作为《新潮》的首脑人物，傅斯年撰写了《万恶之源》、《人生问题之发端》等颇有震撼力的文章。他还积极响应胡适在《文学改良刍议》、《建设的文学革命论》等文中的主张，并且自身甚有创见，这对“文学革命”不无推波助澜之功。譬如：在《新潮》第1卷第1号上发表《怎样做白话文》，具体探讨白话文的写作方法：一是“留心说话”；二是“直用西洋文法”。在第1卷第5号上发表《白话文学与心理改革》，指出只有改革文学“内心的思想”，才是文学革命最重要的任务。正因如此，1952年12月20日，在纪念其逝世两周年的演讲中，胡适才会指出：学生时代，傅斯年就是“最能了解当时新思潮新文化运动的人”。
其二，他是《独立评论》的发起人及主要撰稿人。“九·一八”事变爆发后，国难当头之际，在北京大学召开的时势讨论会上，傅斯年首先提出“书生何以报国”的问题，成为众人思考的中心。之后，他与胡适、蒋廷黻、丁文江等创办《独立评论》；并在该刊发表文章40篇，在23位主要撰稿人中名列第八。此外，据蒋廷黻回忆，“《独立评论》的同寅中，最值得一提的是傅斯年。他也和其他人一样，为《独立评论》花了许多时间撰稿。他有丰富的历史知识，一旦他撰写一篇稿子，就好像是集合了四千年的历史经验似的。他把文章重要内容摘出来登在前面，此举成为出版界的创举。令许多朋友吃惊的是，他的文章不仅能引起读者知识上的共鸣，而且也能引起他们心灵上的共鸣。能够引发最深的情感，也能使某些人感到最大的嫌恶。”
傅斯年是一位民族感强烈的学者，他在《独立评论》上相继发表了《日寇与热河平津》、《“不懂得日本的情形”》、《“九一八”一年了》、《“中日亲善”》、《“中日亲善”（续）》、《北方人民与国难》、《中华民族是整个的》、《北局危害》等文。其中，《溥逆窃号与外部态度》一文，针对当时国民政府外交部就“满洲国”问题发的一个宣言而写，由于言辞激越，导致第91号《独立评论》被南京邮电检查员“扣留了一百三十九包”。在对日问题上，傅斯年的态度坚决、独立，不惜因观点分歧而向素来敬重的胡适抗议。
1933年6月4日，胡适在《独立评论》上发表《保全华北的重要》一文，指出其时形势不容乐观——“整个中日的问题此时无法解决”、“华北的危机目前必须应付”；基于“为国家减轻损失”、“平津与华北是不可抛弃的”、“避免战事的扩大而不可收拾”等理由，他主张“暂时谋局部的华北停战”。此文引发傅、胡之间的一场风波。6月13日，胡适曾在日记中详细记载——“孟真为我最近的文字（保全华北），大生气，写了一封信来，说他要脱离《独立评论》。但他希望主张的不同不至于影响到私交。其实他当时不曾见我的原文，只见了日本新联社发出的‘摘要’，其中有一段是原文没有的，又是最容易使人生气的！（说‘中日亲善不至于被冯玉祥破坏了的’！！）今天孟真说，他见了我的原文，他的气平多了。”
是日经过一番长谈，傅斯年的误会才“全消了”。虽然误会消除，但是此后整整八个月，傅斯年都未为《独立评论》撰文，有论者将之视为傅斯年的“抗议”，指出：作为亲信弟子和朋友，傅斯年力主抗战的姿态，“无疑会对胡适的思想产生很多的震动”。
《新潮》和《独立评论》之外，傅斯年还参与创办《自由中国》。
胡适曾推荐他拟定该刊宗旨，提醒雷震“请不要忘了傅孟真是作文章的大好手”。在创刊号上，他撰有影响甚大的《自由与平等》一文。
傅斯年不仅在实践中积极追随、支持胡适，而且敢当诤友、勇于直言，在理念上影响胡适。胡适坚守议政而不从政的底线，即其所谓“不放弃言论的冲动”却“打定主意不做官”；同时他虽自期能够“讲学复议政”，不过更注重于“讲学”，即其所谓“哲学是我的职业，文学是我的娱乐，政治只是我的一种忍不住的新努力”。这一理念的形成及贯彻，不单是胡适个人自觉的结果，很大程度还因受到傅斯年等人的影响。
1917年1月，胡适在《新青年》上发表《文学改良刍议》，首倡文学革命，名噪一时；是年4月，写成《诸子不出于王官论》，专为驳章炳麟而作，开始向国学界最高权威挑战；同年9月，开始执教北京大学，时为最年轻的教授；1919年2月，他的《中国哲学史大纲》（上卷）出版，5月初便印行了第二版。由于对“通俗文化”和“上层文化”两个领域皆有触动与冲击，一个二十六七岁的青年，归国不到两年便一跃为新学术、新思想的领军人物。按照余英时的说法：如此“暴得大名”，在中国近代史上，除梁启超外再无第二人。傅斯年是当时北大国学程度最高而且具有领导力量的学生，本为旧派教授黄侃的高足，他为胡适的新观点与新方法所吸引，转而师事胡适；他的支持，对于稳固胡适在学生中的地位很有裨益。主编《新潮》近一年后，傅斯年前往欧洲留学。旅欧期间，他第一封致胡适的信中，就直言规劝胡适“名成之下”要预防“社会止住自己的进化”。
