从哈得斯的地狱里回来后，忒修斯成了一位严肃的老人，他开始为从前的行为感到惭愧。所以，当他听说海伦被她的两个哥哥救了回去，反而觉得如释重负。他虽然重新执政，但国内一片混乱，梅纳斯透斯公然领导了人民的叛乱，而且取得贵族们的支持。贵族们自称为帕拉斯族人，利用忒修斯的父亲与他的叔叔帕拉斯及其儿子们之间的旧怨，起来反对他。那些过去仇恨他的人，现在也对他无所畏惧了。普通人在梅纳斯透斯的怂恿下也不愿服从忒修斯的命令。
起初，忒修斯还想以武力镇压国内叛乱，但是由于领导集团内部许多人对他的命令抱不执行态度或阳奉阴违，他的努力最终归于失败。于是，不幸的国王决定彻底放弃这座无法控制的城市。他把两个儿子阿卡玛斯和得摩丰送往攸俾阿，让他们投奔国王埃勒弗诺阿。之后，他来到阿提喀的一个小镇伽尔盖托斯，在这里他庄严宣布对雅典人的诅咒。直到很久以后他当年诅咒人民的地方仍然被标明着。最后，他拍去了身上的灰尘，乘船前往斯库洛斯。他把这座岛上的居民看成自己特殊的朋友，因为那里的国王保存着忒修斯的父亲埃勾斯留给他的大笔财产。
那时统治斯库洛斯的国王是吕科墨德斯。忒修斯要他归还他父亲的遗产，以便让他能在那里居住下来。然而命运却把这位落难的英雄引上了一条绝路。也许是吕科墨德斯惧怕这位英雄的名声，也许是他和梅纳斯透斯订有秘密协议，总之，他计划把忒修斯这个不受欢迎的客人除掉。
他把忒修斯带到岛上的一座高峰的悬崖边，对他说他父亲的遗产就在下边，就在忒修斯弯下身去朝下窥探的时候，吕科墨德斯猛地从背后一推，于是忒修斯便倒栽着跌入万丈深渊。一代英雄就这样走完他的生命旅程。
在忒修斯身后，那些不知感恩戴德的雅典人在他死后不久就把他遗忘了。梅纳斯透斯终于如愿以偿，登上了国王的宝座。他心满意足地坐在龙椅上，就好像合法地继承了已经传承了多少代的自己祖先的王位一样。忒修斯的儿子们被当作普通士兵，跟随英雄埃勒弗诺阿一起出征特洛伊，直到梅纳斯透斯死后，他们才重新执掌了王杖。几百年以后，雅典人在马拉松与波斯人作战，忒修斯这位大英雄的灵魂又从地底下显了出来，他率领雅典人击败了入侵的波斯人。于是，雅典人这才重新记起这位英勇的祖先，这时特尔斐的神谕也指示，要雅典人取回忒修斯的遗骸，隆重地为他安葬。可是，到哪里去寻找他的遗骸呢？而且，即使能在斯库洛斯岛上找到他的坟墓，他们又怎能从野蛮人的手中夺回遗骸呢？
这时候，希腊出了一位有名的人，那是密尔策阿特斯的儿子西门。他在一次新的讨伐中征服了斯库洛斯岛。正当他起劲地寻找那位民族英雄的坟墓时，他看到一只看起来异常凶猛的雄鹰，在一座山坡的上空盘旋。突然，这只凶鸟箭一般地直冲下来，用爪子刨开一座坟墓的泥土。西门把这个现象看做是神意。他命人在那里挖掘，果然，在泥土深处，他们发现一座大棺，棺旁埋葬着一根铁矛，一把宝剑。西门和随从们都确信，这就是忒修斯的墓。他们把神圣的遗骸抬到三橹战船上，运回雅典。雅典人列队迎接忒修斯的遗骸，就像这位英雄活着回到故乡似的。在死了几百年之后，子孙们才向这位给了他们自由并创建了雅典宪法的英雄表示了无限地感谢和尊敬，而当年那些与他同时代的人却无礼的联合起来反对他，雅典人欠他的实在是太多了。