根据国务院关于高教管理体制改革和布局结构调整的决定，在教育部直接主持下，2000年5月26日，同济医科大学、武汉城市建设学院与华中理工大学合并，科技部管理学院（武汉科技职工大学）并入华中理工大学，共同组建华中科技大学。华中大是教育部直属重点大学。
四校合并，顺应了世界教育和科技发展的总趋势，为创办世界知名高水平大学乃至世界一流大学提供了一次历史性机遇。从此，学校将进入一个崭新的历史发展时期，以新的姿态迎接新的挑战，创造新的辉煌。
新组建的华中科技大学学科更加齐全，结构更加合理，综合办学实力更强，办学效益更高。学校有哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学等九大门类；有本科专业62个，硕士学科点124个，博士学科点67个，博士后科研流动站13个；有一批高水平的研究中心，其中国家工程研究中心3个，国家重点实验室和国家专业实验室5个，为多科性大学向综合性大学转变奠定了坚实的基础。
华中大师资力量雄厚，有教职工万余人，其中教师4000余人，有两院院士11人，博士生导师330人，教授700余人、副教授1300余人。有在校学生33000人，其中研究生7000余人。
华中大以工科、医科为代表的科学技术学科更加强大，形成了适应21世纪主流的“加强科技创新，发展高科技，实现产业化”的鲜明学科特色。学校将以生命学科和信息学科为龙头，全面推动文科、理科、管理学科和其他学科的发展。
21世纪是生命科学的世纪。华中大生命学科的发展呈现出多学科融合交叉的趋势，与信息学科、激光学科、先进制造技术学科、光电子学科的结合，显示出旺盛的生命力；医学学科与光电子学科两强携手，极有希望进入世界科技舞台参与生物医学光子学国际竞争；先进的生物技术将会有力地促进基础医学、临床医学的发展，医学基础研究成果也会为生物技术的研究拓展新的空间；激光技术将更广泛地应用于临床医疗，一流的激光技术与雄厚的医疗实力结合，将使激光医疗产业产生质的飞跃。
在环境学科方面，合校后各学科之间的互补性十分明显，对有毒物质的监测、毒物对人体内环境的影响等方面的研究将更加深入，外部环境工业污染的物理、化学处理方法的研究将更具特色，对城市生活污染的处理技术开发将会加强。从宏观到微观，从外环境到内环境，从工业污染到生活污染的处理，学科交叉融合，华中大的环境学科研究将进入一个新阶段。
在土木、建筑学科方面，原来华中理工大学、武汉城市建设学院在城市规划、建筑隔震、数字城市等方面的研究已先声夺人，今后的发展更具有广阔的空间。
总之，华中大的建立，将实现从多科性大学向综合性大学的转变。不同学科的氛围将使学生的知识和能力结构进一步完善，有利于培养适应知识经济时代需求的高素质创新人才；同时，科技创新和技术开发能力将大大增强，成为一所实力更强、水平更高的一流大学。
几十年来，原华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院、科技部管理学院在各自的办学历程中，为社会主义建设事业作出了巨大贡献，培养了十余万高层次科技人才，如中国科学院、中国工程院院士裘法祖、杨叔子、熊有伦、吴孟超、吴中如、侯云德、周济、崔崑、陆道培、张勇传、潘垣、郭孔辉、岑可法、樊明武等，已成为国内外知名学者。近10年来，共完成科研课题3000多项，其中，90多项获国家科技奖，700多项获省部级科技奖。
原武汉城市建设学院已建立起面向21世纪城市建设需要和适应现代科技发展趋势的学科体系，在城建方面学科齐全，城市规划和路桥等专业具有雄厚的实力，城市污水处理项目每年可为武汉市节约电费2.15亿元。
原同济医科大学在国内是名列前茅的医科大学。其环境卫生学科是国家级重点学科，普外、器官移植实验临床研究中心的大部分研究项目达到了国际先进水平，其中脾移植达到国际领先水平，大陆首例腹腔镜配子输卵管移植婴儿诞生在该校附属同济医院。
原华中理工大学在国内高校中规模大，发展快。学校拥有激光技术、数控技术、模具技术、智能制造、优化设计与CAD等一批国内领先的学科，已成为我国重要的教育与科研基地之一。1997年在《中国大学研究与发展成果评价》中名列第八；1998年在有关研究机构公布的《中国大学评价排行榜》上名列第七。许多国内外朋友称赞她是“新中国高等教育事业发展的缩影”。EIM－601大型程控交换机受到社会各界广泛赞誉，被称为振奋民族精神的大程控。引力实验室关于万有引力G的测量达到目前国际先进水平，关于日食对地球引力场影响的研究，解开了多年来困扰物理学家的“引力异常之谜”。1999年荣获国际制造工程师协会“大学领先奖”，标志着我国在先进制造技术方面达到国际领先水平。在国内发表科技论文数，1993年—1995年连续三年居全国第一，1996年—1998年居全国第二。1999年获教育部科技进步一等奖数居全国第一。1996年在原国家教委本科教学工作评价中被评为优秀。
原科技部管理学院集教学、科研、开发为一体，在管理学科与计算机学科方面已形成特色。
四校的办学成就，为华中大的快速发展、规模发展、高水平发展奠定了坚实的基础。
华中科技大学面向21世纪，在2020年左右，将建设成为一所世界知名大学；然后，再经过若干年的努力，到2050年左右，在中华民族实现伟大复兴时，将建设成为具有世界先进水平的一流大学。