牛顿真正研究炼金术，研究的也是真正的炼金术。他和波意耳（Robert Boyle）不同。作为化学家的波意耳试图搞清楚他那个时代炼金术士的研究和秘密；而牛顿却和许多职业炼金术士一样：他相信作为一门古老的艺术，炼金术当中隐藏着太古时代以前的大智慧，甚至包括神学的智慧；而这些大智慧以密码的形式被一代代人保存和流传了下来。
牛顿坚信只有通过物质的“死亡”还原到哲学意义的“混乱”，即到最原始的物质，这些组成宇宙的基本成分才能获得新的生命。而炼金术操作中则包含了自然生命过程中的所有步骤。谁能够解开炼金术士们为了达成其意愿而试图利用物质基本内部结构的秘密，谁能够发现积极而又神圣的精神力量之所在，谁就成为真正的先知：一位有能力将古老的散布各处的因而也是隐藏的智慧收集并破解，进而从中凭空创造出最高级智慧的先知！
这些隐匿了千年的“大智慧”激发了牛顿。他作为一名物理学家的严谨与热忱被炼金术所蕴含和展现的“渴望理解世界之本源构成”的思想彻底调动。毕竟，全部物理学知识都只为了一项任务而存在：解读构建宇宙的物质。
作为一名哲学家，牛顿渴望能获得真知。而如果破解宇宙奥秘与收获超凡智慧有机会同时达成，那么无论其充满了多少艰难险阻也值得大胆尝试。传承自古埃及的玄学炼金术正好提供了实践机会，牛顿亦毫不犹豫地投身于这项极易引人误解的伟大事业当中。然而事实证明：钻研炼金术能够取得惊人的成就。按照约翰·梅纳德·凯恩斯的话来说：就连万有引力定律似乎都是牛顿“倒腾炼金术时所发现的副产品”。而牛顿曾经公开发表的两本科学巨着，即《自然哲学的数学原理》（Philosophiae Naturalis Principia Mathematica）以及《光学》（Opticks）亦为后人们留下了“赫尔墨斯主义气息十足的玄学论断”：
太阳、行星、彗星所组成的这个最美丽的系统只可能是在一位最富智慧、最具权能的上帝计划支配之下才得以发生。若其他恒星也处于类似于太阳系系统的中心，也只可能是出于上帝之心意。而一切亦都在上帝的管理之下。（《自然哲学的数学原理》总附注）
若一切物质都是上帝所创造的，而我们竟然还要在其他地方去尝试寻找世界的起源，或是假装自然定律会让世界从一片混沌当中产生。这样做并不符合科学精神。（《光学》）
《最后的炼金术士：牛顿传》之作者迈克尔·怀特在其书中明确地指出：神秘主义是牛顿思想中的重要成分，有关炼金术等“非科学”的学术探讨对现代科学理论的诞生起到了非常之重要的促进作用；正是通过这些“非科学”的研究，牛顿才获取了超凡的哲学灵感，完成了一系列思想转变，联想到了物体之间存在着超越时空距离的内在维系，从而完成了其“构造”万有引力定律的最后一环。极具讽刺意味的是：后世科学家们借助于牛顿建立的“理性体系”最终“销毁”了赫尔墨斯主义赖以生存的土壤。“科学神话”遂成为了所谓文明。
5．精心编造的科学神话
历史的旋律总是由胜利者来谱写的。当两种文明交锋时，失败者的文明历史往往会被彻底删除。胜利者会编写一套颂扬自己而极力贬低被征服者的历史。正如拿破仑·波拿巴所言那般：“历史是什么？不过是编造的谎言罢了！所谓一家之言才是历史的本质。”
小说《达·芬奇密码》当中的超级大反派提彬不仅仅串联了精彩的悬念故事，还为世人留下了上述这一段至理名言。而从古典宗教中脱颖而出的近现代科学作为一种与传统宗教对立的“新时代文明”，亦逃不出私自篡改“文明交锋史”的客观规律。以推广近现代科学观念为己任的当代教育工作者们越来越像是编撰《圣经》的保守僧侣：为了证明肇始于日心学说的“新科学革命”比宗教更优越更精确，他们不惜故意收录充满了夸张甚至是神话的科学历史。
既然是亚里士多德扮演了主张地心说，因而在基督教立场上阻碍了哥白尼学说发展的历史角色，那么为何不干脆将伽利略思想的伟大也描绘形容成“不畏亚里士多德之淫威”而勇敢挑战旧时代基督教思想的“革命行为”？于是乎，伽利略在比萨斜塔上扔铅球的实验便堂而皇之地走进了中小学生的历史教科书，仿佛是在传递一种明确的信号：你瞧！哪怕是亚里士多德这样的思想巨匠也不能阻挡科学家前进的豪迈脚步。
