（1）原料。选用优质大豆为原料，并要求其原料新鲜，颗粒饱满，无虫、无霉变。
（2）筛选。
筛选工序是为了去掉混在原料中的沙石、杂质，有去石、磁选、风选、水选等几道工序。
（3）浸泡。
经过精选后的原料送入泡料槽内浸泡。浸泡后的大豆皮不易脱落，子叶饱满，无凹心。浸泡时间依季节而定，一般冬季14～16小时，春秋季10～14小时，夏季气温、水温较高，浸泡6～8小时。另外，要根据原料存放时间、产地等因素而定。经浸泡后，大豆的体积是原来体积的2～2.2倍。
（4）磨豆。
浸泡好的大豆即可上磨磨制成糊状，其目的是破坏大豆组织，使大豆蛋白质随水溶出。目前，磨豆设备大多用砂轮磨，它转速高，产量大，可缩小大豆粉碎厂工序所占用的面积和磨碎时间，避免因磨片之间摩擦时间长，产生热量，而使蛋白质过度变性。磨豆的粗细度以手捻成片状为宜。制出的豆腐要求不粗、不糙，均匀洁白，质地细嫩，柔软有劲。
（5）滤浆。
利用离心机将豆浆与豆渣分离，为提高原料蛋白质的利用率，一般滤出的豆渣要反复地加水洗涤3次。要求滤出的豆渣标准如下：蛋白质为1.59％左右，脂肪为0.4％左右，粗纤维为5%左右，碳水化合物为6％左右，含水量为90%左右。豆腐渣的质量为大豆的110％左右。
（6）煮浆。
煮浆的目的是通过加热使蛋白质适度地变性，并可消除生豆浆中那些对人体有害的物质。煮浆设备很多，无论采取哪种设备都必须将豆浆加热到95℃～100℃。
（7）点浆。
点浆是豆腐加工中重要的环节。点浆所用的凝固剂以盐卤为主。盐卤的用量依品种而定。盐卤的浓度一般掌握在16°Bx～18°Bx（含水量为82%～84%）。点浆的方法如下：下卤流量要均匀一致，并注意观察凝聚状态，方即将成脑时，划动的速度要适当减慢，下半部形成凝胶状态时，可停止划动，而后用些盐卤在豆脑表面，以便更好地凝固。从点浆到全部成形，时间为5分钟左右。
（8）蹲脑。
蹲脑又称养脑，即豆浆凝固后必须有一段充足的静置时间。养脑时间与豆腐的品质和出品率有一定的关系。当点浆工序结束后，蛋白质的联结仍在进行着，所以需要一段静置时间，凝固才能完成。如果养脑时间短，蛋白质的组织结构不牢固，未凝固的蛋白质随水流失，从而影响出品率。
（9）上榨。
上榨是将凝固好的豆腐脑上箱压榨，并根据其品种、规格和水分的要求成形。上榨前应做好设备和用具的卫生工作，避免因用具不洁而造成产品污染。压榨后的豆腐按规格切成小块，便于后期加工制作。
（10）降温。
刚榨出的豆腐坯品温较高，均在40℃以上，此时若接种，则不利于菌种生长，也易污染杂菌，故接种之前先将品温降至40℃以下，方可接种。
（11）接种。
过去做腐乳是自然发酵，没有接种程序。现在是纯菌种发酵（即长毛），先将菌种扩大培养后，制成固体菌或液体菌，然后将菌种均匀地撒在或喷在豆腐坯上。
（12）发酵（长毛）。
接种后的坯子上附有毛霉菌的孢子，此时要在一个特定的环境下培养。在长毛阶段除了需要一定的温度、湿度外，还需有一定的空间。豆腐坯入室后，将其摆放在笼屉内。一般为方形屉，块与块之间相距4～5厘米，便于毛霉生长。培养的室温为28℃～30℃，时间为26～48小时，视季节而定，可长年生产。
（13）腌制。
长满毛的豆腐坯，经人工搓开，将毛抹倒后，入池腌制。腌制方法是：码一层毛坯，撒一层盐，用盐量根据品种不同而各异。当码满一池后，上面撒一层封口盐，用石块压住，防止豆腐中的水分析出后，豆腐漂起，易出现碎块，从而影响产品质量。一般用盐量为100块豆腐加400克盐，腌制时间为5～7天，腌制后的盐坯含盐为13%～17%。腌制完成后，放毛花卤，将豆腐捞起、淋干、装瓶。
（14）灌汤。
按品种不同，汤料的配制方法也不同。一般主要的配料有面黄、红曲和酒类，辅之各种香辛料。汤料配制完毕后灌入已装好盐坯的瓶内，封口，入后期发酵室。
（15）后期发酵（陈酿阶段）。
豆腐完成上述工序后，进入发酵室，直至产品成熟，后期陈酿需1～2个月的时间。在此期间，各种微生物及其酶进行着一系列复杂的生化变化，也是色、香、味、体的形成阶段。此时，室内需有一定的温度。如果温度低，微生物活动减弱，酶活力低，发酵期长；如果温度高，易出现焦化现象，也不利于后期的酵解。室内温度一般控制在25℃～38℃。春、夏、秋三个季节，室内一般为自然温度，在冬季，为了缩短生产周期，加速腐乳成熟，则以通入暖气来提高室温，室内温度一般控制在25℃左右。
（16）清理。
产品在陈酿期间，灰尘和部分霉菌依附在瓶体表面，这既影响卫生，又易污染产品，故需用清水清理瓶体表面的污物。而后，再经紫外线灭菌，以达到食品卫生标准。
（17）成品。
经过清洗、灭菌后，瓶体进入下道工序贴标、装箱、入库。