对苏轼的审问进行了一百多天，苏轼的政敌李定等人，千方百计罗织罪名，妄图把苏轼置于死地，他们的卑鄙行为引起了很多人的不满。
除湖州、杭州等地的百姓请和尚念经为苏轼祈福外，前太子少师（太子的老师）张方平、前吏部侍郎（相当铨叙部次长）范镇替他上疏求情，于是情势缓和下来。再加上神宗原本就喜爱他的文学，又有生病的曹太后（神宗祖母）为他说情，最后只定了苏轼“讥讽政事”之罪。是年十二月二十八日，神宗皇帝判他流放黄州（今湖北省黄冈县），苏轼终于免于一死。
元丰三年（公元1080年），苏轼被贬为黄州团练副使。刚到黄州，生活困难、没有薪俸，连住的地方都成问题。后来，只好暂居定惠院里，天天和僧人一起吃饭，一家大小靠仅剩的钱节俭过活。老友马正卿实在看不过去，替他请得可城东营防废地数十亩，让他耕种、造屋。他汗流浃背地在东坡上辛勤耕作，妻子王氏则在一旁打下手，夫妻二人同甘共苦。
由于苏轼亲自在东坡开荒种地，所以便对这个曾经长满荒草的地方产生了深厚的感情，他赞扬这东坡如同山石般坎坷坚硬的道路，要自己也必须不避艰险、乐观地在人生坎坷的道路上前行。他把东坡看做是自己个性的象征。辛苦一年后，苏轼在东坡旁筑了一间书斋，命其名为“东坡雪堂”，从此自号“东坡居士”。
苏轼在经过了此次的文字狱冲击后，胸中郁积着无数要说的话，他虽然一直压抑自己的激情，不想再写诗惹祸，但创作的激情岂是能压抑住的？他一面在诗中倾诉自己的冤屈与不平，一面又在张罗日常茶饭的生活中寻找淡泊自得的喜悦，以保持心理平衡。一有空，他就到处寻幽访胜，悠闲度日。这段期间对苏轼而言，是他文学创作的一个高峰。
原因有二：一、在这些年中，他刻苦读书，因而在知识方面有了新的拓展。二、由于“乌台诗案”给他打击很大，从而他深深体会到自己在做人方面有些欠缺，因而写了不少与修养有关的文章，如《前赤壁赋》，即在探讨人生的变与不变的道理。除上述《前赤壁赋》外，他还作了如《念奴娇·赤壁怀古》、《后赤壁赋》等作品，来阐发自己旷达的人生态度。此时的苏轼，不仅在文学艺术的造诣上达到了顶峰，而且在做人的原则上也达到了极高的境界。苏轼的文章汪洋恣肆，明白畅达，其诗清新豪健，善用夸张比喻，在艺术表现方面独具风格。词开豪放一派，对后代很有影响。擅长行书、楷书，取法李邕、徐浩、颜真卿、杨凝式而能自创新意，用笔丰腴跌宕，有天真烂漫之趣。元丰七年，神宗下令苏轼离开黄州，改授汝州（今河南省汝南县）团练副使。路过金陵（今南京市）时，遇到当年政敌王安石，两人谈得很投机，这时的东坡对王安石仍不客气，亲切地责备王安石不该连年在西方用兵，又在东南造成大刑狱，而违背了祖宗仁厚的作风。这个时候的王安石已经历尽沧桑，胸襟也开阔多了，不但不见怪，反而对别人说：“真不晓得再过几百年，才能出现像东坡这样的人物!”
