1286年元世祖借重道教，重建五龙观，升观为宫，并命法师叶希真、刘道明、华洞真充任武当山提点，屡降御香至武当山祝愿祈福。
另外在元代还建有福地门、天乙真庆宫、玉虚岩庙、雷神洞岩庙和尹仙岩庙等100余栋建筑。武当山的道教在社会上的影响越来越大，成为了与天师道本山龙虎山齐名的道教圣地。
元代时，武当山因帝王的崇拜及诸道士的经营使香火更加兴盛，玄武与武当山的关系传说也有新的发展。刘道明法师撰写的《武当福地总真集》中对武当山名称的由来提出了新的看法。
刘道明法师认为武当山是由于真武大帝在此修道成功，飞升之后，此山非真武大帝不足以当之，而改名为武当，其书中充满了真武大帝在武当山修道降魔的遗迹。以五龙观为例，就可以看出元代当时将武当山的道教宫观附会真武大帝修炼的情形。
根据《五龙观记碑》的记载，五龙观兴建的原因是由于武当山所在地的均州知州姚简到武当山祈雨有验，后来这件事上奏给了唐太宗，唐太宗就降旨在武当山建造了五龙观以表其圣迹。
但道士王象之等人附会五龙观为真武隐居的地方。说真武得道飞升的时候，有5条龙掖驾上升，所以在他旧隐的地方建五龙观以祭祀之。
并且成书稍后于《武当福地总真集》的《玄天上帝启圣录》中，在玄武于修道武当山的故事中添饰了玄武历经考验的情节，使玄武的传记更符合道教神仙传记的惯用结构，即修道者从开始修道，历经考验，最后升登仙界，并且新增加的情节都注明有遗迹。
道教徒之所以选择武当山为真武修道的圣地，乃由于武当山在唐末五代以来，已成为道教的仙境福地之一，再加上武当山的名字与玄武都有武字，便附会玄武曾修炼于武当山。
元代武当山的风物大量附会为了真武的遗迹，一方面表现了地方风物的情趣；一方面也表明了真武信仰的流传，正是因此武当山成为了祭奉真武大帝的圣地。
在这一时期，武当山有名的南岩宫道教建筑群也被修建了起来，后来在明代进行了扩建，使南岩宫的占地达到了90000多平方米。
南岩宫坐落在武当山的南岩绝壁之上，上接碧霄，下临绝壑，周围峰岭奇峭，林木苍翠，是武当山三十六岩中景色最美之处。后来，明成祖赐额大圣南岩宫。
南岩宫建筑群在总体布局上匠心独运，巧借地势，依山傍岩。在建筑手法上打破了传统的完全对称的布局和模式，使座座宫室镶嵌于悬崖峭壁，宛若天成，使其与环境风貌达到了高度的和谐统一，营造出了道教追求的天人合一的至高意境。
南岩宫存留下来的有天乙真庆宫石殿、两仪殿、皇经堂、八封亭、龙虎殿、大碑亭和南天门等建筑物。玄帝殿是后来修复的，修复后的玄帝殿重檐歇山，丹墙碧瓦，崇台高举，巍峨壮观，宛如天宫。
在天乙真庆宫殿内供奉的是三清、四御及真武大帝等数十尊铜铸饰金神像，庄严肃穆，气韵生动。四壁和梁上嵌有500尊铁铸饰金灵宫造像，均高尺许，神态各异，传说是真武的父亲净乐国王派到武当山寻找真武的500名卫士习道而成。
在殿里左侧的神龛内有太子卧龙床的雕刻。在其中盘龙张牙舞爪，太子头枕龙头，和衣而卧，形象生动，神态自若。
置身于此，抬头仰望，危崖摩天，高不见顶，俯视脚下，绝涧千丈，深不可测，遥望金顶，云缠雾绕，时隐时现，宛若仙境之中的琼楼玉宇。天乙真庆宫是武当山存留下来的较完整的宫观之一。
天乙真庆宫是我国古建筑中的一绝世之作。它是仿木结构，大的如梁、柱、枋、门窗等，小的如斗拱、吻饰等，全部是用青石雕琢成构件，然后由榫卯拼装而成。
整个石殿设计精确，刻工精细，又建于悬崖之上，其工程之大，难度之高，超乎人们的想象，是我国的大型石雕艺术珍品。
在石殿外绝崖旁有一座雕龙石梁，从悬崖峭壁上横空出世，面对金顶，下临深涧，顶端置一香炉，这便是被称为天下第一香的龙头香。
在石殿的台阶下面是青石墁地院落，在院中有一口古井，名为甘露井，井台是用青石雕制而成，周围六角饰有围栏，水质清冽甘甜，犹如甘露。
南岩宫在从皇经堂到两仪殿之间有一个长廊，长廊上遍布摩崖石刻，其中有后来明嘉靖初年内阁首辅大臣夏言和其弟子王顒所题的寿福康宁4个大字。字体苍劲有力，气势非凡。
南岩西侧一峰突兀，名梳妆岩，上建梳妆台，相传为真武大帝修道成功飞升之处。
