明朝中叶以后，日本海盗经常出没于中国东南沿海，侵犯中国领土，抢劫商旅，杀害百姓，无恶不作，人称“倭寇”。嘉靖年间，倭寇气焰十分嚣张，戚继光奉命抗倭。他招募农民和矿工组成新军，严明纪律，并配以精良的战船和兵械，精心训练。针对南方多湖泽的地形和倭寇作战的特点，他创造出了“鸳鸯阵法”，即以十二人为一队，长短兵器配合，灵活作战。
公元1561年，戚继光在浙江台州九战九捷，大败倭寇。第二年，福建告急，戚继光率军入闽，在兴化、横屿等地给进犯的倭寇以歼灭性的打击。公元1565年，他又和另一位抗倭名将俞大猷合力清除了广东的倭寇和山贼。为害多年的东南倭寇之患最终平息。