翻开历来的教科书，阅读那记述关于科学方法的章节，其中所阐述的科学方法都是首先进行实验、搜集论据和资料；然后是寻找它们之间的联系，提出种种假说；接着是把这些假说再放到新的实验中去检验验证；最后是发现现象的统一记述，这就是正统的(orthodox)科学研究方法。是的，这确实是一种科学研究的方法，一点也没有错。但是，根据现代的自然观所知，随着学问的发展而不断地发现自然界新的层次，在这里规律也将改变其形式。关于这一点的认识，在学问研究的方法中也带进了新的、而且是重要的要素。这种新要素的重要性，表现最显著的方面就是理论物理学了。可以这么说，正是由于它而使得学问研究的特性为之改观。到上世纪末为止的理论物理学的课题可以归结为是如何巧妙地使用数学。但是，在现代，象预言介子那样的新层次的存在，以及创造量子力学那样的新的法则规律已成为主要的任务了。正因为这样，当量子力学创建时，经常成为指针的玻尔的对应论方法；以及在对基本粒子论的发展起过指导作用的海森堡的历史观点等等，正是强烈地反映了上面所阐述的、新要素的认识。再又，对汤川介子理论的形成曾起过积极作用的武谷三阶段论，越发深刻地发展了这种认识。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第64—65页
科学的方法论同以往传统的方法论和自己独特创立的方法论有着显著的差别，是在对这样一些方法论进行批判基础上形成的，已决不是那种偏狭的东西了。它犹如是登山中发挥了不可或缺的地图和罗盘那样的效能。今后，象那种不带地图和罗盘而试图登山的人那样的科学家将会越来越减少下去了吧！
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第40页
在本世纪初，正确地揭示了物理学所面临的危机的本质，并正确地指出解决这种危机的途径的，正是俄国革命的指导者列宁。他借助于革命的成功，同样地也根据物理学推动了唯物辩证法的发展。在那之后，物理学的显著进展，即相对论的发现，量子力学的创立、核物理学的发展，基本粒子论的展开使得唯物辩证法越益受到强力的锻炼，为唯物辩证法的内容方面的发展准备了充实的地盘。在量子力学的形成中扮演作为哥本哈根精神的指导性作用的玻尔的对应原理，以及现在在基本粒子论的展开中海森堡所提出的关于存在着规范理论使用界限普遍常数的见解等等，哪一个都是唯物辩证法的意识，是有力地说明第一流(最前列)的科学家如何从自然界获得正确世界观的例子。唯物辩证法只有达到了这种完全的意识的时候，才开始作为充分有效的方法而起作用。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第11页
忠实地记述肉眼所观察到的自然界的面貌，搜集大量的经验事实，作为科学研究的第一步，这确实是重要的工作。但是，真正值得成为科学研究的，应当是去挖掘隐藏在肉眼所能看得到的现象深处的东西，即作为肉眼能看到的现象的本质的构造和法则。“如果现象与本质是一致的话，所有的科学都是多余的。”马克思这句名言，可以说是道出了科学研究的精髓。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第9页
所谓现代科学究竟是什么呢？作为与现代科学相对应的，有古代希腊科学和从文艺复兴开始的近代科学。有人认为古希腊科学不能称之为科学。但古希腊的学问毕竟是一种科学，而且，它即使在现代还具有很大的意义。在古希腊科学中所体现出来的各种各样思考(虑)方法，对所有的现代科学产生很大的影响。如果说一切学问都可以从古希腊科学找到其缘起，也并不算言之过分。即使是我所专门的原子研究其基本思想也是从古希腊开始的，这是众所周知的事实。德谟克里特、伊壁鸠鲁等所倡导的原子论认为，万物是由凭我们的感觉所不能感觉到的微小粒子——称之为atom的所组成的。所以，甚至可以说古希腊的原子论的思想给近代科学以决定性的影响。不拘怎样，古希腊科学是在人类历史上起过巨大作用的科学之一。在它之后，经过中世纪的黑暗，迎来了文艺复兴时代。在文艺复兴时代所起源的科学，被称之为近代科学，而它具有与古希腊科学完全不同的新的性格，正如培根所说的“知识就是力量”这句名言所表示的那样，它成为推动人类进步的伟大力量。即使在今天，仍然有从近代科学所延续下来的方面，大量地残留(保存)有它的遗迹，很多人认为现代科学是近代科学的延续。但是，现代科学既不是希腊科学，也不是近代科学，它具有作为新科学的价值，并且必须具有这种价值否则就不能称之为现代科学了。今天，科学无论从内、外都面临着重大的危机，而这正是现代科学尚还未从近代科学完全脱胎的原因。文艺复兴开始的近代科学理应是给人类带来巨大的幸福的，然而却给现代人带来了巨大的恐怖感。在欧洲，曾产生了希腊科学，创造了近代科学繁荣，但结果怎样呢？它导致了奥斯维辛集中营、广岛、乃至越南这类悲剧的延续。这种结局可说是以近代科学这种特性为基础的学问的必然归宿。现代科学为了不重演奥斯维辛和广岛的悲剧，它必须超越近代科学。在实际上，现代科学已具备克服近代科学弊端的力量。文艺复兴以后发展起来的近代科学，同20世纪我们现在所发展起来的现代科学，看起来像是连续的，然而并不是那样，这有很多迹象显示出来。我们必须扶植这种力量，使得现代科学避免重蹈希腊科学和近代科学之覆辙。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第295—296页