南岩宫周围还有滴水岩、仙侣岩、黑虎岩、洪钧洞和雷神洞等景观，移步换景，变幻无穷，吸引着许多的中外游客。
【旁注】
武当福地总真集为元代道士刘道明编集。记录了元代初期，武当山的自然风光、道教文物和神话传说，以及仙真和有名道士的事迹等，可供研究武当山道教史之用。
神仙传记记述神仙故事的着作。在秦汉时期，方士迭出，宣扬神仙之说。于是神仙传说，经常见于史传之中。随道教之兴起，记述神仙故事的专着《列仙传》随之问世。
碧霄是道教文化中九天之一。道教中天有九霄，乃是：神霄，青霄，碧霄，丹霄，景霄，玉霄，琅霄，紫霄，大霄。也指青天、天空。
四御四御为道教天界尊神中辅佐三清的4位尊神，所以又称四辅。在比较着名的道教宫观中，主要大殿除了三清殿、玉皇阁外，还建有专门供奉四御的四御殿。
【图注】
元世祖（1215年～1294年），即孛儿只斤·忽必烈，元朝的创建者。是监国托雷第四子。同其祖父成吉思汗一样，忽必烈是蒙古民族光辉历史的缔造者，是蒙古族卓越的政治家、军事家，在位期间，十分重视道教。
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龙头香是古代工匠采用圆雕、镂雕、影雕等多种手法凿刻的合并为一体的两条龙。它造型浑然，两条龙仰视吞噬着一团火球，跃跃欲飞，让人叹为观止。
在万仞峭壁上悬空伸展的两条龙传说是玄武大帝的御骑，玄武大帝经常骑着它们到处巡视。
龙头香又名龙首石，建于1314年的元代。在过去，有些香客为了表示自己的虔诚，冒着生命危险去烧龙头香，坠岩殉命者不计其数。1673年，康熙下令禁烧龙头香，并设栏门加锁，才止住了烧香坠崖的情况发生。
皇权和神权融合的太和宫
至明代，藩王朱棣发动了靖难之役，夺取了他侄子朱允炆的皇位。朱棣为了使这种违背封建伦理纲常的行为名正言顺，天下归心，他的理论依据之一便是君权神授，说他是得到了武当真武大帝的阴佑才当上了皇帝。
于是，朱棣登基之后便大兴土木，北修故宫，南修武当。为了酬谢神灵和巩固统治，明成祖朱棣还把真武大帝钦定为皇室的主要保护神。这些举动为武当山的道教进入鼎盛时期拉开了序幕。
明朝的各位皇帝一直把武当山作为专为朝廷祈福禳灾的朝廷家庙，并把武当山的真武神作为护国家神来崇祀，都大力扶持武当道教，加封武当，扩建宫观，促使它成了天下第一仙山和全国的道教活动中心。
在这个时期，武当山修建了大量的道教宫观，其中太和宫的大部分建筑就是在明代修建起来的，整个建筑体系是按照政权和神权相结合的政治意图建造而成。
每一处道教宫观都建在峰、峦、坡和崖涧的特定位置上，借自然风景的雄伟高大或奇峭幽壑，构成了仙山琼阁的意境，既体现了皇权的威武和庄严，又体现了神权的玄妙和神奇。
太和宫位于武当山主峰天柱峰的南侧，包括古建筑20余栋，建筑面积达1600多平方米，前始建于416年的东晋年间，主要由紫禁城、古铜殿和金殿等建筑组成。
紫禁城是一组建筑在悬崖峭壁上城墙，环绕于主峰天柱峰的峰顶。古铜殿位于主峰前的小莲峰上，殿体全部由铜铸构件拼装而成，是我国最早的铜铸木结构建筑。金殿位于天柱峰顶端，是我国存留下来的最大的铜铸鎏金大殿。
太和宫的正殿供奉着真武大帝坐像，神龛上有金童和玉女侍立两侧，神龛下列侍邓伯文、杨戬、赵公明、温天君、马天君和水火二将军等天神尊像。
在正殿的殿门上有大岳太和宫横额，殿门左右有两通铜碑，一碑为遣工部左侍郎陆述等祭祀碑。一碑为进士鄢懋卿书写的《敕建大岳太和山天柱峰第一境北天门外苍龙岭新建三界混真雷坛神像记》。
太和宫前有朝拜殿，周围罗列着石碑，上面刻有康熙皇帝敕《祝寿祈福文》、乾隆皇帝敕《豁免香税文》和道光皇帝敕《四楼轮换主持金顶文》等。
朝拜殿两侧为钟鼓楼，钟楼上悬挂着一座巨型铜钟，音质清澈，万山回应。
朝拜殿前有一座状像莲花的平台，被称为小莲峰。台上有一座小铜殿，殿高2.9米，宽2.7米，进深2.6米，是在之前元代的时候，由信徒们捐资铸造的。
这个小铜殿是我国存留下来的最早的一座铜殿，具有很高的文物价值。这座铜殿原安置在天柱峰上，明代的时候移置于此，故又称辗转殿、转运殿或转身殿。民间传说，环绕铜殿一圈，就可以转运得福，所以有不少香客都会绕着它转几圈，以求转运。
