西藏信仰佛教，自唐朝时就与中原关系十分密切，作为附属国的西藏与内地年年来往，互相通婚，直到宋、元、明仍保持密切的关系。明永乐年间佛教首领宗喀巴创立黄教，宗喀巴圆寂后，由其二大弟子达赖、班禅继承并共理黄教。以后的继承人采取转世制。清初清太宗皇太极写信给达赖喇嘛，希望建立满藏两族友好关系。此时，漠西蒙古的和硕特部顾实汗迁往青海并与达赖五世、班禅四世建立友好关系。他们对统治西藏的藏巴汗术满，由顾实汗出兵，杀死藏巴汗并与达赖、班禅共管西藏。顾实汗与清朝关系密切，这时的西藏出现了暂时的稳定。
不久，顾实汗病逝，达赖五世也圆寂，大权落人第巴桑结手中，他想立自己心中的达赖六世，对五世达赖的圆寂密而不报，可是他想立的六世达赖却是一个不守确规的青年。这就引起对第巴桑结不满的拉藏汗的气愤，拉藏汗把此事上报朝廷，第巴桑结非常恐慌，想谋害拉藏汗，结果事发，竟被拉藏汗所杀。
拉藏汗掌权后，首先把第巴桑结所立的六世达赖押往北京，请朝廷处置。结果在北去的途中六世达赖却病死了。拉藏汗想立一个自己心中的达赖七世，但青海方面也立了一个七世达赖，双方互不相让，纷纷指责对方是假的。康熙帝为慎重起见，特派侍郎赫寿去协助拉藏汗处理此事。
过了几年，双方又上奏康熙帝，都要求自己的达赖坐床。为免出意外，康熙帝让青海的达赖到北京，但青海不答应，不顾拉藏汗的反对，擅自让自己选的达赖坐床。因达赖真假之争，双方矛盾越来越大，这就给窥视西藏已久的策妄阿拉布造成可乘之机。于是策妄阿拉布在康熙三十五年（1716年）冬出兵西藏。
策妄阿拉布乃是噶尔丹的侄子，自从噶尔丹夺取其父的汗位后，策妄阿拉布逃到吐鲁番，网罗党朋，招募其父的旧部，妄图复仇，以求东山再起。康熙三十五年，乘噶尔丹东进，伊犁空虚，策妄阿拉布占据了伊犁，重新组织队伍，一面上朝廷表示归顺，一面严阵以待准备抵抗其叔父噶尔丹的复辟。在噶尔丹自杀后，策妄阿拉布为表示自己归顺清朝的决心，将其叔父的尸体送往北京，证明自己没有二心。康熙帝见此，答应准葛尔余部由策妄阿拉布统帅。策妄阿拉布掌权后，极力建设军队扩充实力。经过几年的准备，开始向西扩张，强占了哈萨克的全部领域，策妄阿拉布感到自己羽毛已丰满，便不把清朝放到眼里，却和沙俄相勾结，得到沙俄的支持，挥军向东、向南进攻。
康熙五十三年（公元1714年）策妄阿拉布出兵哈蜜，哈蜜立即上报朝廷请求派兵增援。康熙帝命将军席柱带领3000人前往救哈蜜，席柱与哈蜜合兵一处，猛攻策妄阿拉布，将其打得大败。策妄阿拉布还想攻打西藏。康熙五十五年冬，策妄阿拉布命其弟率兵6000进攻西藏，两军相战两月之久，拉藏汗兵败被杀，策妄阿拉布占领布达拉宫，大肆抢劫，连寺庙也没能幸免。
康熙帝得知策妄阿拉布进兵西藏后，十分震怒，他排除主和派的意见，下诏封青海达赖为六世达赖，废除拉藏汗所立的六世达赖。并命第十四皇子允掘为抚远大将军，坐镇青海统一指挥。清军将领延信带大队人马迎头痛击叛军，策妄阿拉布前有强大清军的围剿，后有藏民及喇嘛兵的袭击，首尾不能相顾，处境狼狈，很快被清军击败，逃回伊犁。后又归顺清朝。
清军击败策妄阿拉布后，进入西藏，安定社会秩序，延信将达赖六世从青海接送到西藏，重新举行了隆重的坐床仪式，成千上万的喇嘛藏民拥在布达拉宫，朝拜六世达赖。延信当众宣读皇帝诏书，诏书中规定，西藏从此政教合一，由达赖和班禅统一管理。达赖负责前藏，班禅负责后藏。从而中国西南出现一个长期稳定的局面。