根据传说的内容，水晶头骨里隐藏了人类起源和死亡的秘密料。如果这是真的，那它会以什么方式来告诉人们这些秘密呢？难道有一天它会开口告诉人们真相吗？科学家们当然不会相信。他们认为，如果传说是真的，那么水晶头骨就有可能是一个用来储存秘密资料的信息存储器，比较简明的说，就是一张硬盘。科学家为了弄清楚就做了一个实验，他们把水晶当作信息存储介质，用激光把一些信息写进去，经过一段时间后又用指令将其恢复，没想到，里面的数据竟然毫发无损。实验证明，如果在数千年、数万年前有人把数据写进水晶头骨的话，它依然可以保存到现在。
如果水晶头骨真的是一个信息存储器，那么，人们就会情不自禁地问道：数千年前的古代玛雅人是怎样将这些信息储存进去的呢？他们是不是已经掌握了现代人还没有掌握的科学技术？人们又是怎样将这些信息提取出来呢？对于这些问题，科学家们都不能一一解答。然而，古代玛雅人给我们的困惑还远不止于此。科学家们发现只要有光束照在这颗头骨上，隐藏在基底的棱镜和眼窝里的透镜片就会组合在一起，产生一系列光学反应。它所发出的光束，竟然有一种魔力，让人会产生一种幻觉、幻听的反应。致力于研究水晶头骨长达6年的专家富兰克·多兰德先生说，他在与水晶头骨接触的过程中，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上隐隐约约看到山峦、庙宇”等图像。还有更不可思议的事情发生，据说有人在抚摸过水晶头骨后，没想到身上的疾病奇迹般地治愈了。种种神奇的现象实在让人无法理解，很是神秘。
水晶头骨的谜团真的让人匪夷所思。没有一个人能给予合理的解释。于是，一些崇尚神秘主义的人们干脆认为是神秘的外星人制作的。说他们在即将离开的时候，把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人。之后，玛雅人把它一直保存在金字塔里不被外人熟知，直到被安娜发现。对于这种说法，科学家们也无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人送给人类的礼物呢。
米歇尔·黑吉斯水晶头骨汇集了种种神秘现象和不解之谜，愈发显得更加不可捉摸。实际上，这颗头骨并不是第一个也不是唯一一个被发现的头骨。
到目前为止，世界上发现的水晶头骨不下于十几颗，其中有3颗保存在博物馆或研究机构内，其余均被私人收藏。这十几颗水晶头骨并不完全都是玛雅人的遗物，但在这些头骨中，米歇尔·黑吉斯头骨毫无疑问是其中纯度最高、最完美也最神奇的一个。也许正是因为它太完美了，让人们挑不出任何瑕疵来，以至于让人们怀疑它的真实身份和来历。关于这个水晶头骨的具体出土时间，安娜本人却有不同的说法，这让人不得不怀疑。1962年她在接受采访的时候说这个水晶头骨是在30年代末由她的父亲在挖掘玛雅遗址的时候发现的；然而在1968年的时候，她又说这个水晶头骨是在1926年发现的；1982年，她回答学者尼克尔的询问时，又说成是1924年；在1995年出版的《水晶头骨之谜》里面，又说水晶头骨是在安娜17岁生日那一天发现的。总之，这不得不让人怀疑其真实来历。这所有的一切都需要调查，在调查过程中发现，在印第安人中，只有古阿兹特克人有雕刻头骨的习惯，而古代玛雅人却没有这样的习惯和习俗，这就愈发显得这颗头骨神秘。
科学家们一直持有这样的观点，水晶本身就是一种极其神秘的东西，头骨很容易让人想到死亡和死神。用水晶来雕刻头骨，这不得不让人产生疑问。
然而，谁会想到，一起震惊考古界乃至整个世界的事情发生了，科学家鉴定英国大英博物馆的墨西哥古阿兹特克人的水晶头骨为赝品。此事件一出，整个考古界一片哗然，人们不敢相信的同时也对米歇尔·黑吉斯头骨的真实性提出了疑问。
尽管这两颗头骨来源不同，但总体形状还是非常相似的，并且都是以一具女性头骨为模型，唯一不同的是，大英博物馆的头骨是一整块水晶，而米歇尔·.黑吉斯头骨的下颌却是独立的，可以拆下来，做工更加精致。这不得不让人怀疑他们是否是独立制作的，还是一起制作的？
英国大英博物馆所珍藏的那块水晶头骨，据说最早是在墨西哥古阿兹特克遗址上发现的。但科学家在这个水晶头骨上发现它是用轮式工具打磨和切割的，而这种技术在当时的美洲大陆是根本不可能存在的。这种真实性遭到了人们的质疑。关于米歇尔·黑吉斯水晶头骨的真实性在科学界和考古界引起了极大的纷争。一部分科学家认为它不是玛雅人的遗物，而是现代人的产物，尤其是19世纪的人的产物。但是还存在这样一个问题，即使它不是一件文物，但究其纯净和透明，按照现在的价格估量，也是价值连城，谁会用它来冒充一件文物呢？现在，安娜已经拒绝对这块水晶头骨做任何的科学坚定，关于它的定论，科学家也爱莫能助。
但人们还是怀着些许期望，希望能有一天，能把笼罩在这块水晶头骨上的神秘光环褪去，真相大白于天下。
文明消失之谜
