可为什么有“遇难”说，而且遇难说在民间广泛流传呢？这可能是李自成与其部下搞的障眼法，是一个缓兵之计。扬言李自成已死，一方面可以打消南明王朝对起义大军的戒心，下一步可能会联合抗清；另一方面，清王朝也会以为心腹之患已除，就会放松警惕。时机一旦成熟，起义军还会可东山再起。
隐居说
还有“隐居说”说李自成隐居在夹山寺。
清朝初年，张琼伯即将上任云南同知时，在他赴任的途中，游访了石门夹山寺，与寺中方丈谈古论今，颇为投缘，视为知己。他几年后又重访夹山寺，可寺中方丈已死。悼念时，方丈的徒弟告诉他，那方丈就是威震天下的闯王李自成。在九宫山是他的部将孙某替他死的。
澧州知州何某乾隆初年亲赴夹山寺调查李自成的下落，他在寺中亲眼目睹了一幅李自成的画像，叫“奉天玉和尚”。
清末以来，在石门等地发现的断碑、诗词、出土文物上，一些寻访李自成遗迹者也找到了与李自己成有关的痕迹，比如：“况值戎马星落雨旧天”“金鞍玉镫马如龙”“徐听三公话政猷，子门徒已数千指中兴”……这些都不是和尚的口气与心境，反而很像戎马出身的帝王的心声。
在石门夹山寺里，1981年奉天玉大和尚墓被发现。一副在瓷坛中盛着的遗骨与李自成身材相近。墓中陪葬物与闯王家乡——陕西米脂县的习俗也很相同。郭沫若先生是著名学者、历史学家，他也不否认李自成禅隐居夹山寺的说法。但对这一说法人们的意见也是不同的。发现奉天玉大和尚墓等的，有人说只能说明石门夹山寺确实有过奉天玉大和尚这个人，怎么能证明奉天玉大和尚就是李白成呢？还有人说，左眼曾受箭伤失明李自成画像不可能像寺中的画像那样双目炯炯有神，可以说奉天玉不是李自成。
也有人考证，石门夹山寺是由一座破旧的古庙装修成的，是一座具有相当规模、香火不绝的寺院。之所以这样是因为奉天玉将沿门托钵化缘积累的资金全部用来建此寺，而且当地士绅也对寺的建设给予支持。大势已去的李自成，在官府穷追不舍之时，怎能明目张胆，不顾一切到处抛头露面为寺化缘呢？李自成隐居于夹山寺一说，因此不成定论。
李自成死于黔阳罗公山，死于辰州九宫山，死于广西峡山，死于平阳……还有无数种说法，究竟何者为真，实在难以得出结论。
延伸阅读——李自成为何要杀谋士李岩
明末爆发了李自成农民起义。在李自成的起义队伍中，有一位著名的谋士李岩，他提出“迎闯王，不纳粮”的口号，为起义部队赢得了民心。
李岩的结局却不好，《绥寇纪略》中记载：有人说定州失败后河南全境都向明朝军队投降了。在李自成大惊失色之时，李岩主动请缨亲率2万精兵赶到中州，那样附近的郡县就不敢轻举妄动了，偶尔有敢暴乱的，李岩也能及早收拾它。谋士牛金星要闯王答应李岩的请求，可是闯王当时没有作出答复。闯王恐怕李岩另有所图，牛金星也向闯王进言，应该寻机除掉李岩，他得到闯王首肯。次日，以李自成的名义，牛金星召李岩到军营中饮酒，并在营中隐蔽处安排伏兵，这样李岩和弟弟李年同时被杀。
虽然记载的有头有尾，但未交待李自成杀害李岩的原因。我们不明白“恐怕李岩另有所图”究竟是什么意思。从李岩的身世或许可以看出一点端倪来。正史记载：“李岩原名李信，河南杞县人，明朝兵部尚书李精白之子，参加科举考试得中举人。因为力劝当地官府停征苛捐杂税，并拿出家中存粮赈济灾民，得罪了地方政府和豪绅，被捕入狱。李自成部队攻破杞县时，被救出狱，因而投降李自成，后因功绩被封为将军。”
从记载看，出身于显赫家族的李岩与农民起义军本来就是不同的阶级。他开始时可能因有才能而得到李自成赏识，但是农民出身的李自成，终究有其阶级保守性。后来李岩越是显露才华，李自成越是不高兴，甚至怀疑李岩有一天会取代自己。因而对他动了杀机。
当然，这样仅仅是猜测之辞，要解释李自成杀害李岩的原因还是证据不足的。
崇祯太子存身何处之谜
1644年3月18日，农民军兵在李自成的带领下，兵临城下。崇祯皇帝召见仨儿子，让他们换上百姓服装，在太监们的护送下逃出去，期望日后光复大明。李自成次日进城，崇祯帝在煤山自缢。太子朱慈炯从此下落不明。
假太子事件
