亚健康者的症状主要是生理功能紊乱所引起的，因此其治疗的方向，主要是调理。某些症状虽然主要依靠心理上的疏导治疗，才能达到根本性的解决，但这需要时间，很难立竿见影，难以快速奏效。生理上的紊乱如果不予及时解除，反过来更会增加心理上的烦恼，以致引起更多的心理焦虑与困惑，甚至怀疑是一种器质性疾病，促使亚健康向真正的疾病方向演变。因此快速解除生理症状对安定心理同样有一定的作用和意义。而药物可以作为控场武器，在这方面效果显著。
一、用药原则
亚健康的药物治疗，与真正器质性疾病药物治疗的区别，在于剂量和疗程。后者需要一定的剂量和疗程，否则达不到疗效。前者不需要疗程，也不需要足够的剂量。它只需要临时服一、二次即可，必须避免长服。
当今市场上药物层出不穷，数量繁多，即使是专业医药人员，也难以掌握全貌。何况各地、各药厂、各商家为了各自的利益，标新立异，夸大其词，药名混乱，但其基本都可以归纳为几个类别，几种作用机理。例如神经系统用药，心血管用药，肠胃用药，消炎抗菌药，退热止痛药，扩血管降压药等。
需要记住的是，药物只有作用强弱、毒副作用大小之分，没有好坏、贵贱区别。对症的药，三分钱一粒都是好药，不对症的药，再贵也是白搭，甚至因耽误病情而成为害人药。所以选择药物的原则，不是其价格、牌子、名气大小，而是其作用机理是否对路。对药物切忌像追求时装、菜肴一样，追赶潮流和名贵。
二、药物推荐
根据上述原则，特别推荐一些常用的、有代表性的、耳熟能详的、多数“价廉物美”的、调理性（即对生理功能进行调整）的药物。