溪州之战后，湘西的土司管理体制便确立了。此后，土民内部的事更多由土司自己管辖解决，发生反叛朝廷起义的现象就很少了，但部分冲突和动乱还是有的，只是规模都不大。明朝初年时，因新兴的朱明王朝实施的土地、赋税等政策侵害了居住在武陵一带的土民利益，以慈利宣抚使覃垕为首的土司王，又发动了一次大规模的起义。覃垕原是大庸茅冈土司覃添佑的私生子。关于他起义的经历，笔者在《大湘西土司》一书中曾有这样的描述：
元至正十二年（1352年），覃垕联络夏克武、八鼓皮、田大、茅头等九溪十八峒上万人举行反元起义，首先攻占了茅岗的吴氏都元帅府。吴都主仓皇逃往了桃源蓼江坡。元朝廷很快派了指挥官任文大等前来围剿镇压。任文大将元兵分成两路。一路由茅头关、黑枞关进抵温阳关，一路由桑植进抵神挡坪。覃垕先在七年寨附近路口设伏，将进犯元军杀退。继而在神挡坪埋伏设卡。其时，有数百元军乘夜来到卡口偷袭，覃垕守兵因连日作战疲劳过度，一个个打了瞌睡。正在危急时刻，忽有一只飞鸟突然撞击挂在树上的铜锣。众守兵惊醒了，立刻掀动擂石，元军猝不及防，结果被打得人仰马翻，纷纷向后溃退。覃垕乘机率部追下山去，元军阵脚大乱，最后争过一座木桥逃命时又将桥压断，人马大半摔死在深涧中，覃垕部获得大胜，时人传为神助，故其地名后被称做神挡坪。
第二年，元军在南方各地被农民起义军打败，覃垕就杀出茅岗，很快攻占了慈利州。红巾军首领陈友谅这时便给覃垕、夏克武授予了慈利军民安抚使正副职。
至正二十三年（1363年），陈友谅兵败鄱阳湖。朱元璋夺得天下，不久命杨璟为湖广平章。杨璟率部进驻澧属三江口。覃垕在大军压境下，乃赴三江口与杨璟讲和，同时派儿覃仁等表示愿归附朝廷。明朝廷仍授覃垕为慈利军民宣抚使职，秩正三品。但朝廷对覃垕当宣抚使掌兵很不放心，不久又改任他为湖广理问，这个职务只是一个掌管行省刑事诉讼的官职，没有多大实权，覃垕亦不满意。他依然留守在慈利，并在溇澧二水交汇的永安渡修筑了一城，作为宣抚使的治所。
明洪武三年（1370年），明朝廷为剿灭四川明玉珍的起义军，派了数万大军从湘西北过境。其年正逢慈利一带天干大旱，粮食绝收，官民流离失所，明军又要地方供应军需，覃垕被迫无奈，只得联合九溪十八峒的土司于四月揭竽而起，宣告反抗明军起义。明太祖朱元璋闻讯大惊，乃命湖广平章杨璟率兵急讨。朱元璋在谕中还批示：“此役宜多方取之，碍其山寨，绝其樵采，乘机剿捕，胁从开释，收复镇抚，以络远人。”又批示：“今师入其境击之，但使远去，不令出扰州县可也，不必虏其巢穴，更宜约束麾下，慎勿逐利轻进。”杨璟领命，率四万大军前往进剿。覃垕率部与明军对抗，双方先后经历了4次激战。
第一次激战在慈利永安渡。覃垕据城防守。杨璟挥兵将此城包围，双方激战数日，覃垕弃城退走。
第二次激战在今武陵源景区的百丈峡。覃后利用峡谷险据守数日，其大将田大在此力战而死。覃垕率部退至官坪观音山。
第三次激战在桥头乡肖家峪二卡子隘口，一场短兵相接，双方伤亡都很惨重。覃垕接着退至茅岗。
第四次在茅岗溪峒，覃后据险固守，杨璟久攻不下。此时明军粮饷不继，杨璟在永顺羊峰山扎了大本营，双方对峙多时。覃垕派人诈降，乘机将杨璟部将黄永谦扣留。接着，覃垕又派兵偷袭明军粮草供应队伍，将其军粮夺走。杨璟吃了亏，又捉拿不到覃垕，只得向朝廷请求增兵。朱元璋下谕申斥杨璟道：“尔违吾言而妄动，不能平贼，既已答矣，又中其诡计，陷尔之部将，尔之智谋何在？今命参议戴德以兵从尔，凡诸山寨，限以日月平之………若再违朕命，以潞州失利之罪治尔。”（见《明史》卷《扬璟传》）杨璟奉令再向茅岗进攻，却始终没找到覃垕踪影，最后劳师无功，只得不了了之。
