崇桢帝眼看李自成的大军攻人北京城，在煤山一棵槐树上吊自杀。统治中国二百七十六年的明王朝，宜告灭亡。
大顺起义军攻破北京，大将刘宗敏首先率领队伍进城，接着，大顺王李白成头戴笠帽，身穿青布衣，跨着骏马，缓缓地进了紫禁城。北京的百姓像过节一样，张灯结彩欢迎起义军。
大顺政权一面出榜安民，叫大家安居乐业；一面严惩明王朝的皇亲国戚、贪官污吏。李自成派刘宗敏和李过，勒令那些权贵交出平时从百姓身上搜刮来的赃款，充当起义军的军饷，拒绝交付的处重刑。少数民愤大的皇亲国戚被起义军抓起来杀头。
有个大官僚吴襄，也被刘宗敏抄了家产，并且逮捕起来追赃。有人告诉李自成说，吴襄的儿子吴三桂是明朝的山海关总兵，手下还有几十万大军。如果把吴三桂招降了，岂不是解除了大顺政权一个威胁。
李自成觉得这个主意很有道理，就叫吴襄给他儿子写信，劝说他向起义军投降。吴三桂原来是明朝派到关外抗清的，驻扎在宁远一带防守。起义军逼近北京的时候，崇桢帝接连下命令要吴三桂带兵进关，对付起义军。吴三桂赶到山海关，北京已被起义军攻破。过了几天，吴三桂收到吴襄的劝降信，倒犹豫起来。北京还有他的家属财产，也舍不得丢掉。既然李自成来招降，不如到北京去看看情况。
吴三桂带兵到了滦州，离北京越来越近，就遇到一些从北京逃出来的人。吴三桂找来一问，开始，听说他父亲吴襄被抓，家产被抄，已经恨得咬牙切齿；接着，又听说他最宠爱的歌姬陈圆圆也被起义军抓走，更是怒气冲天，立刻下令退回山海关，并且要将士们一律换上白盔白甲，说是要给死去的崇祯帝报仇。
李自成得知吴三桂拒绝投降，决定亲自带20多万大军，进攻山海关。吴三桂本来就害怕农民军，听到这消息，吓得灵魂出窍。他也顾不了什么民族气节，写了一封信，派人飞马出关，请求清朝帮助他镇压起义军。
清朝辅政的亲王多尔衮接到吴三桂的求救信，觉得机会来到，立刻回信同意。接着，他亲自带着十几万清兵，日夜不停地向山海关进兵。
清军到了山海关山下，吴三桂已经迫不及待地带着500个亲兵出关迎接多尔衮。他见了多尔衮，卑躬屈膝地哀求多尔衮帮他报仇。多尔衮自然顺水推舟地答应。吴三桂把多尔衮请进关里，大摆酒宴，杀了白马乌牛，祭拜天地，订立了同盟。
李自成大军从南面开到山海关边。20多万起义军，依山靠海，摆开一字阵，一眼望不到边。多尔衮从城头望见起义军阵容整齐，料想不容易对付，就让吴三桂打先锋，叫清军埋伏起来，自己和几名清将远远躲在后面的山头观战。
战斗开始了，李自成骑着马登上西山指挥作战。吴三桂带兵一出城，起义军的左右两翼合围包抄，把吴三桂和他的队伍团团围住。明兵东窜西突，冲不出重围；起义军个个血战，喊杀声震天动地。正在双方激烈战斗的时候，不料海边一阵狂风，把地面上的尘沙刮起，一霎时，天昏地黑，对面见不到人。多尔衮看准时机，命令埋伏在阵后的几万清兵一起出动，向起义军突然袭击。起义军毫无防备，也弄不清是哪儿来的敌人，心里一慌张，阵势也就乱了。直到风定下来，天色转晴，才看清楚对手是留着辫子的清兵。
李自成在西山上发现清兵已经进关，想稳住阵脚，指挥抵抗，已经来不及了，只好传令后撤。多尔衮和吴三桂的队伍里外夹击，起义军遭到惨重失败。李自成带领将士边战边退。吴三桂仗着清兵人多势众，在后面紧紧追赶。
李自成回北京后，在皇宫大殿里举行即位典礼，接受官员的朝见。第二天一清早就率领起义军，离开北京，向西安撤退。
李自成离开北京的第三天，多尔衮带领清兵，耀武扬威地开进北京城。公元1644年十月，多尔衮把顺治帝从沈阳接到北京，把北京作为清朝国都。从那时候起，清王朝就开始在中国建立了它的统治。
第二年，清朝分兵两路攻打西安。一路由阿济格和吴三桂、尚可喜率领，一路由多铎和孔有德率领。李自成率领农民军在潼关抗击清军，经过激烈战斗，终于被迫放弃西安，向襄阳转移。过了几个月，农民军在湖北通山县九宫山，遭到当地地主武装袭击，李自成战败牺牲，年仅39岁。
李自成牺牲后，清军就把进攻锋芒指向张献忠。1645年12月，清下诏招抚张献忠，张献忠毫不妥协，断然拒绝。1646年（顺治三年）清朝派肃亲王豪格和吴三桂率军由陕南人四川，进攻大西军。张献忠处境虽然困难，仍于同年7月率军10万退出成都，北上抗击清军。11月，驻军川北西充凤凰坡，由于叛徒刘进忠的出卖，清军发动突然袭击，张献忠兵败不幸牺牲。
明末农民大起义是中国古代史上规模最大、时间最长、斗争最复杂的一次农民起义，具有深远的历史意义。