汉密尔顿理论的基础来自一个谦逊的美国人乔治·威廉斯的观点，并渐渐渗透到许多动物学家的生活中，就如同将一幅地图交给一个迷路的探险者。忽然之间，他们得到一个标准，可以判断对动物行为的解释：它是否有利于其主人基因的遗传？理查德·道金斯在其了不起的作品《自私的基因》（The Selfish Gene）中，进一步探讨和扩展了这个观点。但是与威尔逊不同，他主要探讨的是动物。道金斯说，人类在很大程度上是这个规则的例外，因为他们的大脑有意识，允许他们忽略其自私基因的命令。
威尔逊没有这样的疑虑。在《社会生物学》的最后一章中，他开始推测，人类行为可能也是规划好的基因的产物。同性恋是否是亲属间裙带关系的一种形式，由遗传引导并允许没有孩子的“叔叔”协助亲属后代的养育呢？伦理需要一个演化式的解释吗？“社会学会萎缩为生物学的专业化分支”吗？
威尔逊带着“自然历史的自由精神”做出这样的推测，但他时不时会用年轻时在阿拉巴马听到的浸礼会教徒们使用的福音式语言来表述。从这方面来看，他其实有一个隐秘的动机，他的动力更多地来自扭转宗教风向的目的，而不是为了先天压倒后天而战。
事实上，在解释基因如何与后天合作从而产生人类社会模式方面，他认为自己所持态度温和，并表现出多元论的思想。除了对下个世纪规划型社会不可避免地做过一些准马克思主义式的评论，他无意公开谈论政治。但1975年11月爆发在他身上的那场风暴实在让他吃惊。
这场风暴始于一封写给《纽约书评》（New York Review of Books）的信，署名是一个自称为社会生物学研究组的委员会。在16个签署人中，有两个是威尔逊在哈佛的同事和（他以为的）朋友，他俩是史蒂文·杰伊·古尔德和理查德·列万廷。这封信指责威尔逊是在为一个旧诡计打着新的幌子：
从遗传的角度出发，根据阶级、种族或性别，他的理论为一些特定群体的统治现状和既得特权提供辩护……这样的理论曾在1910～1930年为美国颁布绝育法和限制移民法提供依据，也为导致纳粹德国建立毒气室的人种优化政策奠定重要的基础。
一时间争议四起，次年它还登上了《时代》杂志的封面，不过它很快又沦入先天——后天之争的老套的困境：进步却无情的环境论者与保守却倒霉的遗传论者展开对抗。威尔逊的课堂受到监视。在哈佛大学广场散发给学生的传单上，他被指控为假借课堂来宣传“基因可决定一切社会生活，包括战争、商业成功、男性权威和种族主义”
。列万廷指责他的理论反映了“18世纪资产阶级革命的各种意识形态”，这是马克思主义者常常使用的一个术语。1979年在华盛顿的一次专题研讨会上，威尔逊正等待古尔德的回应时，突然被一群高呼抗议的激进分子泼了一杯冰水。
这个争论的激烈程度在大西洋彼岸也毫不逊色。道金斯在《自私的基因》中，除了提到意识使人从基因的控制中解放出来，主要探讨的并不是人，但是有人指责他为极端右翼政客提供智力支持。同时，威尔逊在之后的两本作品中试图用更长的篇幅来解释自己的观点，虽说服了一些人，却无法让他的批评者感到满意，那些人当时已分化至两个极端。威尔逊面对的是人们受挫的骄傲心理，达尔文和哥白尼也曾遇到同样的情况：人们不喜欢看着自己被驱逐到宇宙中心以外的地方。人类行为的最高地位遭到废黜，其描述中所用的术语与描述蚂蚁行为的术语相同，很多人认为这是在侮辱人类这个物种的自尊，就如同看着地球降格为一颗行星一样。如果威尔逊在措辞上用天生本领的荟萃替代“基因”的话，也许他就不会遭到那么多尖刻的批评了。单单一个DNA 序列就能够决定一个人的社会态度，人们凭直觉就认为这是不对的，而且也觉得是一种耻辱。
一些支持自私基因观点的生物学家没有帮助到威尔逊，这种苦涩的滋味直至今日仍然萦绕不散。一些人认为威尔逊的推测太天真、不成熟，是在自找麻烦。另一些人则对威尔逊的生物帝国主义颇感不安，他吹嘘生物学很快会替代社会学，至少这种观点是冷酷无情的。还有一些人只想寻求安宁的生活，若为一个被说成是种族主义者的人辩护，会让自己也被贴上这样的标签。事实上，对大多数生物学家来说，由遗传决定的动物与由文化决定的人类之间的鲜明区分就像是天赐之物，让他们获得自由：
在和平中继续进行研究，不用畏惧自己可能偶尔会误打误撞一些一触即发的社会或政治事件。这让他们跨越过现代学术界的政治雷区，从而安全行动。
写这段话的人是两个曾在哈佛大学工作过的学者约翰·图比和莱达·科斯米迪。他俩却主动避开安全地带，于1992年试图从内部对社会生物学进行改革。他们提出，一个人表现的行为，无须直接与基因相关联，但行为之下的心理机制则一定与基因有关。因此，举个简单的例子来说，寻找“战争基因”的尝试注定会失败，但反过来若武断地坚持认为战争是写在易受影响的心智这块白板上的纯粹的文化产物，这也同样愚蠢。心智中完全可以有一些心理机制，源于自然选择在过去对基因造成的影响，从而使大多数人倾向于用类似战争的方式对一些情况做出回应。图比和科斯米迪将其称为演化心理学。该研究尝试融合乔姆斯基的天生论的精华部分（心智若要学习，必须要有天生的知识基础），与社会生物学的选择论的精华部分：若要理解心智的某一部分，就要理解自然选择设计这个部分来做些什么。