杨璟征战失利后，覃垕于洪武五年（1372年）春，再集九溪十八峒举行反攻，一举攻占了慈利、石门各县；长沙各地积积响应。明朝廷引起震动。朱元璋下令卫国公邓愈和江夏侯周德兴统兵十万进剿。面临朝廷大军压境，覃垕又退往茅岗地区进行固守。邓愈和周德兴分北南两路向茅岗进攻。北路由观音寨、二卡子、野鸡山、神挡坪包抄袭七年寨，南路进军龙伏关、大庸所、茅寨子、茅头关、黑枞关、温阳关包围七年寨。覃垕在各个关卡设防阻敌，由于寡不敌众，这些关卡先后都被明军冲破了。覃垕最后退至七年寨，凭着天险进行顽强抵抗。明军久攻七年寨不下，周德兴采用分化瓦解办法，给覃垕的叔父和女婿封官许愿，让这二人效力围剿覃垕。覃垕的女婿朱思济被封了“毅用元帅”。朱思济在一天夜里来到七年寨，对覃垕劝道：“好汉不吃眼前亏。今七年寨被围已久，孤军在此固守，实难持久。我的家乡慈利九都有个观音寨，千军万马打不开。何不留一部分人守此，你亲去九都观音寨，以为犄角，再作良图。”覃垕思索了一下，觉得女婿的话有道理，乃点头道：“就依此计，我们去观音寨吧！”说毕，留下一部分人守七年寨，就亲自带着贴身护卫何英、姚祖，当夜用葛藤吊下岩壁，直向慈利九都观音寨方向走去。那何英和姚祖暗中也被朱思济买通，一行人来到金岩寨边的灭亲垭，路旁草丛中忽然冲出一队人马，一个个大叫道：“不许动，快快受缚！”
覃垕一惊，他急忙叫道：“我的护卫何在？”
何英和姚祖同时应声而道：“主公莫怪，我们已降明军，你也投降吧！”说毕，两人就动手将覃垕用绳子五花大绑了起来。覃垕至此才明白自己被女婿和护卫出卖了，他不由得大骂不已，然而任凭他怎么骂也无济于事，他的女媳和护卫将他解到关门岩囚笼峪，把他关进了一个铁制的站笼。然后由明军用船解往了南京。
在京城被审讯关押了一段后，覃垕最终在当年的农历六月初六日被朝廷处了凌迟死刑。何英、姚祖因卖主求荣亦被杀。覃垕的叔父因镇压十八峒蛮有功，被朝廷封了茅岗安抚司使。后来，土家族人民为了纪念覃垕，每到六月初六日，家家户户都要晒棉衣，说是“为覃垕晒被”或“晒覃垕的龙袍。”六月初六也就渐渐演变成了当地土家族人的传统节日。见李康学著《大湘西土司》58页。
从上述的描述可以看出，覃垕原是不满朝廷对土民实施的土地政策，不堪军需的供应和税赋的压榨等原因，才不得已铤而走险，聚众反抗而起义。而朱元璋视其为“蛮贼”，也只是一种诬称而已。在统治者的眼里，只要顺从了朝廷的意旨，就都是顺民，而违反或反叛了朝廷，当然就会被称作“蛮贼”和“草寇”了。所以，无论是东汉时的相单程，或是明初时的土家族领袖覃垕王，他们领导的少数民族起义，都是不能算作“贼寇”的，自然也不能算作是真正土匪的起源。
近代湘西“棒棒客”的诞生
中国的近代史，一般都是从1840年起开始划分的。而土匪一词在中国历史上的正式记载的出现，比近代史的划分年代还要早一点。比如，如前一节所述，《清史·高宗纪事五》中，已有了“贵州松桃厅苗匪石柳邓，湖南永绥苗匪石三保等作乱”的记载。这里的“苗匪”字眼，也即是土匪的意思，应当是史书中出现与土匪一词释义相贴近用法的最早记载。因为，在此前的《康熙字典》中，“匪”字的释意都还是“非”的意思，没有与现代的“土匪”一词释义用法相同的。而稍后，清朝廷在镇压白莲教起义中，已开始大量使用“教匪”、“匪首”、等字眼了。如《清史稿·本纪第十六》就记着：“嘉庆元年丙辰春……办理苗疆大学士福康安等奏攻克朗坡，进攻平陇。湖北枝江、宜都教匪起。”“二月癸酉，上御经筵。江南丰汛复报合龙。戊寅，皇后崩，奉太上皇帝诰，素服七日，不摘缨。廷臣如之，近臣常服不挂珠。辛巳，叙景安剿擒教匪功，晋三等伯。戊戌，册溢大行皇后曰孝淑皇后。惠龄奏获匪首刘起等，解京诛之。”