最近，社会上流传着现代是所谓原子能时代，或者宇宙时代等各种各样的说法。而我个人认为，现在这个时代毋宁把它称之为科学时代要更适当一些。之所以这么说，是因为自从进入20世纪之后，现代科学就以非常迅猛的速度发展着的。当然，这种急速的发展，主要是以原子物理学为枢纽而发展起来的。由于它的发展，才有了其他所有学问的相应急速发展。到目前为止，我们已经掌握了支配距离我们日常经验世界非常遥远的世界了，例如我们能支配原子世界。这种更小的世界，还有更大的世界，单凭我们已往的经验是无论如何也不能到达的。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第277—278页
在现象论的阶段之后，是抓住隐藏在现象背后的新的层次的实体的阶段、以及发现支配现象的新的法则的阶段。武谷三男把前者称之为实体论阶段，把后者称之为本质论阶段，他并且指出，对自然的认识，是现象论-实体论-本质论的环不断地螺旋式前进的辩证法的过程。故武谷三段论在自然的辩证法、即自然的累层构造中具有客观的根据的。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第198—199页
20世纪物理学的特征是：第一方面，认识到了自然的层次性(阶层性)，特别是在极微世界，发现了存在着分子-原子-原子核-基本粒子这样一系列层次；第二个特征是认识到所有的法则都具有其适用性的界限，尤其是牛顿力学显然不是亘古不易的大原则。在自然界中从大的星云、太阳系，到小的分子、原子、基本粒子为止，存在着在质方面完全不同的无限的层次，这些层次处于不断地产生和消灭之中，且互相关连、相互依存，创造了一个统一的自然界。这样的一种观点称之为辩证的自然观，业已是19世纪末恩格斯所提倡的观点。20世纪的原子物理学可以说是再发现了这种自然观。
摘自(日本)板田昌一《科学哲学论文集》第197—198页
现代物理学的特征是认识到了一切概念、一切法则都具有它所适用的界限。我们用肉眼所能直接观察到的物体的运动，根据牛顿力学的运动法则就能对它进行正确的描述。但是，对于原子的运动，牛顿力学就不行了，必须让位于量子力学。再进一步，对于具有接近光速那样速度的物体的运动，必定发现相对论理论。从这之后，每每发现自然的更深阶层，古老的法则将被怀疑，新的法则将会创立。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第191页
科学，过去由于各个时代的社会思想，以及自身过度专业化的影响，常常摆脱不了形而上学自然观和实证主义的束缚。科学的进步，因此常常遭到来自这些方面的阻碍，只是基于技术发展的要求才终于得以从停滞状态摆脱出来，有所推动。但是，在今天由于辩证法自然观的确立，科学永远排除了束缚它的枷锁，保障了无限制发展的可能。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第182页
20世纪的物理学获得了新的自然观、世界观，它能洞察从“极端的世界”到“极大的世界”，统一地来把握自然和社会。现代科学和技术在今天已具有了全世界(大区域的或全球)的性质，当它与能够洞察它的整个领域的统一的自然观、世界观联系起来时，才能作为创造新时代的真正伟大的潜力发挥作用。武谷三男博士所论述的“物理学精神”的重要性，其道理就在此。新的自然观虽然冠以“新的”这个形容词，但是事实上这个新的自然观早在上一世纪后半期就由恩格斯阐明了它全部概貌，就是“辩证法的自然观”，它的世界观就是马克思主义的世界观。现代物理学重新发现了自然界的辩证结构，在所有方面使这种自然观丰满了起来。除此之外，更重要的还在于这样一点：由现代科学所证明了的这一新的自然观、世界观，不仅仅用人人都能明白的方法不断地证明和说明世界，它对于变革世界也是极为有效的。的确，唯有新的自然观才是支持“科学时代”的观点，可以说，贯穿着“物理学精神”的现代科学和技术在人类历史上已经具有了划时代的意义。
摘自(日本)坂田昌一《科学哲学论文集》第174页