图比和科斯米迪认为，整个发育程序都发生了演化，该程序负责眼睛、脚、肾或大脑中语言器官的生长。每一个程序都需要成功地将几百个也许几千个基因（其中一些作为泛子也用于其他系统），和预期出现的环境信号整合到一起。这是先天与后天微妙的结合，它尽力避免让二者形成对立：
每次当一个基因在自然选择中脱颖而出胜过另一个基因时，一个发育程序的设计也就因胜过另一个设计而被选择；由于它的结构，这个发育程序与环境中的一些特定方面互相作用，从而使某些环境特征与发育产生因果关联……因此，基因和与发育相关的环境都是自然选择的产物。
然而，关键之处在于，环境不是某个独立的变量。发育过程的设计会明确规定将会用到的环境影响。蜂王浆让一只蜜蜂幼虫长大后成为蜂后，但它不会让一个婴儿在将来成为一个皇后。在图比和科斯米迪看来，基因经过设计后从而适应一些特定的环境，并会在最大程度上利用这些环境。
尽管他们重新强调了环境的作用，图比和科斯米迪也像威尔逊和道金斯一样卷入同样的政治问题中。社会科学界的权威人物反感他们对这个主题怀有抱负，如同不喜欢威尔逊的观点一样，并将他们说成是极端的反动天生论分子。我认为这是一种激进的误解。我认为，图比和科斯米迪并没有完全追寻天真的天生论，而是致力于让其与后天培育结合。他们协助建立的研究课题——演化心理学——既可以接受后天论的解释，也可以接受先天论的解释。例如，在马丁·戴利（Martin Daly）和马戈·威尔逊（Margo Wilson）那儿，它还可以用来解释杀人和杀婴的行为模式。戴利和威尔逊意识到，性选择促成年轻男性成为最主要的谋杀犯，但他们也承认环境在诱发谋杀场景的形成方面起了同等重要的作用。
在莎拉·海尔蒂（Sarah Hrdy）那儿，演化心理学已经假设少年受到过去经历的“规划”，预期接受集体式的养育，而非在一个核心家庭中受到养育。没有人可以把这些研究清楚地划分为“先天”或“后天”的范畴，它们是二者兼有。正如海尔蒂所说：
先天与后天不可分割，但是人类的某些想象使我们倾向于用一分为二的方式去看待世界……复杂的行为，例如养育，尤其当它与“爱”这类更加复杂的情感联系到一起时，我们绝不能说这要么是由遗传预先决定的，要么是环境所导致的。
图比和科斯米迪对社会科学的主要不满在于，这些社会科学想将自己隔离于其他层次的解释之外。（还原论者要为之哭泣了！）杜尔凯姆曾发出著名的宣讲：“每当一个社会事实直接由某种心理现象来解释时，我们总会肯定这个解释是错误的……一个社会事实的决定原因应该要到在此之前的社会事实中去寻找，而不是在个体意识的状态之中寻找。”
也就是说，他拒绝所有的还原论。然而，其他许多科学已成功地整合了所有“低”层次的解释，却没丢失任何东西。心理学运用生物学，生物学运用化学，而化学又运用了物理学。图比和科斯米迪想以这种方式重新解释心理学，即运用基因来解释，这并非是要将基因视为支配人性的、无情的决定主义者，而是视其为由祖先选择并设定的，从外部世界中汲取经验的精妙设备。
图比——科斯米迪式基因的美好之处恰好在于，它整合基因的其他6种定义，并增添了第7种定义。它是道金斯式的有态度的基因（它通过了世世代代的生存考验）；它是孟德尔所称的档案馆（通过千百万年的演化调整将智慧印刻下来）；它是沃森和克里克所说的菜谱（通过RNA 制造出蛋白质以实现效果）；它是雅各布和莫诺所指的发育开关（只在精确规定的组织中表达自己）；它是加洛德式的健康赋予者（在预期环境中确保身体得到健康发育）；它也是德弗里斯所说的泛子（在同一物种和其他许多物种的不同发育过程中反复得以使用）。但它也可能是某种别的东西，它像是一个从环境中汲取信息的设备。
初看SPY 基因，这个位于Y 染色体上的雄性化基因，我们觉得它就像是一个遗传决定分子，这会让社会学家们气郁难消。我之前提过它会引发一连串的事件，（通常）使男人坐在沙发上、喝着啤酒并观看足球比赛，而女人则会逛街和闲聊。但是，换另一种方式来看，它却是后天培育的重要仆从。在成百上千的下游基因的协助下，它的工作、目的和欲望就是让拥有它的主人从后天养育和环境中汲取某些特定的信息。它汲取所需食物的营养以生长男性身体，提取所需的社交线索以培养男性心理，提取所需的性别信号以发展男人的性偏向，甚至汲取技术知识来表现现代世界里的男性化的个性（比如爱好玩具手枪或遥控器）。它——更确切地说是它启动的发育程序——在发育过程中受到环境里一些变化的引导和调整。假设我们找到一个中世纪欧洲的男婴，用时光机器将他送到现代的加利福尼亚，让他在此接受养育，我敢打赌说他更感兴趣的是枪支和汽车，而不是剑和马。SRY 仅仅是一个美化了的后天汲取者。
这里再一次提出我写这本书的本意。基因本身是不可更改的、作用不大的决定因子，产生大量可预测的信息。然而，由于它们的启动子会应对外界指令做出启动和关闭的回应，基因无法在行动过程中固定下来。相反，它们是用来从环境中汲取信息的设备。每一分每一秒，大脑中所表达的基因模式都在改变，通常以直接或间接的方式对外部事件做出回应。基因是经验机制。