概述
旗舰，亦称指挥舰，是海军舰队、海上舰艇编队的指挥所，或是舰队、编队指挥员所在的舰。旗舰的名称来自于一些外国海军指挥舰通常悬挂有该级指挥员的代旗（也称首长旗、司令旗）。
如美国海军上将旗为蓝底4颗白色五星；中将旗为3颗白色五星；少将旗为2颗白色五星；准将旗为1颗白色五星。在海上见到挂有代旗的军舰，就可知道该舰是哪一级军衔军官担任指挥员的旗舰。所以舰队或编队指挥官乘座的指挥舰称为旗舰。但是有些国家海军不设代旗制度，故称为指挥舰。
分类
旗舰是一个统称，任何实际起到指挥作用的舰艇都可以称做旗舰。但一般而言，一个舰队中只有一条主要旗舰（即舰队指挥官长期乘坐的舰艇），同时也会指定某些舰艇为预备旗舰，以应对一些特殊情况。同时对于大舰队而言，可能下辖几个分舰队，因而除了总旗舰外，每个分舰队也都有对应的旗舰进行指挥。
旗舰的设置旗舰（指挥舰）有两种设置方法：一种是常年固定一艘舰艇为旗舰。如美国海军几个舰队的旗舰基本上是固定的，第二舰队的旗舰是“惠特尼山”号（LCC-20）两栖指挥舰；第三舰队的旗舰是“科罗纳多”号（AGF-11）运输舰；第六舰队的旗舰是“贝尔内普”号（CG-26）导弹巡洋舰；第七舰队的旗舰是“蓝岭”号（LCC-19）两栖指挥舰；中东部队的旗舰是“拉萨尔”号（AGF-3）运输舰。
另一种方法是根据当时情况，临时指定舰只担任旗舰。旗舰（指挥舰）顾名思义要承担海上作战的组织指挥任务，有较高的要求，不是什么舰船都可担任的。旗舰是根据舰队、编队在海上作战指挥任务的要求，进行专门设计建造的。
一般来讲，旗舰由于要担任较复杂的海上作战指挥任务，所以该舰要比其他舰船有着更加完备的观察通讯器材。如果不是专门设计建造的舰船，要担任旗舰，就必须进行一些必要的改装，使其适应指挥的要求。
选择
旗舰并不是一成不变的。通常来说，指挥官都会选择舰队中最优秀的舰艇作为自己的座舰。但是也有例外，比如原旗舰因故维修，或者战斗中原旗舰受创过重不能再但当原有职责，这是舰队指挥官一般会按计划或就进选择舰艇作为旗舰——登舰并升起自己的旗帜，保证战斗继续顺利进行。如果指挥官因故不能指挥，则按照原定计划顺次由相关军官升旗指挥。
在著名的日德兰海战中，德方舰队司令莱茵哈特·舍尔就曾几度更换旗舰进行指挥。而在更早的中日甲午海战中，清朝舰队却因为开战初期失去指挥而混乱异常，很难说这和战斗的最后结局是否有着直接的关系。