在波恩期间，赫兹还发表了许多科学著作，显示了他作为理论科学家的天赋和才能。
《静止物体的电动力学基本方程》是赫兹对电磁理论深入研究的成果，它使麦克斯韦的学说在结构上臻于完善。在论述运动物体的电动力学基本方程时，赫兹在理论上超越了麦克斯韦。在论述麦克斯韦理论的实质时，他提出了一个著名的论点，即“麦克斯韦理论就是麦克斯韦方程系”。另外，他还创立了振荡器理论，试图解释运动共轭系统的电磁现象，这个理论是建立在麦克斯韦电磁场方程式的基础上的。统观赫兹在电磁场理论上的贡献，我们可以看出，他不只是证明了麦克斯韦学说的正确性，更重要的是重新论证了这一理论，并且从模糊的、难以理解的麦克斯韦理论雏形中剔去了一切次要成分，使其简单明了和易于计算，并使其具有完整的数学形式。
赫兹在波恩大学的另一个理论研究重点是力学问题。
综观赫兹一生的科学历程，他是严格地坚持将力学作为物理科学的共同基础，如他在一篇文章中所说：“所有物理学家都同意这样的观点，即物理学的任务在于把自然现象归结为简单的力学定律。”但与牛顿的古典力学不同，赫兹是被称为“无力力学”运动学流派的拥护者。这一流派认为，一切物理现象都是运动着的重物在接触时的相互作用，而不是用力的概念作为解释的依据。赫兹对力学的研究成果，主要体现在他的学术著作《无力的力学》及《力学原理》等书中。
赫兹是一位富有批评精神的科学家，反对把已有的科学见解看成是不可动摇的金科玉律。这种精神是他科学创造活动的力量源泉之一。他有一句名言：“来源于实验者，亦可用实验去之。”在对力学的研究过程中，他就是本着这种精神，力图从自然科学中消除一切不合理的问题和臆想的证明。他认为，“力”的概念是蒙昧时代观念的遗迹，“力的实质”是含糊不清的。
赫兹指出：“在很多情况下，我们的力学用以解释物理问题的力，在现实以外，在事情涉及到叙述实际事实的任何地方，都是徒有其名地起作用。”他深信，物理是借助于自己特殊的手段反映事物和事物之间的相互关系的，反映的正确性取决于“事物的力”，而不受“我们支配”。而传统力学的“力”
是“数学的、辅助的结构，这种结构的性能完全受我们支配，因此，它就不可能隐藏着什么神秘的东西。”他提出把物理的力看作是各种紧密联系的质量的作用。这种质量有可见的，还有隐藏的。这种隐藏的质量正是传统力学所无能为力，而又“在现实之外，在事情涉及到叙述实际事实的任何地方”
存在着的“神秘的东西”。因此，赫兹提出，在自然力学新程序中不用力的概念来建立力学纲领，主张用简单、合理、经济的观念来反映自然现象，并认为在描述自然过程时，时间、空间和质量的概念足以表达被观察的对象。
赫兹的力学理论并不完善，但无疑是新颖大胆的。也许这一理论的价值并不仅在其本身，而在于它对古典力学所面临危机的敏锐洞察力和预见性。
到了20世纪，尤其是普朗克和爱因斯坦的重要发现，才指出了牛顿古典力学定律的局限性，但赫兹的工作已经为量子论和相对论的创建做出了一定的贡献。但赫兹并未在他同时代的物理学家中找到知音，无力力学流派也没有能在物理学领域内得到发展。人们一方面赞扬赫兹的成就，一方面审慎的评价他的力学理论。赫尔姆霍茨在后来为《力学原理》作的序言中指出：“试图根据赫兹发表的基本原理来对物理学个别部门加以阐明会遇到巨大的困难，但就整体而言，赫兹论力学基本定律一书应在很大程度上引起每个读者的兴趣，以完善和巧妙的数学形式阐述的合乎逻辑的动力学体系，可使每个读者感到喜悦。很可能，将来这本书作为教科书会具有更高的启发价值，启发人们去发现新的普遍性的自然力。”普朗克和其他许多科学家也称赫兹的理论是“未来的物理学”或“遥远未来的纲领。”
进入19世纪90年代后，赫兹常常被病痛折磨着。他得了一种被称为龈脓肿的牙疾，一度心情郁闷。这种病在今天不算什么，但当时却没有什么好办法，只得一次次地做手术以缓解病情，以便使他能够进行自己的教学和科研工作。
