
又答：“百倍。”
再问：“扶一个国君，掌握一国权柄，收益几倍？”
其父笑答：“那就千倍万倍，算不清楚了。”
吕不韦意味深长地笑着说：“是啊，扶立一个国君，不只可以荣华富贵，还可以泽及子孙后代啊！”
于是，吕不韦打点行装，到了赵国的国都邯郸，精心策划了一个大阴谋，将正在赵国当人质的秦王太子的儿子异人，想法过继给正受宠幸的华阳夫人，转瞬之间，异人被立为嫡嗣，更为为子楚，当上了皇太孙。
秦始皇像不久，国事不断生变，秦国的秦昭王、孝文王相继不明去世，子楚堂而皇之地登上王位。事遂人愿，吕不韦被封为丞相。不料子楚仅在位三年就神秘地死掉了，于是他的儿子赢政就顺理成章地继承了王位，这就是后来的秦始皇。
吕不韦认为赢政是自己的亲生儿子，让赢政称自己为“仲父”。他自己则掌管全国政事，被封为文信侯，食河南洛阳十万户，家中奴仆万人，成为一人之下，万人之上，权倾朝野，一手遮天的大人物。吕不韦在邯郸的密谋实现了。
那么，一些史书上把秦始皇说成是吕不韦的儿子，目的何在呢？据分析有四种可能：
一、如果赢政确系吕不韦之子，那他就不是真正的嫡传，不是秦王室的后代。当时反秦的赢政的弟弟长安君成乔就“造反有理”了。认为自己的血管里流的才是秦王室的血，就会得到原来秦国的王公贵族的支持了。
二、如果赢政确系吕不韦之子，也可能是吕不韦有意公开自己“仲父”的真实面目。因为他的死对头，太后派的握有实权的长信侯势力强大，吕不韦想除掉他，必须争取秦始皇的支持。泄露出自己与秦始皇的关系，说不定念及骨肉之情，对自己大大有利。
秦统一文字表三、如果赢政确系吕不韦之子，那么齐、楚、燕、韩、赵、魏六国被秦所统一，就可以变个说法，不是“秦灭六国”，而“六国灭秦”了。因为“六国”之人吕不韦不动千军万马，只靠一条诡计，就能把自己的儿子弄上秦国的王位，夺得秦的江山。这样，六国的亡国之愤，也可以烟消云散了。
四、如果赢政确系吕不韦之子，那么，灭秦的汉代之人，似乎更是大行天道，伸张正义了，因为不但秦的暴政弄得天怒人怨，而且秦王内宫竟这样污秽，甚至会扯到秦始皇的祖父、父亲之死有可能被人所害。秦亡甚速，真是自食其果了。
后世人也有人认为上述说法并不成立。
其一，认为吕不韦并未策划过秦始皇由出生到登基的一连串阴谋。他们说，秦昭王在位时，就想方设法让子楚（异人）当皇孙，已经够反常的了，何况把希望寄托在尚在赵姬肚中的胎儿“太玄孙”（即赢政），也太渺茫了。下这么大的赌注，不是神人就是傻瓜！而吕不韦既非神人也不是傻瓜，惟一能说通的理由就是断无此事。说实有其事，只不过是后人据已发生过的史实刻意编排而已。
其二，有人认为，秦始皇的妊期值得研究。如果说赵姬是吕不韦献给秦子楚（异人）的，但她身在宫中子楚身边，过门之后孩子是不及期而生，甚至十二月之后过期而生，子楚怎么能不知晓呢？可见，秦始皇的生父应该是子楚，而非吕不韦。
其三，从赵姬的出身看，也大有文章。《秦始皇本纪》记载，秦灭赵之后，秦王亲临邯郸，把同秦王母家有仇怨的尽行坑杀。既然赵姬出身豪门，她怎么能先作吕不韦之姬妾，再被献作异人之妻呢？如果赵姬是“邯郸诸姬绝好善舞者”，一名出色的优伶，试问，她哪儿来的那么多仇家？这样，就不可能是赵姬肚子里怀上吕不韦的孩子再嫁给异人了。
到底秦始皇是谁队之子，竞成了千古之谜，至今无人可解！