美国政府机构中，卫生机构是美国卫生与公众服务部（HHS）的一部分。主要的卫生和科研机构大都隶属于卫生与公众服务部助理卫生部长领导下的美国公共卫生署（PHS）。其下属机构包括国家卫生研究院（NIH）、食药局（FDA）以及疾控中心（CDC）。
国家卫生研究院由不同的独立机构组成，它们从事与卫生问题相关的实验室研究，实验室大都隶属政府。国家卫生研究院最大的两个研究机构，也是进行艾滋病研究最多的两个机构，分别是国家癌症研究所（NCI）和国家过敏及传染病研究所（NIAID）。
疾控中心由处理各种公共卫生问题的不同中心组成。其中最大的是传染病中心，在那里，艾滋病研究通过大部分流行病来进行研究。卡波西肉瘤和机会性感染工作组（KSOI特别工作组）后来改名为艾滋病特别工作组，之后又改为艾滋病活动办公室，它也是疾控中心的一部分。
卡波西肉瘤研究和教育基金会（KS基金会）1982年初在旧金山成立。1983年分裂为国家卡波西肉瘤/艾滋病研究和教育基金会（国家KS基金会）和旧金山卡波西肉瘤/艾滋病研究基金会。前者于1984年解散，后者后来更名为旧金山艾滋病基金会。
艾滋病医学基金会1983年在纽约市成立，1985年与国家艾滋病研究基金会合并，成为美国艾滋病研究基金会（Am FAR）。