满清贵族统治全国以后，一方面重视、笼络知识分子，另一方面又对不利于其统治地位的思想文化，严加禁锢，进行思想统治。他们既努力学习汉族文化，又对当时文人的诗词文章特别注意。只要从中找出一些似是而非的东西，就指斥作品影射朝廷，因此大兴冤狱有时还株连九族。就连那些刻书、买书、卖书的人，也都会牵连受罚。人们把这类冤狱叫做文字狱。
清朝最早的文字狱，出现在康熙统治时期。
清代初年，文人们聚集结社的风气很盛，由于经历了明代覆灭的重大历史变动，文人们在诗文中往往要寄托他们怀念故国的情绪。所以，从顺治九年（公元1652年）以后，政府便不断颁布禁止文人结社的明令。康熙二年（公元1663年），浙江有一个叫庄廷龙的人，自己出资刻了一部《明史》。书中记有明末天启、崇祯朝的事迹，其中，自然有一些指斥满族人的字句。清辅政大臣认为这是大逆不道，下令严办。这时，庄廷龙已死，朝廷仍然不肯放过。他们刨出棺木，开棺戮尸，焚烧尸骨，不仅如此，还把他的兄弟、儿子、侄子以及为这部书作序、刻印、校对、发行、收藏的共70多人，全部杀害。受株连的多达200人，其中以聚集结社的文人最多。这就是中国历史上有名的文字狱“明史案”。康熙年间，还有沈天甫之狱、戴名世《南山集》之狱等文字狱。
到了雍正年间文字狱更加增多，也更加残酷。雍正三年（公元1725年）清朝开始对文人结社定下法例，严加究查。雍正一朝，对因文字罹祸的汪景祺、吕留良、曾静之等人实行残酷镇压，对当时的文人产生了很大的消极影响。
其中，最惨绝人寰的是雍正四年（公元1726年）的查嗣庭一案。查嗣庭是当时的礼部侍郎，他到江南去主持科举考试，出了一道八股题“维民所止”。“维民所止”本是“四书”《大学》中的一句话。清朝政府却在“维”和“止”两个字上找到了问题。认为“雍”字去掉“一”，正字去掉“一”就是“维”“止”二字，所以，他们认为出题者是在暗中发泄要砍雍正皇帝头的思想。雍正皇帝知道后，勃然大怒，立即派人到江南，把查嗣庭押回北京，关进大牢。查嗣庭连气带病，死在狱中，雍正皇帝气恨难消，还命人把查嗣庭戮尸示众，把他的家属流放到至少3000里开外的地方去才算罢休。
吕留良是清初思想家。他称清朝为“北朝”，称明朝为“本朝”，主张分清“华夷之别”。清朝皇帝就是“夷”，必须把他们赶走。吕留良死后，他的著作传到湖南，被一个以教书为业的书生曾静读到了。曾静十分信服吕留良的说法，特地跑到吕留良家乡浙江去搜寻他的遗著。吕留良的儿子和门生把吕留良的遗著全部送给了曾静。曾静回到湖南，就开始传播吕留良的理论。他的一个学生张熙听了，也很信服，便自告奋勇到西北，找到川陕总督岳钟琪，劝他反清。岳钟琪能征善战，是清初的一员名将。据说他是南宋抗金名将岳飞的后代，张熙才想到去联络他。可岳钟琪生在清朝，当的又是清政府的地方大官，根本不想学祖宗岳飞抗击金兵，更没有恢复明朝的念头，他把张熙劝他反清这件事报告了雍正皇帝。
雍正皇帝得报，当即传下圣旨，把张熙、曾静以及吕留良的儿子、学生都抓起来，押解到北京听候处置。这——次，他决定不杀曾静、张熙，而是也写了一本书叫《大义觉迷录》。在这本书中，雍正皇帝承认清朝是“夷”。但是，他又说，皇帝是上天指派的，上天只问某人的“德”，并不问某人出生在什么地方。他又发挥说，舜就是东夷，周文王就是西夷。由于他们品德高尚，所以当了君主。雍正皇帝想以此说明“华夷无别”，自己虽是满人，却与舜和文王一样，是上天授给的皇位。他让人把《大义觉迷录》颁行天下，又赦免了曾静、张熙的死罪，让他们到南方各地去宣讲这本书。同时，却对吕留良等人毫不留情。吕留良已经死去几十年了，还要开棺鞭尸示众。又将他的儿子、学生、刻书藏书者连同他们的家属，一律处以死刑，孙子辈则流放到东北，给满族骑兵做奴仆。
乾隆时期，文字狱有增无减。据一种不完全的档案材料《清代文字狱档》，从乾隆六年（公元1741年）至乾隆五十三年（公元1788年），前后48年之间，共有文字狱63起。乾隆还不同意雍正皇帝的看法，觉得承认满族是“夷”不妥当。于是，把《大义觉迷录》列为禁书，全部收回，又下令把曾静、张熙再抓起来，凌迟处死。
1777年，江西举人王锡侯注改《康熙字典》，在凡例中提到玄烨、胤祯的庙号及弘历的名字，没有避讳，被认为是“大逆不道”而被治罪；巡抚海成因为只是奏请革去王锡侯的举人，被指为包庇，革去了职务。
此外，乾隆皇帝还多次颁布禁令，对于那些不利于清朝统治者的“异端邪说”，一律加以查禁、销毁。据统计，仅从1774年到1782年8年中，全国毁书24次，538种，13862部。
清朝统治者大兴文字狱，和焚书坑儒一样，都严重阻碍了进步思想的传播和科学文化的发展。当时的知识分子一举手，一投足，稍不注意，就要得罪统治者。一些文入学士只好逃避现实，埋头整理古代典籍。清朝统治者极端专制主义的统治以及文人们“避世”的治学方法，使清朝的政治局面和学术思想越来越僵化，毫无生气。同时，大兴文字狱加剧了臣民的不满，对清政府产生了巨大的离心力，成为清王朝衰败的重要原因。