作为一个伟大的科学家，他追求真理；作为一个普通的公民，他热爱自己的祖国；作为学生、老师、同事、朋友，他是那么坦诚，肝胆相照；作为儿子、兄长、丈夫、父亲，他总是充满爱心，无微不至；而对无知、愚昧、保守、固执的对手，他是那样疾恶如仇。巴斯德的感情世界极为丰富细腻，让人觉得他不像自然科学家，而更像一位情感奔放的诗人。
1848年二月革命期间，巴斯德满腔热忱地参加了国民自卫军，像大多数法国人一样，为最纯洁的爱国主义而激动兴奋，为眼前出现的自由民主平等的共和国形象，为祖国、国旗这两个神圣的字眼而热血沸腾。巴斯德为崭新的共和国捐献了他全部积蓄——150法郎，这对于一个刚刚毕业的大学生来说实在不是一个小数目。
巴斯德搞科研，也决不把他的成果局限在实验室里，他把向公众宣讲科学、传播科学当作一种神圣的职责。为了拯救法国的酿造业和蚕丝业，他不顾个人的得失和安危。当他找到了解决问题的办法时，便不遗余力地为推广而奔走。
为了让更多的人了解他的巴氏灭菌法对保存葡萄酒的作用，巴斯德组织了对比实验：他让即将远航的海军战舰带上几桶加热处理过的葡萄酒，再带上几桶没处理过的酒，结果，处理过的经历了海上10个月的航行，开封后清澈醇和，而未处理过的却已变酸。
巴斯德的研究成果具有很大的经济效益，但他从不利用自己的成果为自己谋取半点私利。皇帝召见他时曾问过他，为什么不用对酒和醋的发酵所掌握的方法作为合法的生财之道？巴斯德回答说：“在法国，科学家认为这样做贬低了自己。”他深信，如果一个科学家以自己的发现谋利，就会使自己的生活复杂，思绪混乱，发明的灵感就会麻木。他要研究的事太多了，完全没有时间去拨打自己的小算盘。
1870年，一场可怕的战争开始了，普鲁士军队迫近边境，而法国却毫无准备。法国人民群情激昂，争相入伍，报效祖国。巴斯德将自己唯一的儿子送上前线，他自己也想参加国民自卫军，可是他由于偏瘫留下了跛足，所以只能空怀壮志。
无奈，巴斯德与妻子、女儿一起回到了阿尔布瓦，可他的心无时无刻不在关心着战局。每天只要街头的喇叭一响，他便会拖着跛脚走出家门，站在街上屏息静听政府公报，然后黯然神伤地回到屋里。法军连连败北，敌人已逼近巴黎，巴斯德痛感法国没有足够重视发展教育与科学，致使经济落后，军事衰弱。他没有别的办法，只能愤愤地说：“我一定要在以后出版的每本著作的扉页上印上这样的字样：‘憎恨普鲁士。报仇雪耻！报仇雪耻！’”
巴黎被围，法国只得被迫赔款割地。巴斯德气愤之极，想到1868年德国波恩大学曾授予他医学博士荣誉证书一事，立即写信给波恩大学医学院院长：“现在我一见到这张纸就想呕吐，看到我的名字写在威廉国王名字之下，我感到自己受到侮辱，……我的良心要求我向你请求将我的名字从贵院的档案中勾掉，收回那张学位证书，以表示一个法国科学家的义愤。这一义愤是那个人的野蛮与伪善行径所激起的，此人为了满足罪恶的傲慢，不顾一切屠杀两个伟大的民族。”
巴斯德将满腔的仇恨化做一股强烈的愿望：为祖国做点什么。他在给助手罗兰的信中说：“让我们大公无私地从事探求真理的实验，使我们的思想不为人们所进行的邪恶行为而苦恼。”
不久，内战又爆发了，巴斯德已无法进行自己的研究。这时，意大利政府邀请他去主持一个育蚕研究机构，比萨一位地方议员也邀请巴斯德去担任比萨大学的应用农业化学教授。这对巴斯德个人来说，是再有利不过了。可此时离开水深火热中的祖国，实在令他难以安心。他说：“如果我离开处于忧患中的祖国去追求超越祖国所能提供的、优厚的物质享受，那么我觉得自己应该受到罪同逃兵那样的惩罚。”