曾经一度灿烂辉煌的玛雅文明，为何在不长的时间里走向衰亡，一直令历史学家和考古学家疑惑。他们为什么在顶峰的时候突然戛然而止，回归原始呢？玛雅文明从天而降，而又突然消失，难道有股神秘的力量在主宰着他们？
让我们的目光停留在这里：803年，科潘城的浩大工程突然停工；835年，帕伦克的金字塔神庙莫名其妙地停止；889年，蒂卡尔正在修建的寺庙也中止了；909年，玛雅人最后一个城堡也歇工了。这时候，所有的玛雅人，好像不约而同的收到某种指令或某种召唤，他们毫无留恋地抛弃了为之奋斗的，丢弃了正在修建的神庙、工程，毅然决然地离开了这里，走进了深山，开始了更原始的生活。
这种做法令人诧异，不明白。他们是出于自愿，还是有说不出的苦衷？对这个问题，史学界有着种种解释和猜测。比如说：外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测却很难说服公众。首先，在当时的社会下，南美大陆还没有出现一个力量强大的民族，足与玛雅对抗。因此，外族侵犯之说根本不成立。玛雅人那些雄伟的石建筑，有些已经倒塌，残破不堪，但仍有不少历经千年风雨的洗涮仍然保存完好，地震之说似乎也不可能。至于瘟疫流行问题，貌似可能。然而，在玛雅人生活的上万平方公里范围内，要流行一场大规模的瘟疫，这种可能性还是比较小的。玛雅人的整体迁移，先后差不多经历了一百年的时间，一场突发性的大瘟疫，绝不可能持续这么长的时间。
也有人从雕像上入手探求其原因。因为他们发现祭司的雕像被击毁了，统治者宝座也被推翻了，作出了这样推断：认为出现了阶级斗争。不可排除，阶级斗争肯定在玛雅社会中存在过，但这种现象并不会全部、同时出现在所有的玛雅城市，只可能在个别地方或城市中出现。所以这种说法也被推翻了。
还有人试图从生态角度解释玛雅人迁移之谜。比如认为玛雅人采取了不恰当的耕种方式，破坏了森林，不能种植庄稼了，没有办法在这种环境下生活下去了，只好被迫迁移。可是学者在进一步的考察中却发现，从这个角度试图揭开谜题的方式是行不通的。为什么呢？原来玛雅人在农业生产上有着先进的迹象。他们在很早的时候就懂得了轮耕制，还出现了早期的集约化生产。
除了以上种种推断，还有更新奇的观点。一些专家认为要寻找玛雅人最终走向深山的原因，不妨先看看玛雅人是怎样选择自己定居的场所。我们已知这些玛雅人最古老的城市的起源并不是在河流旁。而世界其他民族的古文明全部发祥于河流。比如埃及和印度的古代文明，发祥于尼罗河与恒河流域；中国古代文明的发源地则在黄河和长江流域。河流不仅仅给这些早期的城市提供了水源，还保证了农业的收成，往往还成为商品的交通要道。从其他民族的早期历史来看，文明是离不开河流的。
除了这些原因外，还有一种观点认为是大旱导致了玛雅文明衰落。最早提出这个学说的是里查德森·吉尔。吉尔最早是得克萨斯州的一位银行家，后来因为银行不景气，就改行从事了考古学。为了研究玛雅文明失落之谜，他花费了几十年的时间，拼命寻找证据。但是，他只找到了一些间接证据。
2001年，佛罗里达大学的大卫·霍德尔带领的研究小组在《科学》杂志上发表文章说，他们在墨西哥找到了一份气候记录。寻找古代气候的详细记录是一件非常麻烦的事情。玛雅人不像现代人这样，有气象台。即使有气候记录，相隔这么长的时间，恐怕也找不到了。那么，大卫·霍德尔找到的是什么记录呢？他们找到的是自然地质记录，但并不是用玛雅语或其他语言写成的。随着岁月的更迭变化，气候变化的最直接的证据——各种化学物沉淀在湖底，静静等待科学家的发现和勘察。终于有一天，科学家使用氧的同位素和石膏（硫酸钙）作为指示气候变化的物质来接近它们。按照常识，如果气候干燥，降雨减少的话，湖水的蒸发就会大大超过降水的补充。这样，这个时期沉积在湖底的硫酸钙等物质的含量就会增加。只要科学家一层层地检测硫酸钙的浓度，就能检查出过去年代降雨量的变化。根据这个原理，霍德尔等人把目标瞄准了尤卡坦半岛的一个湖泊，将其底部的沉积物挖掘出来作为分析对象。通过样本分析，霍德尔得出这样的结论，这个地区大约每隔206年就会出现干旱的现象。考察玛雅人的历史，也会有规律可循。当出现一些“世纪干旱”时，玛雅文明就相应的伴随一定程度的衰退。比如停止建造纪念碑、城市被遗弃等等。两者结合起来，表明气候的变化很有可能对玛雅文明的发展有所影响。霍德尔在测量了另一块精确程度比较低的沉积物样品之后，认为这个地区在公元750年至800年发生了7000年中最严重的一次干旱。霍德尔还通过研究树木年轮中碳14含量的变化，发现活动的周期（大约206年）与尤卡坦半岛干旱的周期基本同步。玛雅人比较崇拜太阳，然而霍德尔的研究结果却使这种崇拜带上了讽刺的意味：在很大程度上正是太阳的活动才导致了干旱。
神奇的玛雅人在历史的舞台上表演了一段极为精彩的节目后就悄然谢幕了，这场波澜壮阔的历史就戛然而止了，留给后人无尽的遐想和猜测。