托马斯·杰克逊在罗伯特·李将军的北维吉尼亚军团辖下一个兵团任指挥官。他是整个南北战争时期南军最优秀的指挥官之一。于1861年4月27日成立了一个军旅。
石墙杰克森与一批维吉尼亚军团赶到战场；毕将军的军团正在撤退，因为北军大炮占领了马修山，阻止了毕将军军团的前进。
北军步兵在大炮的掩护下推进，石墙杰克森的军旅开始迎战。双方开火后南军就冲锋杀敌，北军被打败，马修山失守，大炮被抢。石墙杰克森和他成立的军旅在这战役中一举成名，开始被称呼为石墙旅。但石墙杰克森常称石墙旅为“维吉尼亚第一旅”。
当汤玛士·杰克森获得“石墙”的美名同时，在西线，南军挡不住格兰特的攻势，节节败退，为了逼使更多北军前往维吉尼亚战区，李希望可以在维吉尼亚发动大型战事，以免格兰特把西部的南军击溃。石墙杰克森遂决定于1862年派兵攻击马里兰州，不过，在汉考克之役中石墙旅的炮轰未能打倒防守的北军，于是引他们再次深入南方内陆的雪伦多亚河谷；而林肯亦决定派更多军人追赶“撤到雪伦多亚河谷的南军”。
3月22日，北军军官约翰率9000人在第一次克恩斯镇之役打败石墙的3400人，是其第一次，亦是唯一一次被打败。
5月8至9日，北军有两个旅想组成一支较大的部队，石墙杰克森先发制人，率6000南军进攻麦克道威。5月8日，南军渡过考帕斯彻河（Cowpasture River）时遭到北军的突击，但四小时后，北军被打退，撤回麦克道威。次日，北军再次发动进攻，但大败而回，南军进入麦克道威。
他在钱斯勒斯维尔战役中被己方军队误伤致死。
罗伯特·李在听到杰克逊的死讯后对自己的炊事兵说“威廉，我失去了我的右臂”。