不过，伽利略真在比萨斜塔上做过这次着名的扔球实验吗？
答案是否定的。这次名垂青史的实验有且仅有一个人提供了“决定性”的历史学证据；而这个唯一的人证就是伽利略晚年时招收的学生文森佐·维维安尼（Vincenzo V. Viviani）。维维安尼在其为伽利略所创作的个人传记当中绘声绘色地描述了这场“轰动一时”的实验。据其记载，约在25岁那年，担任比萨大学数学与自然哲学教授的伽利略“特意召集”了比萨大学的所有教授及在读生，请他们前来“见证观摩”一场“足以推翻亚里士多德体系”的落体实验。他从比萨斜塔上扔下了两只不同重量的铅球，而这两只铅球“在众目睽睽之下”同时着地。于是基督教所坚持的那一套亚里士多德哲学，即“物体越重则下落速度越快”的错误观念被“客观的科学实验”所彻底击败。
然而，除了维维安尼所着的传记以外，再无任何历史资料能够佐证这次实验的存在。没有任何一位历史学家，哪怕是野史作家，曾经在作品中提到过这次“引起轰动”的事件。比萨大学也没有留下过一丁点儿相关记载。而维维安尼在这部作品中“绘声绘色”的描述，更是引起了人们的怀疑：如果这场实验真的存在，那么其发生的时间应该是16世纪末，维维安尼却出生于17世纪初（1622年4月5日）——因此他不可能亲身经历这场实验！
而另一则关于伽利略的“传奇逸闻”，即他在比萨大教堂观察到穹顶吊灯来回摆动便突发奇想地提出了着名的“简谐运动定律”，则更是无稽之谈。很巧，这桩故事同样仅见于维维安尼的伽利略传记。这位极其不靠谱的作者在书中宣称：伽利略在其19岁那年通过观察教堂内摆动的吊灯而发现了科学真理。但是比萨大教堂所保留的许多相关历史文献都清清楚楚地表明该吊灯是在伽利略23岁那年才首次安装！天知道伽利略究竟是观察了什么现象才发现单摆的！总之，无论如何，都不可能是比萨大教堂的灯摆！那一盏传奇的吊灯是且仅是维维安尼的幻想。
科学史学界的大师级学者、因为研究伽利略而享誉学术界的普林斯顿高等研究院教授亚历山大·柯瓦雷（Alexandre Koyre）干脆在其作品《伽利略研究》（Etudes Galileennes）当中指出：伽利略在近现代科学实验史中的地位都值得怀疑！柯瓦雷认为：古典学者根据维维安尼的伽利略传记而得出的研究结论，已经被许多更加可靠的客观历史证据所推翻；维维安尼的作品中充斥着吹嘘甚至是神化；此人所记载的各项有关伽利略的所谓“史实”，从头到尾都像是《圣徒传》（Hagiography）。
而被人圣徒化的近代科学学者，尤其是参与了“新科学革命”的启蒙物理学家，绝不仅仅是伽利略。应该说，现代教育当中所提及的每一位对近代物理学产生了推动作用的思想者都被后世科学家们添油加醋了一番。然而，那些最重要的“发现”究竟是从哪里而来始终是科学界不愿意面对的棘手话题；若哥白尼和布鲁诺等人从古埃及宗教玄学体系当中了解到“地球绕着太阳转”的史实真相被民众知晓，他们又该怎样去营造属于自己的“科学宗教”？实用主义哲学泰斗威廉·詹姆士（William James）曾经于1898年5月4日发表在《科学》杂志上的这些文字很好地说明了究竟哪些人才会被称为“科学家”：
“科学家”这个词对我而言，暗示了某种极端自负的、宗教般的科学世界观；就仿佛他们是与传统宗教信仰，甚至是人类情感相对立的什么宗教派别。
为了建立新的派别，科学家们需要首先摧毁人们对旧式宗教的印象以及情感。而如果这种旧式宗教本身出现在科学迅速发展的轨道上，那么就该编造一段科学神话将其取代。无论宗教背后可能隐藏着怎样的真理，也不在乎为什么那些推进了科学的伟人们总愿意在古代玄学当中寻找答案，只要能合理利用诸如“苹果”这样的常识性概念彻底遮蔽掉炼金术对于牛顿发现万有引力的“核心启发”，科学家就能继续睡个好觉。情况正如威廉·詹姆士批判那群“只讲科学却不讲科学精神”的学者时所写下的这段文字：
