唐宋时期，曲种方面出现了一种新品，即红曲。它以大米为主要原料，内含丰富的红曲霉和酵母菌，具有很强的糖化和酒精发酵的效力。红曲霉的优点是耐酸、耐高温、耐缺氧、耐较浓的酒精，它的红色素溶解于酒液后，颜色鲜艳醒目，特别惹人喜爱，苏东坡曾以“夜倾闽酒赤如丹”的诗句来称赞它。但红曲霉也有不利的因素，因为必须在高温条件下才能保持旺盛的繁殖状态，而且生长速度十分缓慢，稍有不慎，便会被其他繁殖迅速的菌种所抑制和破坏。红曲制作工艺的难度可想而知。
红曲问世后，红酒也脱颖而出，成为华夏酒林中的一支独具特色的奇葩。宋时，江南及福建一带红酒的酿造十分兴旺，人称“流霞造此江南酒”，可见它博得了许多人的厚爱。红曲标志着我国制曲工艺又取得了一项重要的突破，并开创了人类利用微生物发酵的方法来制作食用色素的先河。
宋代在制曲技术上的一个重要贡献是发现了制取于酵的造曲方法。当时，从事酿酒的人已经注意到，处于旺盛的发酵状态的酒醅，微生物酶化的效力最强，认识到“酵”才是引起酒精发酵的核心物质，从生产经验中发现了酵母菌的存在。于是，人们在料液急剧反应时，从液面撇取一定量的酒醅，收集起来作为酒母，控干之后伴以曲末，经湿匀再阴干，便制成了所谓的“干酵”。干酵可以使酵母菌保存的时间更为持久。这个方法被记录在宋人朱肱的《北山酒经》
中，比之于《齐民要术》里所讲的“曲势”原则，显然更为明确，也更为科学了。
《北山酒经》中还专门介绍了一种叫做“传酷”的制曲新法：“以旧曲末逐个为衣”和“更以曲母遍身糁过为衣”，意思是说，把优质的旧曲碾碎成粉后，均匀地涂抹到制成未久的曲坯表层，将旧曲的菌种接种到新曲上面。
这样一来，明显缩短了曲块的生长周期，又有效地防止了制曲过程中菌种易受污染的可能，实为一种十分优异的接种方式。这种方法直到今天人们还在应用着。