从朝拜殿右折下，便是皇经堂。堂内分为3间，在中间悬挂着白玉京中匾额，左边悬挂着道济群生匾额，右边悬挂着浮佑下民匾额，在廊壁有松鹤图。
皇经堂的门楣和门窗的浮雕描绘的都是道教神话，并且工艺精湛。在殿内供奉的神像有三清、玉皇、真武、观音、吕洞宾和灵官等，塑造精美，形象生动。
皇经堂附近还有天云楼、天鹤楼、天乙楼和天池楼等遗址。吊钟台上有座巨大的铜钟，双龙钮吊莲花式。
皇经堂由每块重达几千千克的石块建筑在千仞危崖之上，墙上窄下宽，里看墙体向外倒，外望墙体向里斜，远眺如美丽的光围环绕金殿。城墙设4座天门，东西北3座门面临的是绝壁，只有南天门可以到达金殿。
从皇经堂折上南天门就到了紫禁城，紫禁城又称皇城，环绕天柱峰巅。
进入南天门，是灵宫殿长廊。长廊内有小巧玲珑的锡铸灵宫殿，内供灵官神像。在灵宫殿右侧是御制石碑6通，都是武当山的珍贵文物。
出长廊攀上九连磴，即9转而登165级石梯，就到了驰名中外的武当山金顶，即金殿。
金殿建于1416年，金殿分为3间，通体为铜铸鎏金，重檐迭脊，翼角飞空。金殿的殿脊上饰有仙人、龙、凤、鱼、马和狮等塑像。额枋上雕铸着流云和旋子的图案，线条流畅柔和。
金殿殿基是花岗岩石作成，在四周装饰着华丽的白石花栏杆，金殿内供奉着真武神像。真武神像身着袍衬铠，披发跣足，风姿魁伟，庄严肃穆，两侧侍立着金童和玉女，娴雅俊逸。
金殿内还有水火二将、龟蛇二将以及供器和供果等，均是铜铸鎏金。殿内金匾上题有金光妙像4个大字，是后来清朝的康熙皇帝所赐。
在殿中的藻井上，悬挂着一颗流金宝珠，人们称它为避风仙珠。
传说，这颗定风仙珠镇住了山风，使风怎么也吹不进殿内，所以殿内的神灯才会长明不熄。那颗定风仙珠有足球那么大，金光闪闪，用金链子悬挂在金殿的藻井下方。关于这个定风仙珠还有这么一个故事。
传说，明朝的永乐皇帝动用全国军民和工匠共30万人，花了12年的工夫，在武当山建造了33处宏伟的宫观庙宇，使这里变得就像天上的神宫金阙、人间的仙境宝地一样。可皇帝还是不满意，又召集了天下的能工巧匠，命他们造一座天上难找、地下难寻的宫殿。
领工师傅心灵手巧和大家商量了一下，大伙齐心合力，用最巧妙的设计、最精湛的工艺，很快就铸造好了一座金殿，引领皇帝来看。
皇上沿着天梯一样的神道登上天柱峰顶。往上看，天空碧蓝，日月就在前后。往下看，云海茫茫，露出72个山头，个个美如翡翠宝玉，拥戴着天柱峰。他绕着玉石栏杆细看那新修的宫殿，只见这座宫殿通体镀着赤金，上面所刻的阳纹柔和，珍禽异兽生动。皇帝十分的满意。
皇帝走进大殿，见真武大帝像前神案上，是一盏黄金制成的神灯，有半个人那么高，灯油满满的，灯芯是全新的，只等他来点燃了。
皇帝点燃长明神灯，对着神像默默祈求，希望真武大帝能保佑他的江山像这金殿一样牢固，像神灯一样长明。哪知山风太大吹进了殿内，长明灯一下子熄灭了。皇帝非常生气，认为这是不祥的兆头，就怪罪领工师傅，限他们在三天之内点燃长明神灯，否则就要全部处斩。
大家都想不出点燃长明灯的办法，领工师傅心急如焚。他用了三天三夜，走遍了天柱峰顶，到处都是大风呼啸，火苗很容易被风吹灭。
眼看限期就要到了，领工师傅仰天大哭了起来，这时从远处走来一个，老头问领工师傅：你为什么哭啊？
领工师傅说便告诉了他事情的原委，那老头得知事情原委后笑笑说：世上无难事，就怕有心人嘛，先吸锅烟再说。
领工师傅说：风这么大，怎么能点着烟呢？
老头掏出火镰，两手捧成葫芦形，只听嚓嚓嚓，火花飞溅，纸媒点着了，火苗在老头手心里闪闪发亮，老头笑道：这不是点着了吗？
领工师傅心头一亮，再看那老头儿，早已踏着五彩祥云，消失在天边。他这才恍然大悟，原来那老头是鲁班祖师，是前来点化他的。
领工师傅高兴极了，对大家说：鲁班师傅的纸媒能迎风不灭，是因为手捧的葫芦只有一个口，吹不进去风。如果我们把金殿的窗户、缝隙焊接严实，只留一个门，也像手捧的葫芦一样，神灯不就长明不灭了吗？
工匠们一听，果然有理。