元丰七年，苏轼四十九岁时，宋神宗为他恢复名誉，任为登州（今山东省蓬莱县）知事，仅十余日，又受朝廷之诏出任礼部郎中。这年腊月调回京都开封，任起居舍人。元丰八年（公元1085年）三月，大力推行新法的神宗在位十九年后崩逝，年仅十岁的哲宗即位，高太后垂帘，大力提拔旧派人物，东坡奉召还朝，太后命坐赐茶，又撤御前金莲烛台送他回院。由于太后废除新法，政局的情势开始逆转，原为政权中枢的新法派群臣被排斥。司马光等昔日的重臣们又得以重新执政。后世史家称之为“元祜更化”，旧法派继续当权执政。
第二年，苏轼晋升为中书舍人、翰林学士、知制诰，同时兼任侍读。苏轼进京后不到一年的时间，就升了三次官，但此时的苏轼已对做官没有兴趣了。人京以后，苏轼发现实施了十几年的新政，有一部分已经有相当的成果，司马光上台后，却不分青红皂白地完全废止，他有点不以为然。东坡本来也是反对新政的健将之一，但是他的言行和主张，是对事不对人的，现在他和王安石又有了进一步的交情，对新政也有了一定的了解，他的态度自然有所改变。他认为新政中的“免役法”尤其出色，功在当代，利在千秋，力劝司马光采用，司马光坚决不肯。这样一来，保守派的人便说他是王安石的新法派了。可是新法派的也并不把他当作自己人，所以东坡便成为夹缝里的人物，两面都不讨好。
这年九月，旧法派的领袖司马光去世，使得旧法派四分五裂，陷入了丑陋的派阀之争。集宋朝理学之大成的程颐领导的洛党和苏轼等人的蜀党势不两立，朔党夹杂其间，也纠缠不清，派阀之争愈演愈烈，甚至涉及到对私事的诽谤。
元佑四年，苏轼想离开这个是非之地，便请调转任杭州知事，上任时，杭州人焚香列队欢迎，不料苏轼刚到任就遇到严重的天灾和病害。后来，他在此地修建了我国第一所公立医院。苏轼在知事任内修筑了与白居易的白堤齐名的西湖苏堤。元祜六年又奉召出任翰林学士承旨，并兼任侍读，但是遭到作风激进的朔党的排斥，不到几个月又被调任颖洲（今安徽省阜阳市）知事而离开朝廷，次年转任扬州（江苏省扬州市）知事。元佑七年（公元1092年）九月，苏轼又被召回朝廷，出任兵部尚书，十一月晋升为礼部尚书，这是苏轼从政以来的最高职位。
苏轼的职位越升越高，而对立的党派对他的攻击也愈演愈烈，甚至有人对其以前的文字狱（即乌台诗案）大作文章。郁郁寡欢的苏轼请奏调任江南之地，但未获批准。元祜八年九月，苏轼出任定州（今河北省定县）知事。同月，高太后崩逝，“元祜更化”也随之宣告结束了。
元祜八年九月，十八岁的哲宗开始亲政，重新推行其父神宗所主张的新法。政权又转移到吕惠卿等新法派人士的手里，于是又对旧法派展开了严酷的弹劾。绍圣元年（公元1094）四月，五十九岁的苏轼被指称诽谤朝廷，贬为岭外英州（广东省英德县）知事，六月，在转任英州的途中又受命流放惠州（今广东省惠州市）。在惠州的两年中，苏轼生活困窘，有时连酿酒的米也没有，吃菜也得靠自己种。可是苏轼这一辈子对磨难早就习惯了，他对这一切安之若素。他有两句诗写道：“为报先生春睡足，道人轻打五更钟。”即使身处遭人唾弃的岭外之地，也不因此而丧志，仍旧悠然地过着清贫的生活。
不料京城朝廷的奸人仍不肯罢休，再度以莫须有的罪名加害于他。这次苏轼竟被放逐到有天涯海角之称的儋州。儋州在海南岛，是一个人迹罕至，瘴疠丛生之地而苏辙当时则被贬在雷州，两地间隔着海峡，两人要分手时，苏轼还打趣说“莫嫌琼雷隔云海，圣恩尚许遥相望。”
到了儋州，苏轼一贫如洗，为了糊口，他连酒器都卖掉了，可是他没忘了读书，这一段时间他最爱读柳宗元和陶渊明的诗。他还常常带上个大酒瓢，在田野里边唱边走，作诗自娱。他还结交了不少平民朋友，闲了就去串门，跟野老饮酒聊天，还常常给乡邻看病开方。苏轼晚年流放海外的岁月很艰苦，但他仍然超然洒脱，并自得其乐。
元符三年（公元1100年）正月，哲宗崩逝，徽宗即位，大赦天下，皇太后向氏摄政，试图促成新旧两派的和解。五月，苏轼被赦免了流放海外之罪，并被提举为成都玉局观。在自惠州后七年的流放生活中，苏轼一家死了九口人，虽然生活对他如此残酷，垂暮之年的他依然乐观开朗、富有朝气。苏轼六月渡过琼州海峡返北，月夜在浔江边时，他吟诵道：“我心本如此，月满江不湍。”
百姓并没有忘记这位大诗人。苏轼北还，经过润州、前往常州时，运河两岸拥满了成千上万的百姓，他们随船前行，争着要看看这位久经磨难的大诗人的风采。然而，此时的苏轼因旅途劳顿早已染病在身。建中靖国元年（公元1101年）六月，苏轼卧病常州，七月二十八日，苏轼逝世，一代文豪就此陨落，死时六十六岁。