耶稣得到广大人民、尤其是穷人的拥护，但也遭到犹太上层人物，包括撒都该人和法利赛人的仇视。撒都该人属希律党人，由犹太贵族、大祭司等人组成。法利赛人属犹太经师、经学教师，亦称文士。他们处处刁难耶稣，甚至设计陷害他。耶稣则针锋相对揭露他们，尤其是对法利赛人。由于他们口不离律法，自认为只有他们精通律法，维护律法，对群众颇有迷惑性。耶稣在人民中对他们的揭露最深刻、最犀利，骂他们是假冒伪善者。“伪善者”几乎成了法利赛人的代名词。
耶稣曾对法利赛人说：“律法和先知的效用到施洗约翰为止。从此上帝的福音传开了，人人都努力挤进去。可天地的消逝要比律法的一点一划被涂抹还容易。”
耶稣经常提醒门徒要提防法利赛人和撒都该人的阴谋和毒素。一次耶稣同他们一起上了船，门徒们发现他们忘了带上足够的食品，当时全船只有一个饼。他们忽然听见耶稣警告他们：“你们要小心法利赛人和希律的酵母。”
门徒们不解，互相议论说：“他说此话是因为我们没饼吧！”
耶稣已知他们在想什么，就说：“你们为什么还在议论没饼一事呢？难道你们就这么不明白，头脑就这么迟钝？你们有眼看不见、有耳听不到吗？你们还记不记得我用5饼2鱼喂饱了五千人还剩余了多少？”他们答：“12篮子。”耶稣又问：“我掰开7饼喂饱4000人还剩多少？”他们答：“7篮子。”耶稣说：“那你们怎么还不明白我的意思？”门徒们这才恍然大悟，原来耶稣要他们提防法利赛人和撒都该人流毒的扩展。
耶稣与法利赛人斗争的一个重要方面是对律法的理解。
一次，施洗约翰的门徒和法利赛人正在禁食，有人间耶稣说：约翰的门徒和法利赛人禁食，而你的门徒却不禁食广耶稣说：新郎在婚宴上的时候，贺喜的人会禁食吗？只要跟新郎在一起，那些人就不会禁食。可是日子到了，新郎被带走，他们就要禁食了。没人会用新布去补旧衣服，如这样，新的补钉就会使旧衣服撕破，裂缝更大；也没有人拿新酒装在旧皮袋中，这样新酒就会胀破旧皮袋，使袋破酒漏，所以新酒要装在新皮袋中。
有一个安息日，耶稣和众门徒经过一片麦田，边走边摘一些麦穗。法利赛人见到后就去责问耶稣说：“你管教不严，你的门徒违反了安息日的戒律，做了不许做的事。”
耶稣说：“你们难道没念过经上说的，大卫在需要食物的时候做了什么？他与随从饿了，就进上帝的圣殿，吃了献给上帝的供饼……据我们的律法，只有祭司才能吃供饼，可大卫吃了，还分给随从吃。”耶稣接着说：“安息日是为人设立的，人不是为安息而生存。人子也是安息日的主。”
一些法利赛人和耶路撒冷来的文士一同去见耶稣，见耶稣门徒不像他们先洗手再吃饭，就问耶稣：“为什么你的门徒不遵守祖先遗训，竟用不干净的手去吃饭？”因为按犹太人传统，一定要洗过手才吃饭，街上买的东西不经洗涤也不能吃。此外他们还有一大套陈规戒律，对如何洗杯子、洗锅、洗铜器、铺床等等都有详细规定。
耶稣说：“以赛亚对你们这班伪善之辈的预言确实是千真万确：上帝说，‘这些人用舌唇敬我，而心却背离我。他们把人的规定当作我的命令，这种敬拜是徒然。’”耶稣又说：“你们遵古人遗训而放弃了上帝的律法。你们巧妙地拒绝上帝的律法，为的是保留你们的传统。摩西命令你们‘要孝敬父母，咒骂父母的，要受死刑’，而你们偏说：‘要是有人把奉养父母的东西当作献给上帝的供物，就不必奉养父母了。’你们这么做就是把你们的传统取代了上帝的道。你们还做了许多其它类似的事。”
