文昌鱼是世界上稀有的脊索动物，全身有一条脊索贯通全体，没有头骨，也没有脊椎骨、鳞片，体形似小鱼，侧扁，两端尖。前端有眼点，下面为前庭和口，前庭外缘有须多条。
文昌鱼身躯细长，长约4～5厘米，身躯柔软，呈半透明。
文昌鱼虽然名为鱼，却比鱼类更低一等。它有点像鱼，却跟鱼有很多不同。没有胸鳍和腹鳍，只有背鳍、尾鳍和臂鳍，腹面有一对皮褶。
文昌鱼栖居海底，常常钻在泥沙里，只露出头端。它以浮游生物为食，在活动时经常扭转身躯，摆动尾巴，在水中如射箭般地游泳。
文昌鱼在6～7月间产卵，卵在海水中受精，经过孵化变成小鱼。它们特别怕光，白天躲进沙子里，到晚上才浮游到海面活动。长大后的文昌鱼，就生活在水深10多米的沙子里。
文昌鱼喜欢在较松的沙砾地方生活，而沙中最好混有少量的贝壳碎片和棘皮动物的碎骨片，便于它们钻动和呼吸。而且还要求海水有一定的咸度，水温冷暖适当，水流不太急，风浪不太大。由于文昌鱼对生活环境要求高，因此分布范围不广。主要分布在我国厦门、青岛和烟台沿海，此外世界上只有爪哇等沿海地区有零星分布。
文昌鱼是名贵的海味，我国福建、广东人，海外侨胞和东南亚各国人民，把它作为佐餐佳品。厦门鼓浪屿制作的文昌鱼标本，畅销欧、美各国。
20世纪60年代以来，由于厦门地区修筑海堤、围海造田等原因，使江河淡水注入海区的径流量受到影响，使港道变浅，海流变慢，使海底泥沙逐渐变成烂泥底，文昌鱼原来的生活环境发生了变化，鱼资源出现了减少的现象。因此，保护文昌鱼的生活环境，选择适宜的海区进行文昌鱼的移殖，开发新渔场，是很必要的。
“物以稀为贵”，这是文昌鱼珍贵的又一个原因。但是，更重要的是，文昌鱼是从无脊椎动物进化到脊椎动物的一个中间阶段，它成了动物进化研究中的活化石。