宁可损失真理，也不留犯错之机。这就是你们这些否决信仰论者的真正心态。你们的手法简直和信仰论者一模一样！你们坚决扞卫自己所拥护的立场，与宗教臆想互相对峙，恰如信仰论者竭尽全力去保护宗教假说与你们所信奉的科学为敌。
而有关于这则“苹果落地”的故事，堪称最权威的牛顿研究者、美国科学哲学与科学史协会前主席、重新将牛顿着作《自然哲学的数学原理》由拉丁文原稿翻译成全新英文版的哈佛大学科学史学教授伯纳德·科恩（Bernard Cohen， I. B. Cohen）则直言不讳地称其为牛顿为防止他人批判自己从事炼金术而“凭空创作出的虚假历史”。而引发争议的地方在于科恩教授本人并不认同迈克尔·怀特等学者积极倡导的学术观点，即万有引力的奇妙思想源自炼金术。可是如果牛顿不是凭借炼金术等“见不得人的勾当”而获取了真知，他为什么不愿意公布？或许，就连科恩也已经成为被现代科学教育的“炼金术”锻造为不敢睁开双眼正视历史的懦夫。威廉·詹姆士对于这种以科学的角度审视科学历史的习惯性做法十分反感，他曾经严肃地指出：
科学家已然成为神学家的镜中人：都坚持通过单一方式看待我们所生活的这个宇宙。科学意味着，最为要紧的一点，某种不掺杂情感的客观研究方法。假如你以为这就意味着可以将自己的信念完全地执着于某种体系等结论，永远抱在一起，那就非常不幸。因为你正好是误解了科学的本意，并将科学降格与堕落为实质性的迷信。
而科学家总是打着反迷信的旗号，将自己所狂热信奉的理性抬得比基督耶稣还要高；有关历史伟人如何“冲破封建玄学之牢笼为全人类带来一缕阳光”的“科学圣徒传”亦并不比《圣经》中那些连篇累牍的谎言要少。科学家站在历史的高度上，按照自己“希望看到”的历史进程修改了近现代科学的履历表；而被删除的内容恰是科学得以诞生的玄学与宗教。这场“新科学革命”的特点就是科学家以科学的名义推翻了近现代自然科学的母体并将反对该母体视为科学的崇高，其中唯一没从赫尔墨斯主义获得灵感的主角吹响了总攻的号角。
6．进化论破产了？
1859年11月24日，英国人查尔斯·罗伯特·达尔文（Charles Robert Darwin）正式发表了自己的学术着作《物种起源》（The Origin of Species）。在这部作品里，达尔文通过大量地质学和古生物学的化石证据“尖锐地指出”：所谓的造物主其实是残酷的自然选择及物种在漫长的历史时期中所经历的变异。该理论直指基督教所矢志宣扬的“创世纪”神话，将维多利亚时期所开展的“自然哲学与宗教之战”推向了高潮。
事实上，这本在当时售价高达约十五先令的超级畅销书并没有讨论人类的起源，虽然大多数所谓的“专业生物学工作者”都近乎习惯性地这样认为。《物种起源》其实是达尔文的一次“试水”。这位谨慎甚至是有些怯懦的博物学家期待自己的作品能激发更多年轻的自然科学工作者，“使他们可以不带任何偏见地面对生命的真相”。
《物种起源》在商业销售上所取得的成功鼓舞了达尔文。12年之后，即在1871年，达尔文出版了一本专门讨论人类之起源的着作《人类的由来及性选择》（The Descent of Man and Selection in Relation to Sex）。而在当时，欧洲主流学术界已经基本认可了进化论思想。日内瓦研究院院长卡尔·沃格特（Karl C. Vogt）甚至还在一次着名学术演讲中公开表示：
当下欧洲，恐怕已无一人仍主张物种是独立创造的了。
而达尔文在《人类的由来及性选择》这本书的“绪论篇”（Exordium）中便开门见山地谈到他写作这本书的三大考察：一、人类是否像每一个其他物种那样是由某一既定存在的原始物种类型一步步遗传下来；二、人类发展的进化模式；三、所谓不同人类种族彼此间差异的生物学价值。他还不失严肃而又饱含谦虚地解释说：