耶稣驳斥了法利赛人后，又对众人说：“你们要听从我，领悟我的话。那些由外入内之物不会玷污人，唯有从内往外之物才能玷污人。”等众人走后，门徒问他此话何意。耶稣说：“你们也与他们一样不明白？那些从外入内的东西不是进入人的心灵，而是进入肚子，然后排泄出来，因此不会玷污人。而那些从内往外的东西是从人心中发出来的种种恶念。人受恶念支配就会去犯罪：偷盗、凶杀、奸淫、贪婪、邪恶、诡诈、放荡、嫉妒、诽谤、骄傲、狂妄等等。这些都是从人心内发出，能玷污人。”
一些法利赛人设计了圈套来见耶稣。他们说：“根据我们的律法，丈夫是否可以用任何理由休妻？”耶稣说：“你们难道没有念过经文？经文说：‘太初，造物主造男又造女。’又说：‘因此，人要离开父母，与妻子结合，两人成为一体。’所以夫妻不再是两个人，而是一体，上帝配合的人，不可分离。”
法利赛人又问：“那为什么摩西给我们的诫命说，男人给妻子一张休书就可把她休了呢？”
耶稣说：“摩西准许你们休妻是因为你们的心肠太硬，但在创世初期并非如此。我告诉你们，除非妻子不贞，任何人休妻，再与其他女人结婚就是犯了奸淫。”
门徒听后说：“丈夫和妻子既然是这种关系，倒不如不结婚。”
耶稣说：“这些教诲并非人人都能接受，只有得到上帝特别恩赐的人才能接受。因为人不结婚的理由很多。有些人是生来不适宜结婚；有些人是因人为原因不能结婚；另一些人是为天国的缘故而不结婚。能接受这一教诲的就接受吧。”
耶稣和他的门徒一次去耶路撒冷圣殿讲道。当他们进入圣殿后，犹太文士、祭司长、长老等人前来责问他，是谁给他权柄做这些事的。耶稣反问他们说：“你们能否先告诉我，施洗约翰的权柄是从哪里来的？是从上帝那里，还是从人那里来的？”
他们商量如何回答耶稣，便说：“如果我们说是从上帝那里来的，他就会说：‘那么你们为什么不相信约翰？’如果我们说从人那里来的，那么百姓那里通不过，因为他们都相信约翰是先知。”于是他们就对耶稣说他们不知道。耶稣说：“那我告诉你们一个故事。某人有两个儿子，他对老大说：‘孩子你今天去葡萄园工作。老大说：’我不去。‘但后来他改变了主意，又去了。父亲又叫老二去葡萄园，老二说：’好的，爸爸，我就去。可是他并没有去。你们说这两个儿子究竟那一个遵照父亲的意思呢？”他们说：“那个大儿子。”耶稣说：“我告诉你们，娼妓和税棍都要比你们先成为上帝的子民。因为施洗约翰来了，他指示你们走正路，可你们不信他；而税棍和娼妓都信了他。你们见了却依旧故我，丝毫没有转变，仍然不信他。”
耶稣又用了一名坏佃户作比喻说：“有一人开垦了一个葡萄园，周围用篱笆围着，在园内挖了一个成酒池，并盖了守望塔，然后将葡萄园租给佃户们，自己则外出旅游了。到了收获的季节，他打发仆人向佃户去收取他应得的份额，但仆人却遭到佃户们的毒打，只得空手而归。主人又派另一名仆人去要，佃户们又把仆人的头打破了，还侮辱他。主人再次派仆人去，这次佃户们竟把他杀了。就这样，主人派了一个又一个的仆人，不是被打就是被杀。最后主人只得派他最疼爱的儿子去，心想：‘他们会尊敬我儿子的。’谁知这些佃户彼此商量说：‘此人是园主的继承人，我们把他杀了，产业就归我们了。’于是他们就抓住了那儿子，把他杀了，把尸体扔到葡萄园外面。”耶稣接着问他们：“你们看，这位葡萄园主该怎么办？他一定是去杀灭这些佃户，把葡萄园租给他人。我想你们一定念过这段经文：泥水匠所丢弃的这块石头，已成为最重要的基石。这是主所做成的，有多么奇妙。”犹太人知道耶稣比喻的是他们想捕逮他，又怕引起众怒，只能灰溜溜地走了。
又有法利赛人和希律党徒来找耶稣话柄，设计害他。他们对他说：“老师，我们知道，你不管人们怎么想，也不看人的情面，只是诚实地用上帝旨意教诲人。请告诉我们，向罗马皇帝凯撒纳税是否违背我们的律法？我们该不该纳？”
