中医理论体系有诸多特点，其中整体观念和辨证论治是最基本、最重要的特点。
一、整体观念
中医学非常重视人体的统一性和完整性，包括内在的脏腑器官之间，心理活动与生理功能之间，以及人与外界环境之间的相互联系。认为人是一个有机的整体，构成人体的各个组织器官，在结构上相互沟通，在功能上相互协调、互相为用，在病理上互相影响；认为人与外界环境也有密切的关系，人体在能动地适应环境的过程中，维持着自身稳定的功能活动。这一观念贯穿于中医学对人体结构、生理、病理、诊法、辨证、治疗及养生等各个方面的理性认识之中。
（一）人是一个有机的整体
中医理论在形体结构、生理病理、诊断治疗等方面均充分体现着整体思想，都基于人是一个有机的整体这一基本观点。
中医学认为，人体是一个以心为主宰，五脏为中心，通过经络“内属于脏腑，外络于肢节”联系的有机整体。就形体结构而言，任何局部都是整体的一个组成部分，与整体密切相连；就基本物质而言，各组织器官活动的物质是同一的（即精、气、血、津液）；就功能活动而言，结构上的整体性和基本物质的统一性，决定了各种不同功能活动之间的密切相关性。彼此之间相互协调，互相制约，共同完成人体的生理活动，从而表现出生命活动的整体联系。
中医学不仅从整体上探索人体生命活动的基本规律，而且在分析疾病的病因病机时，亦立足于整体，着眼于局部病变的整体病理反应。认为任何一个局部的病变，都可以影响整体。所以，中医学的病理整体观，主要体现在病变的相互影响和传变，如脏与脏、腑与腑、脏与腑、脏腑与形体官窍之间，均可通过经络的感传作用而相互影响，发生疾病的传变。
中医学是以“有诸内必形诸外”（《孟子告子下》）为理论依据进行临床察病的。
局部病变常与全身脏腑、气血、阴阳的盛衰虚实有关，局部的症状常是整体功能失调在局部的反映。因此，通过观察分析五官、形体、脉象等外在的病理表现，就可判断内在脏腑的病理变化。现代生物全息理论认为生物体某些局部的变化，在相当程度上以一定方式反映整体的、内在的规律。所以，中医的诊法是通过察脉、验舌，以及观察体表的变化，测知内脏及全身功能活动的识病方法，是整体观念指导下的创举。
整体观念也融贯于中医学的治疗用药之中。对于局部的病变，不是头痛医头，脚痛医脚，而是主张通过整体加以调治，如牙龈红肿疼痛可以通过清泻胃火治愈，因为足阳明胃经循行于此。耳鸣、耳聋，补肾可愈，因为肾开窍于耳。如此等等，都是整体观念在治疗学中的体现。
（二）人与自然环境的统一性
人是自然进化的产物，生活在自然环境之中。人不仅与自然环境有着物质的统一性，而且自然环境存在着人类赖以生存的必需条件。中医学历来重视人与自然环境的联系。这一认识体现在以下诸方面：
1.在生理方面，中医学认为人体通过内在的调节功能，保持着人体与自然界的统一。如盛夏天气炎热，人体的气血趋向于体表，故表现为皮肤松弛，汗孔开张而多汗；隆冬天气严寒，人体的气血趋向于里，故表现为皮肤致密，汗孔关闭而少汗。这种适应性的生理变化，既维持了人的体温恒定，也反映了冬夏不同气温之下，人体气血运行和津液代谢的状况。
2.人体的阴阳气血亦受昼夜晨昏的影响。人体的阳气，在白昼运行于体表，有利于脏腑功能活动；夜晚则阳气内敛，便于人体睡眠休息，反映了机体受昼夜的影响而产生的阴阳消长变化。此外，人的体温、脉搏、呼吸、血压、能量代谢等，都有昼夜高低的节律变化。
3.地理环境也是影响人体的一个重要的外在因素。地理环境的差异，包括区域性气候、人文习俗、生活习惯等的不同，在一定程度上影响着人体的生理功能和心理活动。如江南海拔低，气温高，湿度大，生活在这一地区的人，腠理疏松，体格柔弱瘦小；西北海拔高，气温低，湿度小，生活在这一地域的人，腠理致密，体格壮实粗犷。正由于人生活在不同地理环境之中，长期受特定环境的影响，逐渐地在功能活动方面表现出某些适应性变化。因此，一旦易地而居，许多人初期会有不适的感觉，甚或因此而罹病，即所谓“不服水土”。
4.自然环境对疾病的发生和病理变化也有影响。如“春善病鼽衄，仲夏善病胸胁，长夏善病洞泄寒中，秋善病风疟，冬善病瘅厥”（《素问金匮真言论》）。即指出受季节气候变化的影响，各季节有不同的多发病。不同的地理环境，既可导致人群体质的差异，也可因气候、水土的因素而形成不同性质的致病因素，因而会导致地域性的多发病与常见病。如克山病、血吸虫病、猪囊尾蚴病、地方性甲状腺肿、疟疾等，均有其地域性的发病特点。