清顺治、康熙年间自称为崇祯太子的人不断出现。号召人民起兵抗清的事在各地也很多，多是百姓因为不满清朝的统治，借太子的名义抗清。有个别一直闹到北京的。例如顺治元年，一自称太子的男子找到周奎，周奎上报给朝廷后，朝廷派了多个人来审理，可是真假难辨，最后将之处死。康熙十二年发生三藩之乱的时侯，北京自称是崇祯三子或自称崇祯太子的人趁势响应吴三桂，他们在两广招兵应和，之后两人被捕，送至北京，对质公堂时竟然互不认识，都被处死。
曾经还有过南明弘光假太子的事件。一从北方逃到浙江的男子，自称太子。南明朝廷派内监将他带回南京，召集了大臣马士英等，福王朱由崧对他进行盘问时，他竟然能对答如流，甚至连一些在场的大臣名字也能叫得出来出。原宫中内监是由北京南逃来的，也认为他就是太子朱慈炯。但是，另一些作为太子应该认识的大臣他却不认识。最后，在酷刑之下，他才招了，他是一位驸马的侄孙，名叫王元明，是来假冒太子的。因为对宫中的事略知一二，想投机一下，碰碰运气。当时，南明朝廷的派系斗争本来就十分的激烈，一些大臣对这样的结果极为不满，左良玉当时是是镇守长江中游的将领，他领兵沿江东下，造成了极大的内乱。这样就加速了南明王朝的灭亡。后来，因为对南明福王政权不满，百姓坚信此人就是真正的崇祯太子，在清兵南下、未到达南京而福王又逃离的空隙里，把他拥立为王监国。攻破南京后，清豫王多铎把掳他到北京，想必为清廷所害，反正从此不知所终。
朱慈炯的最终结局如何
崇祯太子的下落引起很多人的关注，假太子们的出现破坏了的了刚刚建立起来的秩序，也留给中国历史的一桩奇案——真太子朱慈炯到底哪里去了？流传的说法有几种。
有人说，太子在李自成掌握之中。
李自成进城之后，太子被太监栗宗周献给了李自成。李自成让军营中交刘宗敏看管他。后来还将太子封为宋王。可有说法称，吴三桂与清兵联合作战败了李自成，双方谈判时，吴三桂要求“归还太子”，因此，李自成将太子交给了吴三桂。还有人说，李自成山海关大败后，晚上放火烧了宫殿和九城门楼，第二天一早，挟崇祯的3个儿子往西撤退，此后无人再知道太子的消息了。
有人说，太子削发为僧。
说是李士淳带着太子，逃到广东东嘉应州阴那山的灵光寺，在那里太子削发为僧，并且度过了余生。
李士淳，明朝翰林院编修，曾做过太子的讲官。明亡之后，他被迫与太子同在一处，接受李自成封的官职。刘宗敏在战斗中负伤，农民军节节败退，李士淳带着太子逃跑。后来，他的后人李大中公开在《二何先生事略》中承认了其祖先曾救了崇祯太子。太子的一篇诗作被在李士淳所编的《阴那山志》一书中：
谁人伸臂划虚空，裂碎迷云千万重。
掌握明珠山吐月，周天星斗五轮中。
天画棋盘星作子，指弹日月照将军。
不知何处神仙着，花落棋山还耳闻。
诗中隐含的帝王之气，不像是普通僧人所作。
还有人说，他是被清廷处死的。
太子先被一民间老太收留，在民家藏匿了3个月，之后因为家贫无力收养，太子被送到亲属周奎家。周奎不敢收留他，听到清廷的搜捕命令，就将太子上交给了刑部，担心崇祯太子会成为明末遗民的中心，不利于大清社稷的稳定，清统治者下令将明太子处死了。
除此之外，许多种奇怪说法层出不穷不一而足，。例如说从吴三桂军中逃出后，太子先在皇姑寺暂住，后有和太监高起一起，从天津乘海船南下；还有人说太子逃亡时，死在乱军之中。
点击谜团——名妓陈圆圆究竟魂归何处
苏州名妓陈圆圆身世复杂，在明末清初与几位风云人物崇祯皇帝、李自成、吴三桂等有关系，，因为遭遇很奇特而引人注目。虽晚年自沉昆明莲花池，但在昆明没有她的墓。她究竟魂归何处，还无人知晓。
陈圆圆，本名陈沅，苏州人，原姓邢。幼年失母，被送给姨母抚养。后随姨父学唱，8岁即能登台扮演杨贵妃、虞姬、崔莺莺等。她的扮相极佳，嗓音又圆美，还会填词，十几岁就开始红遍江南，“色艺擅一时”，芳名远播。
当时，吴三桂时任宁远总兵，手握10万精兵，是明末军事将领中属于第一号实力派人物。崇祯皇帝对他心存忌惮。一次回京时，田国丈请吴三桂到府里一聚，便叫宋陈圆圆为吴三桂殷勤劝酒。一见之下，吴三桂就惊叹于她的美貌和才艺，于是向田弘遇索要陈圆圆。田弘遇无奈，不得不将陈圆圆送给吴三桂。喜得陈圆圆，吴三桂本想带她一起去山海关，但父亲吴襄极力反对，他只好将圆圆留在父亲府中。
