孔融果然不负众望，在儒学、文学上都有相当成就，备受世人尊重，推崇。曹操挟持汉献帝迁都许昌后，专门把孔融从北海请到朝廷，担任掌管宫殿建筑及宗庙祭祀的高官，后又任少府，应该说曹操对孔融礼遇有加。但是，孔融后来却被曹操杀害，这是何故呢？
有人认为是政治原因。孔融对曹操的主张屡持反对意见，被曹操所忌恨，遭到诛杀。公元200年，曹操欲与袁绍大战，孔融坚决反对。结果，曹操赢得官渡大战全胜。曹操远征鸟桓时，孔融认为此乃草芥小患，不值得兴师北伐。曹操越发讨厌孔融对其政策的指手画脚。曹操准备发兵讨平刘表时，孔融又持反对意见：“天下初定，应稍微安定一段时间，再行征伐之事。”曹操认为孔融故意与己作对，就欲除掉他。
曹操为节约粮食，曾颁布一道禁酒令。孔融极爱饮酒，就给曹操写了一封亲笔信，专讲饮酒益处，还嘲讽曹操道：“天上有颗‘酒旗’星，地下有个‘酒泉’郡，人有海量称‘酒德’，帝尧千锤称圣人。您如果非要禁酒，就把婚姻也禁止算了。”曹操忌惮孔融的才子大名，强忍愤怒，没有立即动手杀他。然而，孔融针对曹操的“挟天子以令诸侯”之为，上奏曹操《宜准古王畿之制》，主张“尊崇天子，扩大君权，削弱诸侯权势”。简直是要曹操还政于汉献帝!曹操对孔融这个政敌，再也忍无可忍。寻其罪状，将其杀害。
有人认为是性格原因，导致孔融被杀。孔融是名门之后，誉满清流，性格迂腐，疏狂，出言无忌，目空一切。孔融鄙视权贵，与当权人物多次闹翻。早年时候，孔融奉谒拜贺外戚何进荣升大将军，因何进未及时接见，孔融夺回拜谒摔在地上，惹得何进大怒。若不是有人劝阻，孔融早已丧命。后来，孔融又与袁绍结怨，袁绍对他恨之入骨。孔融这人软硬不吃，不受笼络，不愿攀附。对于当朝权贵曹操也敢讥讽，曹操岂能容他？
当初，曹操打败袁绍，攻下邺城，把袁绍的儿媳甄氏嫁给了曹丕。孔融就给曹操写了亲笔信，说：“从前，武王伐纣，将纣王爱妾妲己赐给弟弟周公。此次，曹公效仿武王，将甄氏赐给世子，颇有胸襟，可喜可贺!”曹操以为此乃美谈，回到许昌就追问孔融典出何处？孙融却慢悠悠地回答：“啊，是我想出来的。我分析武王英明仁厚必不忍心杀死美人，把妲己赐给兄弟，正可满足怜香惜玉之心和顾念同胞亲情之意，岂不是两全其美吗？”曹操这才明白孔融在嘲笑他们父子，心中暗暗怀恨。可孔融过后儿就把此事忘掉了。
孔融有个朋友，叫祢衡。此人读书很多，狂傲无比孔融向曹操推荐祢衡，说他德才兼备，像一只羽毛美丽而又勇敢的鱼鹰。可是，祢衡初见曹操便轻狂无礼，把文武百官称作奴才。曹操忍住怒火，让祢衡作帐下鼓吏。祢衡却击鼓骂曹，令孔融十分尴尬。后来，曹操假借黄祖之手杀掉了祢衡。但对孔融也很生气，怀疑孔融举荐祢衡的用心是侮辱自己，对孔融的怨恨更深了一层。
曹操是什么样的人呢？在《汉纪》中说他“外虽宽容，而内不能平”。曹操历来狡诈多疑，胸积怨毒，心不容人。曹操虽然爱才，但不爱不亲附自己之才。对于恃才傲世的孔融，他无法容忍。后来，孔融又口无遮拦地发表意见，反对曹操的禁酒令及征乌桓、平刘表之举，曹操决心让他闭嘴。御史大夫郗虑列出孔融几大罪状。恰巧，东吴孙权使者也来许昌。孔融自恃曹操顾及影响不敢将他治罪，就当着吴使的面儿讽刺讥笑曹操，令曹操恼羞成怒。孔融被斩，其妻及两个幼子也惨遭斩首。孔融之才引来了杀身之祸。
孔融因何被诛，曹操最清楚。后世之人说不清楚他到底死于政治原因，还是性格原因。这个谜留待日后破译吧。