中医对疾病的诊治用药，强调结合机体的内外因素进行全面考虑，对任何疾病都不能孤立地看待，应该联系四时气候、地方水土、生活习惯、性情好恶、体质强弱、年龄性别、职业特点等，运用望、闻、问、切的诊病方法，全面地了解病情，准确地把握疾病的原因、性质、部位等，才能作出正确的诊断与治疗。在具体处方用药时，还应结合具体的地理环境及气候特点，才能取得理想的疗效。
（三）人与社会环境的统一性
每一个人都是社会群体之一，社会环境的不同可造成人们身心功能上的某些差异。就社会经济和政治地位而言，“大抵富贵之人多劳心，贫贱之人多劳力；富贵者膏粱自奉，贫贱者藜藿苟充；富贵者曲房广厦，贫贱者陋巷茅茨；劳心则中虚而筋柔骨脆，劳力则中实而骨劲筋强；膏粱自奉者脏腑恒娇，藜藿苟充者脏腑恒固；曲房广厦者玄府疏而六淫易客，茅茨陋巷者腠理密而外邪难干。故富贵之疾，宜于补正；贫贱之疾，利于攻邪”（《医宗必读富贵贫贱治病有别论》）。强调了社会地位的不同，经济状态的差异，可使身心功能产生诸多的差别。社会的进步，无疑给人们的健康带来更多的益处。如食品衣着的日渐丰富，居住环境的日益舒适，人类对疾病认识的更加深刻，对自身的养生保健愈加重视，因此人类寿命随着社会的进步而愈加延长。但是，人们应当清醒地认识到，社会的进步也会给人类健康带来一些新的不利因素，如社会技术水平愈高，竞争便愈加激烈，过度激烈、紧张的快节奏生活，会给人带来更多的精神压力。再如人口急剧增长，工业高度发展，矿产资源的过量开采，生态环境的破坏也日趋严重，由此产生的疾病也会随之增加。另外，随着社会环境的改变，人们的人生、价值取向和生活方式也会改变，一些新的身心疾病就会产生，如焦虑、头痛、眩晕、失眠、心悸等病症。所以，社会的变迁可造成人群体质和发病的差异，这就是中医学诊治疾病非常重视社会环境的原因所在。
二、辨证论治
辨证论治是中医学认识疾病和治疗疾病的基本思路，是中医理论体系的基本特点之一。辨证论治包括辨证和论治两个思维阶段。辨证的任务是分析疾病，寻找疾病过程中某一阶段的主要矛盾或矛盾的主要方面；论治则是采取相应的措施，对所找出的主要矛盾进行治疗。
（一）辨证与论治
所谓辨证，就是将四诊所搜集的症状、体征及其他资料，在中医理论指导下进行分析，辨清其原因、性质、部位、邪正关系，概括、判断为某种性质的证候，这一识病方法就是辨证。因此，辨证的过程就是医生从机体反应性的角度来认识临床表现的内在联系，并以此反映疾病本质的思维过程。所谓论治，是根据辨证的结果，确定相应的治疗方法。辨证是确定治疗方法的前提和依据，论治是辨证的目的。通过论治的效果，可以检验辨证是否正确。所以，辨证论治的过程，就是认识疾病和治疗疾病的过程，是指导中医临床医学的基本原则。
（二）病与证的关系
辨证论治的原则要求人们辨证地看待病与证的关系。既要重视一病可能出现的多种证候，又要关注不同的病可以出现相同性质的证候，因而临床实践中常有“同病异治”和“异病同治”的方法。相同的证候反映着相同性质的矛盾，因而可用相同的治疗方法。不同的证候反映着不同性质的矛盾，因而要用不同的方法治疗。所谓“同病异治”，就是指同一疾病，在疾病发展过程中出现了不同的病机，即所表现的证候不同，因而治疗方法也不相同。例如水肿病，有实有虚，有因肺、脾、肾功能失调所致，所以治水肿的方法就必然不同，这就是“同病异治”原则的具体运用。所谓“异病同治”，是指不同类型的疾病，在其发展过程中出现了相同的病机，即所表现的证候相同，就可采用相同的治疗方法。例如久病泄泻、慢性水肿、哮喘等不同的病，在发展过程中都可以有肾阳不足的病理本质阶段，因而可用温补肾阳的相同方法治疗，这就体现了“异病同治”的治疗原则。
总之，中医治病注重于病机的异同，其次才是病的异同。所谓“证同治亦同，证异治亦异”，即指相同的病机可以表现为相同的证候，不同的病机表现为不同的证候。
病机体现着疾病特定阶段的病理本质，是该阶段的主要矛盾，决定了疾病在此阶段所表现的证候。显然这种针对疾病发展变化过程中，不同质的矛盾用不同质的方法进行解决的原则，就是辨证论治的精神实质。