耶稣看穿了他们的诡计，便说：“你们为什么要陷害我？请把一枚银币取来让我看看。”于是他们递给他一枚银币。耶稣问：“这上面的名号和像是谁的？”他们答：“是凯撒的。”
耶稣说：“那么凯撒的东西归凯撒，上帝的东西归上帝。”他们听后惊讶不已，竟无言以对。
一些不相信人会复活的撒都该人来见耶稣，说：“老师，摩西为我们立法：‘如一人死了，没有儿女，他的弟弟必须娶嫂为妻，为他哥哥传宗接代。’曾有兄弟七人，老大结婚死后无子女，老二就娶了寡嫂，也无子女，但不久他也死了，于是老三又娶了她，结果也死了。最后七个兄弟都娶过这一女人，但他们都死了，而且都无子女，最后那女人也死了。那么请问到复活那天，这女人算是谁的妻子呢？”
耶稣说：“你们错了，你们不懂上帝的权能，因为人复活时就像天使一样，不娶也不嫁。关于死人复活的事，你们难道没念过摩西律法书上记载的荆棘燃烧的故事吗？上帝对摩西说：‘我是亚伯拉罕的上帝、以撒的上帝、雅各的上帝。’意思是上帝是活人的上帝，而不是死人的上帝。你们完全错了。”
一些法利赛人聚集在一起，耶稣问他们：“你们怎么看待基督？他是谁的后代？”
他们回答：“他是大卫的后代。”
耶稣说：“你们怎么说基督是大卫的后代？大卫在受圣灵感动时曾说过：‘主对我主说：你坐在我的右边，等我使你的仇敌屈伏在你脚下。’大卫称他为‘主’，基督怎会是大卫的后代？”他们面面相觑，竟无一人能回答这一问题。
耶稣就对群众及门徒说：“文士和法利赛人站在摩西地位解释律法，你们要尊重他们的教诲，但不要模仿他们的行为。这些人只会说不会做。他们把难担和重担捆扎了，搁在别的肩膀上，自己却连一根指头都不动。他们无论做什么都是给别人看的。他们佩带着很大的经文包，又加长了衣服的穗子；他们喜爱坐宴会的首位和会堂中的高位，又喜爱人们在大街上向他们问安并称他们为拉比（老师）。其实你们不要接受拉比这一称呼，因为你们彼此都是兄弟，只有一位是你们的老师。你们不要称地上的人为‘父’，因为你们只有一位天上的父。也不要接受师尊的称呼，因为你们只有惟一的师尊，即基督。你们中谁最大，谁就得做大家的仆人。凡自高的人必被降为卑微，而自甘卑微者必被升高。”
耶稣讲了一则比喻，是针对那些自以为是、轻视别人的人说的。他说：“有两个人到圣殿祷告，一个是法利赛人，一个是收税人。那个法利赛人昂然站立，祷告说：‘上帝啊！我感谢你，因为我不像别人那么贪婪、不义、淫乱，更不像那个税棍。我每星期禁食两次，又奉献全部收入的1/10.’而那位收税人远远地站着，连头都不敢抬，只是捶胸说：‘上帝可怜我这个罪人。’我告诉你们，在上帝眼中的义人是那个收税人，而不是那个法利赛人。因为凡自高的必降为卑，而自卑的必升为高。”
耶稣又严厉谴责伪善的文士和法利赛人说：“你们要遭殃了！你们当人面把天国之门关起来，自己不进去，还不让别人进去……你们占寡妇的便宜，吞没她们的家产，却在人前作长篇祷告，你们定会受更严厉的惩罚……你们竟说：‘如果有人指着圣殿起誓，这誓可不算数；如指着圣殿的金子起誓，就必须遵守。’……试问金子重要还是使金子成圣物的圣殿重要？你们又说：‘如有人指着祭坛发誓可以不算，如他指着祭坛供物发誓就必须遵守。’……究竟供物重要还是使供物成圣物的祭坛重要？人指着祭坛发誓，就是指着祭坛及坛上的一切供物发誓，指天发誓，就是指上帝的宝座及坐在上面的上帝发誓……你们连调味的香料……等物都献上1/10给上帝，但律法真正重要的教训、公义、怜悯、信实反倒不要了。这些重要的教训才是你们必须实行的，不可不行的。