1892年，赫兹出版了题为《关于电力传播的研究》的实验文集。这是一本回顾过去的实验的书，赫兹在书中详细地叙述了他取得重大科技成果的一系列实验的过程，其中甚至包括他在实验中所经历的挫折、失败和曾经犯过的错误。赫兹这种坦荡无私的胸怀在他的同行中是少有的。无论是先于他的或晚于他的许多科学家都常常对自己的实验结果大肆宣扬，而对实验过程讳莫如深、秘不外传。如著名科学家高斯，他在数学、天文学及物理学方面都取得了卓越的成就，有许多重大发现，但就像狡猾的狐狸用尾巴消灭沙上的足迹一样，他故意把取得成就的方法弄得扑朔迷离，让人难辨真假。还有伦琴，也对他发现X射线的经过闭口不谈。普朗克也从没有介绍过他发现量子公式的方法。从这一点来说，赫兹的品质显得尤其难能可贵。赫尔姆霍茨总能及时地发现学生的优点并给予赞扬。他称赫兹的这部书是“为数不多的内在心理科学史”，并说：“我们应当满怀对作者的深深的感激之情，感谢他使我们能如此深入地看一看思维的实验室，甚至看一看他那些错误的经历。”
赫兹这部书的出版，也使他的实验成果更加深入人心，任何怀疑论者都可“按图索骥”，亲自动手加以证实，因为这些实验本来就不是靠复杂的设备取得成功的。
勤奋的工作有时使赫兹忘掉了病痛，但病痛却一刻也未消失。一开始，他还勉强支撑病体去为学生上课，但到1893年10月，他已无力与病魔抗争，只得放弃了教学工作。他的牙疾已经引发了血液中毒。
敏锐的赫兹已感到自己来日不多，他在12月4日给父母写了一封达观的信，传达了自己不祥的预感。信中写道：“假若我将真发生什么事情的话，你们不要悲伤。你们应当感到几分自豪并想到，生命属于我虽然那么短促，但我仍算有充分成就的优秀人物。我不想遭遇、也没有选择这样的命运，但是，既然这种命运降临到了我头上，我也应感到满意。”
身卧病榻，赫兹也没有停止工作。他强忍剧痛对《力学原理》的书稿进行文字加工，直到生命的最后一天。这本书是由他的助手列纳德在他去世后帮助出版的，赫尔姆霍茨称这本书是赫兹“在地球上活动的最后一座纪念碑”。
1894年1月1日，亨利希·鲁道夫·赫兹与世长辞，享年不足37岁。
影响深远
赫兹的早逝，引起了德国科学界和世人的巨大震惊与悲哀，人们以各种方式纪念这位年轻的科学巨子。在纪念赫兹的一次会议上，比赫兹小一岁的物理学家普朗克称他“是我们科学的领袖之一，是我们民族的骄傲和希望。”年迈的赫尔姆霍茨对爱徒的逝世非常悲痛，他满怀敬佩之情向人们描述了赫兹的优秀品德，并认为赫兹本人渴望的只是真理，并以严肃认真的态度和全力以赴的精神追求真理。他胸怀坦荡，谦虚好学，在他的心目中永远没有虚荣心或个人利益。赫尔姆霍茨认为：“亨利希·赫兹以他的发现保证了自己在科学中享有永恒的声誉。”赫尔姆霍茨的纪念演说，成了他与赫兹师生情谊的总结。几个月后，他也离开了人世。
诚如赫尔姆霍茨所说，赫兹因过早地去世而不能再做更多的工作，但他在短暂的一生中已经创造了使他足以不朽的辉煌成就。今天，当我们检视高度发展的现代物质文明给我们带来的极大便利时，往往会发现赫兹的“身影”。让我们由远及近地寻找一下身边的赫兹吧。
射电天文学是本世纪科学发展的产物，人们通过巨型射电望远镜可以观测到远在数十亿光年以外的宇宙世界，从而揭开了天文学研究的新世纪。但射电天文学却是在借鉴赫兹电磁波光学实验方法的基础上发展起来的，那些巨型的射电望远镜其实是根据赫兹在卡尔斯鲁厄使用的抛物镜的原理建造的。
在我们身边的事物中，赫兹的影响更是随处可见。
无线电报、无线电广播、电视、雷达等这些现代科学技术成就，是与赫兹的实验结果和理论分不开的；就连手机、BP机，又何尝不是受益于赫兹的科学实践呢？
充分享受着现代物质文明的我们，也许没有探究是什么人为我们创造或设计了这一切；但人类文明的发展总是薪尽火传、前后相继的，作为后人，我们有必要把那些为人类进步作出重大贡献的伟人铭记心间。赫兹自然是属于这些伟人行列之中的。其实，科学界牢牢地铭记着亨利希·赫兹的贡献，并以“科学的方式”纪念着他。1896年，俄国无线电发明家波波夫在他的第一次无线电发报中拍发了“亨利希·赫兹”这一名字，把这位电波验证者的名字变成了电波。现在，“赫兹”作为频率单位存在于物理学之中，简称为“赫”。周期性过程每秒振动一次为1赫，每秒振动1000次为千赫。这一单位在你家中的收录机或音响上都有标注，你可以毫不费力地找到，其外文简写为Hz。