值得注意的是，类似上述这样的记载，在《清史稿》中还很多，这说明在整个清朝特别是乾嘉时开始，中国许多地方已出现反朝廷、反官府的民众起义，其中，在乾嘉时代，尤以苗民和白莲教的起义最为著名。而朝廷对这些起义活动，都是一概视为“苗匪”或“教匪”，并派军队进行过大规模的围剿，最后将其血腥镇压。经过了一二百年历史的沉淀，以我们现在的眼光来看，当时官府认定的这些“苗匪”或“教匪”，多数都不过只是属一般民众而已。当然，其中也不排除一些靠抢劫起家和为生的案犯参与在民众的起义之中。像乾嘉起义前发生的苟补寨劫牛案中，几个拦路抢劫的案犯，以手中的刀棒为武器，在光天化日之下，公然将牛贩子抢劫勒索，说白了，也就是典型的土匪抢劫行为，而这些手持刀棒的案犯，民间俗称为“棒棒客”，其实也就是真正近代湘西土匪的萌芽。
自乾嘉苗民大起义被镇压后，这种手持刀棒武器的“棒棒客”，在一段时期有所收敛。但到清末民初，随着社会矛盾的不断激化，这种“棒棒客”在湘西民间又渐渐多了起来。笔者在龙山贾田溪采风调查时，曾听当过国民党暂十师师长时年已85岁的瞿波平讲过其父亲年轻时经历过的一个故事。太平天国年间，有一次，一伙自称是“长毛”的汉子，拿着刀棒在湘川边境的一个山坳里，抢劫了十多个挑盐的脚夫，瞿波平的父亲也在其中。他在被逼着送盐进长毛指定去的山头时，因为言语顶撞，被一棒棒客砍了一刀，这一刀砍在手臂上，伤愈后还留下了几寸长的疤痕。后来，瞿波平父亲被人保释，才从那伙“棒棒客”手中解救出来。瞿波平说，父亲说的这件事，曾使他对棒棒客留下很深的印象。2001年，笔者在古丈县李家洞采访著名土匪张平的夫人杨炳莲时，听她也讲过祖上父亲的故事。杨炳莲的父亲是个商人，年轻时，有一次，一伙歹徒拿着刀棒，半夜间劫了他家店子，将一些布匹、杂货劫洗一空。其时间在1890年间。这些歹徒也就是棒棒客，是湘西清末年间的土匪。
关于“棒棒客”为湘西土匪起源的观点，1988年第二期吉首大学学报刊发的李道文的《湘西匪患探秘》一文，亦有详细论述。该文在论述了湘西土匪起源的四种有代表性的观点之后，曾明确提出了“棒棒客”才是湘西土匪起源的看法，笔者是很赞成此文所持这种观念的。因为，清朝康熙之前，还没有与现代“匪”字相同的释义词，而在乾嘉苗民起义之前，湘西苟补寨劫牛案中，就已开始发生以手中的刀棒为武器，公然将牛贩子拦路抢劫勒索的案犯，此后，这种拦路抢劫勒索的“棒棒客”在湘西又时有发生，官府在这时期又将这些案犯和起义的苗民统称为“苗匪”、“匪首”之类，所以，认真考证起来，这种棒棒客为近代真正湘西土匪的起源应是无疑的。
那么，到清末时期，又为什么会出现比较多的湘西棒棒客呢？这是因为，清朝末年，各种社会矛盾日趋复杂，民众生活苦不堪言，湘西又地处交通不便的偏僻山区，天高皇帝远，朝廷鞭长莫及，在武器尚不发达的古代社会，刀棒往往又是有力的威慑工具，所以，不少无业的贫民就铤而走险，靠抢劫勒索为生，干上了棒棒客的勾当，走向了危害社会和民众的土匪之路。