傅斯年在信中诚恳地指出：“先生现在在中国知识界的地位已高，因此事件必多，分神的地方不免。这又何尝不是一种不可免而又可凭以施行所期的现象，但从将来的大成上看，不免反为魔障……为个人计，古来成学业的，都是期于白首，而不隐于才华；为社会计，此时北大正应有讲学之风气，而不宜止于批评之风气……先生自提倡白话文以来，事业之成就，自别人看之实在可惊，然若自己觉得可惊则人之天性，本来是以成就而自喜，以自喜而忽于未来之大业。所以兴致高与思想深每每为敌。人性最宜于因迫而进，而惯怠于实至名归之时。”他明确表示对胡适学术上的期望很高，强调：“愿先生终成老师，造一种学术上之大风气，不盼望先生现在就于中国偶像界中备一席。”
傅斯年的这一态度，无疑影响了胡适介入政治的限度。《每周评论》被禁之时，虽然他的政论才做到“导言”，但是此后两年零八个月，胡适都处于观望状态中。直到丁文江的热情与行动力促使《努力周报》问世，他方才谈政治。期间，他还老实承认“精神不能贯注在政治上”，表示：“我家中政治的书比其余的书，只成一与五千的比例；我七天之中，至多只能费一天在《努力周报》上；我做一段二百字的短评，远不如做一万字‘李觏学说’的便利愉快。”因此，“我最希望国内爱谈政治又能谈政治的学者来霸占这个周报。
以后我七天之中，分出一天来替他们编辑整理，其余六天仍旧去研究我的哲学与文学，那就是我的幸福了。”
傅斯年在政治方面的价值取向是参政而不从政。譬如：他能为《自由中国》撰写富有锋芒的政论，却拒绝领导“自由中国运动”。因此，除了力劝胡适出任战时驻美国大使以外，他亦反对胡适从政，认为：学人保持独立，议政方有力量，才可监督政府。
1946年7月5日，胡适回到已阔别9年的中国，担任北京大学校长。是年11月，胡适出席了为中共和民盟所抵制的“制宪国大”。
虽然他对外表示绝不组党，不过蒋介石仍想借重——拟请他担任国府委员兼考试院院长。主要由于傅斯年的“打岔”，蒋氏最终“图谋”未成。
1947年1月15日，蒋介石约见傅斯年，要他代为说项，劝说胡适就任。他当即反复力陈此举不宜，不过蒋氏并不放松，他只得答应将写信通知胡适。2月3日，时任外交部部长的王世杰去探望傅斯年，询问此事进展，希望他“受人之托，不要从中打岔”。
2月4日，他才致信胡适提及此事。信中，傅斯年虽表示“自由主义者各自决定其办法与命运”，但仍直接道出6点意见，其中明言“政府今日尚无真正开明、改变作风的象征，一切恐为美国压力，装饰一下子”；强调“我们是要奋斗的，惟其如此，应永久在野，盖一入政府，无法奋斗也”；主张“与其入政府，不如组党；与其组党，不如办报”；并且认为“办报亦须三思，有实力而后可”。2月6日，胡适复信表示不愿加入政府，因为这样做“结果是毁了我三十年养成的独立地位，而完全不能有所作为。结果是连我们说公平话的地位也取消了。——用一句通行的话，‘成了政府的尾巴’！”
胡适拒绝之后，蒋介石并未放弃，采取了一系列措施，动员胡适出任国府委员。3月22日，收到蒋介石于3月5日写的亲笔信后，胡适的立场有所动摇。傅斯年对此异常不快，先去一短电责备；3月28日又写长信，表示“忽接二十三日书，万分惊愕，不料先生竟如此想也”。他犀利地指出蒋氏信中所言是“欺人之说”，“借重先生，全为大粪堆上插一朵花”；同时细加剖析：“此公表面之诚恳，与内心之上海派决不相同。我八九年经历，知之深矣。此公只了解压力，不懂任何其他。今之表面，美国之压力也。
我们若欲于政治有所贡献，必须也用压力，即把我们的意见consolidated，articulated[加强并明确表示出来]，而成一种压力。一入政府，没人再听我们的一句话，先生是经验主义者，偏无此八年经验，故把我们政府看得太好，这不是玩的。”傅斯年很不满于胡适的摇摆不定，言辞颇为激烈：“此事全在先生一颗不动摇之心，我代辞多少次了，是无用的，尤其是先生那样客气之下。我们又不是一个政党，谁也替谁保不了，只在自己而已。”傅斯年的反对，坚定了胡适拒绝的立场。他几度去电申述不能受命，兼之王世杰、朱家骅等的大力斡旋，蒋介石终于让步，4月19日致电表示“此次尊重兄意，不克延致，殊为耿耿”。