你们这些瞎眼领路的，蠓虫你们滤出来了，骆驼你们倒吞了下去……你们把杯盘外面洗得干干净净，里面却盛满了强暴自私。瞎眼的法利赛人哪！先洗净杯子的里面，外圃也就干净了……你们好像那粉刷了的坟墓，外面好看，里面却全是死人骨头和污秽之物。你们也是如此，外面显出公义来，里面却装了伪善和不法之事……你们替先知修坟、为圣贤立碑，还说：‘如果我们生活在祖先的时代，我们决不会像他们那样杀害先知！’可见你们已承认是那些杀害先知的人的子孙了！你们尽管去继承你们祖宗的恶贯满盈。你们这些毒蛇之种，怎能逃脱地狱的刑罚。我要派先知、哲人、文士到你们这里来。有的要被你们杀害，有的要被你们钉十字架，有的要在你们的会堂中受鞭打，被从这个城追到那个城。因此一切杀戮无辜的罪都要归到你们身上，从义人亚伯的血直到在你们圣殿和祭坛间所杀的巴拉加的儿子撒迦利亚的血为止。我实在告诉你们，这些惩罚都要归到这一世代了。”
耶稣谴责的是那些伪善的文士和法利赛人。但对少数接受他教诲的文士，耶稣是给予肯定的，而且向他们揭示天国的奥秘。
一位文士听到耶稣与撒都该人辩论，认为耶稣强调“上帝是活人的而不是死人的上帝”这句话十分正确，就上前向耶稣提出一个问题：“诫命中哪一条最重要？”
耶稣说：“第一重要的就是：‘以色列啊，你要听！主——我们的上帝是唯一的主，你要尽心、尽性、尽意、尽力爱主——你的上帝’。其次就是‘爱人如己’，没有其它诫命比这两条更重要的了。”
那位文士说：“老师，你说得对！正如你所说的，上帝是唯一的主，他以外没有别的上帝。人要尽心、尽智、尽力爱他，又要爱人如己，这比一切燔祭和各种祭祀要重要得多。”
耶稣看出他的回答很有智慧，就对他说：“你离上帝的国不远了。”
还有位法利赛人名叫尼哥底母，是犹太人领袖。一天晚上，他去见耶稣说：“拉比，我们知道你是从上帝那里来的教师。你所行的神迹若无上帝同在是无人能行的。”耶稣说：“我实实在在地告诉你，人如不重生，就不能见到上帝之国。”
尼哥底母说：“一个已老的人怎么能重生呢？难道能重进母胎再生下来吗？”
耶稣说：“我实话对你说，人要不是从水和圣灵重生，就不能进上帝之国。从肉身生的是肉，从灵生的就是灵。不要因为我说你们必须重生而惊奇。风随意吹动，你听见它的声音却不知从何而来，往哪里去，凡从圣灵生的也是这样。”
尼哥底母问他怎么会有这种事？耶稣说：“你是以色列人的教师，还不明白此事么？我实话告诉你，我们所说的，是我们所知道的；我们所见证的，是我们所见到的。你们却不愿接受我们的见证。我告诉你们关于这世上的事，你们尚且不信，我要告诉你们天上的事，你们怎么会相信呢？除了从天上降下来的人子，从没人上过天。摩西在旷野怎样举蛇，人子也必照样被举起来，使一切信他的人得永生。上帝爱世人，甚至把他的独子赐给他们，叫一切信他的不至灭亡，反得永生。因为上帝差遣他儿子降世不是来定世人的罪，而是让世人藉着他而得救。信他者不会被定罪：不信的人则罪已定了……”
尼哥底母虽当时不甚明白耶稣的意思，但在以后法利赛人要逮捕耶稣时，他就为耶稣说话。他说：“不先听本人口供，不知他作什么，难道我们的律法就能定他的罪？”在耶稣被处死后，又是尼哥底母带着100斤左右的没药、沉香，按犹太人殡葬仪式，把耶稣的身体用细麻布和香料裹上。
是谁，你必定早就会求他，他也必早给你活水了。
那妇女说：“先生，你没打水器具，井又深，你到那里去取活水呢？我们的祖先雅各给我们这口井，他及他的子女、牲畜都喝这口井的水，难道你会比雅各还大？”
耶稣说：“喝了这水的还会再渴。但是，谁喝了我给的水，将永远不再渴。我给的水要在他里面成为泉源，使他得到永恒的生命。”