能为祖国做些什么呢？巴斯德想到了啤酒。德国的啤酒酿造业遥居法国之上，巴斯德则想让法国的啤酒成为德国啤酒的劲敌。他走访了各大啤酒厂，从啤酒酵素入手，研究啤酒变质的根源。他发现啤酒的质量与啤酒酵素的纯净程度有直接的关系，如果啤酒酵素被杂菌污染，啤酒的品质就会下降甚至变质，无法饮用。保证啤酒甘醇的方法也可以采用巴氏灭菌法。
巴斯德还走访了英国一些啤酒厂，把巴氏灭菌法传授给他们。他相信法国科学家从道义上帮助过别国后，一定会在某种程度上获得报偿的。他说：“我们必须为亲爱的法兰西结交一些朋友。”
巴斯德一心投入到工作中，可有些人却总是没完没了地找他的麻烦，给他添乱。自然发生论的支持者们时常挑起论战，尽管朋友们劝告巴斯德不必为此而烦恼，不要理睬他们，可巴斯德坚持认为这是关于真理的论战，必须应战。
对手们一个个粉墨登场，巴斯德就一一给以回击，他想出许多的实验来打击对手的自然发生论。如：将加热煮沸的葡萄汁放入酵素落不进去的曲颈瓶里，则不能发酵成葡萄酒；而将糖液放上少量的酵素则会酿出葡萄酒来；把酿醋的木桶放在沸水中煮一煮，这桶里就不会酿出醋来，这些说明了酵素的作用。这些有说服力的方法不仅打击了对手，而且在公众中宣传了科学，越来越多的人认识到了肉眼看不见的小生物所起的巨大作用。
巴斯德不仅让大家知道了微小生物的功绩，也一直想揭示这些微小生物是传染病和溃烂的根源这一真相。战争中负伤的年轻士兵们在伤口化脓的折磨中死去；传染病每过一段时间就大规模袭击人类一回；当时的外科手术成功率不到10％，病人多是由于伤口化脓而死。目睹这一切，想到女儿们死于伤寒的悲剧，巴斯德决心开始着手自1861年以来一直萦绕在心头的问题——研究传染病的真正原因。他说：“让感情在科学进步中做出一份贡献，是崇高之至的事。”
1863年他曾当着皇帝的面发下誓言：一定要发现腐败和传染病的原因。
可是，巴斯德不是医生，他一要涉足传染病这个领域，新老敌人便开始攻击他，甚至进行人格污辱，骂他是“马戏团的小丑”。1873年初，巴斯德却意外地被选为医学院的院士，这更坚定了他要攻克传染病的信念。
事实上，巴斯德的有关感染、传染病必由胚芽引起的观点已经帮了医生们的忙。许多医生相信巴斯德的说法，他们在处理伤口时尽可能保持清洁，用碳酸水处理绷带等，果然感染率下降。
1874年2月，巴斯德接到了英国著名外科专家李斯特写来的一封热情洋溢的信，信中说：“请允许我借此机会，向您致以真诚的谢意，感谢您以杰出的研究，使我确信腐败起源于胚芽的真理，从而为我提供了杀菌法得以成功的原理。如大驾光临爱丁堡，我相信您会在我们医院里看到人类无论什么时候都将深深受益于您辛勤的研究工作，您会感到由衷的欣慰。”李斯特开创的外科手术中的消毒灭菌方法，使外科手术的成功率从不到10％提高到了85％以上。
巴斯德对把自己的发现应用于医学造福人类极为高兴。为此，他经常深入医院，向外科医生们介绍灭菌方法。当时，产院里产褥热的发病率极高，巴斯德经过仔细研究，终于认清这种病是由一种念珠菌感染引起的，只要将接生时的器械认真消毒，就可以避免产褥热的发生。
鉴于巴斯德所取得的成绩，国民议会提议给他以特别的褒奖，授予他12000法郎的终身年金。巴斯德寿终后，遗孀可享受一半的年金，并说：“奖金与巴斯德做出的贡献的价值相比，真是微不足道。”这个提案以532票对24票通过，已经成为格勒诺皮尔学院院长的夏皮写信向他祝贺：“获得这样压倒多数票的提案哪里找啊！？”这足以看出，人们对巴斯德这个为科学、为祖国、为人类而如此辛勤工作的人的感激和敬仰之情。
许多朋友和同事都以为这该是他人生旅途中的歇脚点了。事实上，中风后的巴斯德有点跛足，左手有些僵直，这些表明他还有中风的可能。人们劝他该休息了，巴斯德对此却大为恼火。他还要干什么？他要去摘取人生的另一半果实，没有谁会相信他还能做到这一点，可几年后，他真的做到了，而且做得那样精彩。