不久李自成农民起义军所向披靡、势如破竹，一路迅速攻占了北京。崇祯帝吊死在煤山，明朝灭亡了。
农民起义军进京后，早闻陈圆圆芳名的大将刘宗敏便到吴襄府上掠走了陈圆圆。李自成本已派牛金星带着自己的书信招降吴三桂。吴三桂见明朝已亡，又见李自成在北京建立了大顺政权，也已经暗生归闯之意。可正当他举棋不定的之时，得知父亲被打、圆圆遭抢的消息，当下“痛哭三军俱缟素，冲冠一怒为红颜”，虽然表面上是为崇祯举丧，实际上是是决心与李自成为敌，为解伤父夺妻之恨。吴三桂为了打败李自成，投降了清兵。于是清军在他的带领之下，迅速占领了山海关，后大举侵入中原，最终建立了清王朝。
吴三桂一家38口被农民起义军屠戮，他们把他父亲吴襄头颅砍下。陈圆圆奇迹般地存活下来，终于回到吴三桂身边。接受清世祖封赏，吴三桂受命带兵杀向云南，后镇守云南，成为了一方藩王。在云南吴三桂，效吴王与西施故事为陈圆圆选金殿；还派人寻找陈圆圆的亲人，给他们殊遇和厚禄。得宠多年的，极富极贵。可是吴三桂野心膨胀，淫心难足。除了陈圆圆，他还有“四面观音”、“八面观音”等美女。陈圆圆年老色衰后，也逐渐看破了红尘，吃斋念佛，与世无争。连吴三桂封她为正妃，她也婉言拒绝了。
康熙十二年，皇帝下令撤云南藩镇，把吴三桂调去镇守关东。吴三桂树起“反清复明”大旗，坚决抗旨不遵，与清军对峙。看出吴三桂不得人心，陈圆圆多次劝阻他，但吴三桂不为她所动。失望之余，陈圆圆随玉林禅师做了尼姑，法名是寂静。
吴三桂虽然势单力孤还是负隅顽抗，终于在清军强大武力攻势下，忧急而死。在昆明被清军攻陷后，陈圆圆搬进了昆明城外的三圣庵。几年之后，清将蔡毓带兵到三圣庵抄查古玩，见到陈圆圆，就引动色欲。一生遭际多多的陈圆圆，不愿再受辱，就投莲花池自尽了。
陈圆圆一生经历如此的奇特，结局又引起不少人的关注，传说也很多。有说她死在苏州的，也有说她死在上海的，还有说她葬在陕西的，或是四川的。但缺乏可靠史料记载，都是臆测。较为可信的是她死在昆明，但又有一奇怪说法，说陈圆圆也参与吴三桂的反叛阴谋，失败之后就与吴三桂一同被杀了。
陈圆圆究竟魂归是苏州、上海还是昆明？可这些地方都没有发现她的墓地，史料中也没有记载，所以对于她的结局，依旧还是个谜。
石达开为何要出走
石达开（1831～1863），是太平天国重要的重要领导人。1851年1月，金田起义爆发，任左军主将，12月在永安被封为翼王、五千岁。1854年，他督师西征。1855年，他与秦日纲、罗大纲等合力击败曾国藩湘军，夺回武昌。1856年6月，他又与秦日纲一起攻破了江南大营。
可以说，石达开既是首义之王，在太平天国运动前期，又立下赫赫战功。这么一员战功赫赫的将领，1857年，却从天京带20万兵出走，太平天国运动因此严重损失。6年后他被清军杀害。那么，他之所以出走，到底是谁的责任，这个问题历来史家们争论不休。
天京事变
1856年夏，太平天国运动发展得如火如荼，而天京事变发生了。它是太平天国领导集团内部权力之争的结果。韦昌辉奉洪秀全密诏，利用洪、杨矛盾，杀死杨秀清，还趁机斩杀杨秀清家属及部众2万人，这给太平天国造成了惨重损失。
那么，石达开是否参与了这次诛杨密议？这是史家争论的问题之一。有人说，他参予与韦昌辉的密议，这种说法的主要依据是《李秀成自述》：“东、北、翼三人不和，北翼二人同心，一怒于东，后被北王将东王杀害。原是北（王）与翼王二人密议，独杀东王一人，因东王天王实信，权托太重过度，要逼天王封其万岁。”
但是在《石达开自述》中所写的却与上述截然不同：“杨秀清平日性情高傲，韦昌辉屡受其辱。七年，达开领众在湖北闻有内乱之信。韦昌辉请洪秀全诛杨秀清，洪秀全不许，转加杨秀清伪号，韦昌辉不服，便将杨秀清杀死。达开返回金陵，要与他们排解，洪秀全心疑要杀韦昌辉；达开见机不好走到安徽，妻室儿女留在金陵，均被韦昌辉所杀，达开复由安徽回金陵，洪秀全将韦昌辉杀了，有谋害达开之意，旋即逃出金陵。”