这位妇人说：“先生，请给我这水，使我永远不渴，也不用再来此打水了。”耶稣对她说：“你去把你的丈夫也叫来。”
这位妇女回答说：“我没丈夫。”
耶稣说：“你说你没丈夫是不错，但你曾有过五个丈夫。你说的是真话。”
女人说：“先生，我看出你是位先知。我们撒玛利亚人的祖先在这山上敬拜上帝，你们犹太人却说耶路撒冷才是敬拜上帝的地方。”
耶稣说：“妇人，你应当信我，时候一到，人们将不在这山，也不在耶路撒冷敬拜天父。你们不知道所拜的是谁，而我们犹太人知道所拜的是谁，因为救恩是从犹太人来的。可是时候一到，实际现在就是时候了，那真正敬拜天父的，要用心灵和真诚敬拜。这种敬拜是天父所要的。上帝是灵，敬拜他的人必须以心灵和真诚敬拜。”
那女人说：“我知道那称为基督的弥赛亚将要来，他来了必将把一切事都告诉我们。”
耶稣说：“与你说话的就是。”
正值此时，耶稣的门徒们回来了，看见耶稣与一位妇女谈话十分惊奇，但他们什么也没问。那位妇女放下水罐，走进镇内，逢人便说：“你们快去看，有一人把我平生所做的一切都说出来了，也许他就是基督。”人们都跟着她离镇前往井边去见耶稣。
那位妇女离开后，门徒请耶稣用餐。耶稣说：“我有食物，是你们所不知道的。”
门徒们深感奇怪，互相议论说：“难道已有人给他送食物了？”
耶稣见他们议论，知道他们不明白，就对他们说：“我的食物就是遵行差遣我来的那一位的旨意，要完成他交给我的工作。你们不是说，要再过四个月才到收割的时候么？我告诉你们，举目向四周看看吧！庄稼已经熟了，可以收割了。收割人得到了报偿，为永恒的生命积攒了食粮，播种的和收割的都同乐。俗语说：‘前人栽树，后人乘凉。’此话确实。我差遣你们去收割你们没有耕作的田地；别人辛劳，而你们享受他们辛劳的成果。”
叙加镇许多撒玛利亚人听那妇女说，耶稣把她所做过的事都说出来了，便都相信了耶稣。他们来到耶稣面前，恳留耶稣与他们一起住。耶稣在那里住了两天，教诲开导他们。不少人听后都信了他。他们对那位妇女说：“我们现在真信了，不是因为听你说的，而是因为亲耳听了他的教诲，确信他是救世主。”
对那些渴求他道的妇女，耶稣都积极支持。
一次耶稣和门徒来到伯大尼小村庄，受到马大和马利亚两姐妹热情接待。马大为招待耶稣一行人忙前忙后，端茶做饭，而她妹妹马利亚却静静坐在耶稣身边，听他的教诲。马大见妹妹不帮她干活，有些生气，就对耶稣说：“主啊！我妹妹让我一人伺候你，你不介意吧！请叫她来帮帮我。”
耶稣说：“马大、马大，你为许多事情劳神费心，但只有一件事是不可缺少的。马利亚已选择了那最好的事，无人可夺走。”
当耶稣预知自己将受死前的几天，他又来到伯大尼村。有人为他准备了晚餐，马大帮忙招待，拉撒路与其他客人陪耶稣用餐。这时，马利亚拿了一瓶极珍贵的香油，倒在耶稣脚上，又用自己的头发去擦，顿时，满屋香气扑鼻。这时耶稣的一位门徒，即不久将出卖他的加略人犹大说：“为什么不拿这香油去卖300银元，以救济穷人呢？”犹大说此话决非对穷人的关心，实际上他本人就是个贼。当他经管团体的钱财时，常盗用公款。
耶稣说：“由她吧！何必为难她？她为我做了件美好的事。你们常可同穷人在一起，只要愿意，你们随时可帮助他们。可我不能常与你们在一起。她倒香油在我身上，是为我的日后埋葬作准备。我告诉你们，普天之下，福音无论传到何处，人人都要述说她的事，纪念她。”
耶稣在被处死后三天复活时，他最早是向几名妇女显现，其中有抹大拉的马利亚、雅各母亲马利亚等人。
在耶稣那时代，妇女普遍受社会的歧视，但耶稣却像兄长般地仁慈地对待她们。