祖印寺位于浙江省舟山市城区中心，系舟山市重点文物保护单位。据志书记载，祖印寺原址在衢山岛，旧名“蓬莱院”，创建于后晋天福五年（940年），迄今已有千年历史。宋治平年间赐今额，改名“祖印”。嘉熙年间，邑令余桂迁寺至今址，与原普陀山接待寺合并。元至元年间，高僧山宁开法祖印，继有密庵禅师住持该寺，弘扬禅宗佛法，声誉鹊起，香火鼎盛。祖印寺曾数毁数兴：明初废县毁寺，香火中断；宣德年间重建，正统年间又遭火焚；成化年间再重建。清初，岛民内迁，城垣尽毁，祖印寺院殿宇亦毁于兵燹，四周房舍无存瓦片寸椽，惟大雄宝殿巍然不动，时人传为神异。康熙年间定海总镇兰理募资修复；同治年间住持僧云岫禅师又募资扩建；宣统年间邑人朱葆三捐资再重修。现存山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼、东西厢房计有面积二千三百平方米，占地五千多平方米。除正山间系近年重建外，其余皆为清朝建筑。
1950年5月，祖印寺宇一度用作国家粮库。虽佛事中断，但寺院幸存。1986年，政府耗资近50万元，迁粮库，修殿宇，寺貌重现，改作市博物馆。1994年，政府又迁博物馆，从而恢复寺院佛像，重开佛事活动。当年6月，礼请宁波阿育王寺74岁高龄化通法师来寺住持。历经三年艰苦整修，寺院建筑焕然一新。十八罗汉，五百罗汉、文殊、普贤、地藏、观音、弥勒、韦驮等新塑像巍峨庄严，栩栩如生。最有特色的文物和佛教艺术品，一是象徵着香火日盛的镇寺之宝——祖印宝鼎，高达3.4米，重1.5吨；二是1995年从缅甸迎请来的玉观音坐像，高2.2米，重2吨多，玉质精细优良，雕刻工艺精美，形态端庄大方，现供奉于后大殿；三是大雄宝殿的建筑艺术和塑像。大雄宝殿高17.5米，达深19米，宽29.6米。总面积564平方米，重檐歇山顶，上檐九彩斗拱，五架抬梁，建筑艺术高超精致。殿内主供三世佛像。正中供奉释迦牟尼佛，左右有迦叶尊者、阿难尊者护持。东西两侧沿壁塑有十八罗汉像和五百罗汉像。